研究方向
課題組主要著眼於主要著眼於功能基因、重要功能蛋白質等，採用生物信息學、計算生物學以及分子模擬等方法對中藥作用機理、抗體抗原識別機制、蛋白質相互作用網路、功能預測、蛋白質組學以及比較基因組學等方面進行研究。已承擔多項973、863和自然科學基金資助的國家項目以及上海市項目，部分項目已順利結題。
部分研究成果發表於Nature reviews drug discovery, Pharmacological Reviews, PNAS, Molecular Cell Proteomics, Nucleic acids research, Clinical Pharmacology & Therapeutics，Briefings in Bioinformatics, Drug Discovery Today, Plos One, BMC bioinformatics等雜誌上。
中藥信息學方面，率先把計算機輔助藥物設計方法引入中藥機理研究，先後建成了5個整合型中藥資料庫，利用計算生物學模擬配對，研製了一整套的“多成分、多靶點”的中藥機理預測模擬系統。平台已為國內外多家中藥研究機構提供了高水平合作科研和服務。
免疫信息學方面，圍繞分子免疫的關鍵問題進行，建立了相應的抗體抗原計算平台，並提供網上免費服務。主要利用分子模擬方法研究抗體抗原的相互作用規律. 曾經發展套用了一種新型的氫鍵勢能函式先後模擬了核酸和反義藥物的相互作用，蛋白質的集合運動，以及蛋白突變與藥物抗性行為，為進一步揭示蛋白的結構和功能關係奠定了基礎。相關工作陸續發表在Drug discovery today、Nucleic Acid Research等。利用大規模統計方法挖掘了蛋白抗原與抗體作用界面的特異性規律。
