昌大醫學院學院設有基礎醫學院、公共衛生學院、第一臨床醫學院（含醫學影像學系、麻醉學系、精神衛生學系）、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院、第四臨床醫學院、口腔醫學院、護理系、藥學系、實驗動物科學部、醫學實驗教學部、圖書館醫學分館、研究生院醫學部、繼續教育學院醫學部等14個教學業務單位；有4所直屬附屬醫院，7所非直屬附屬醫院，88個實踐教學基地、1個愛國主義教育基地；有6個本科教學實驗中心；有1個國家幹細胞工程技術研究中心江西分中心，2個國家藥物臨床試驗機構，4個省級重點實驗室；擁有單價800元以上的儀器設備總值3974萬元，圖書館藏書71.94萬冊，期刊1130餘種。
普通本科設有預防醫學、臨床醫學、麻醉學、醫學影像學、醫學檢驗、口腔醫學、護理學、藥學等8個專業，其中臨床醫學、口腔醫學、預防醫學、醫學影像學、護理學等5個專業為江西省高校本科品牌專業。學院現有碩士點41個、博士點9個。
學院現有專任教師368人，臨床醫師1867人，其中，具有副高及以上職稱教師1056人，博士生導師18人，碩士生導師329人，“白求恩獎章”獲得者2人，全國先進工作者1人，“全國五一勞動獎章”獲得者2人，全國優秀教師5人(在職2人)，國家有突出貢獻中青年專家2人，享受國務院、省政府特殊津貼專家109人(在職22人)，衛生部有突出貢獻中青年專家1人，省級教學名師7人，入選國家、省百千萬人才工程9人，省主要學科跨世紀學術和技術帶頭人8人，省“十大科技之星”1人，省青年科學家15人，省衛生系統高層次學術技術帶頭人16人，省高校學科帶頭人40人，省高校青年骨幹教師47人。
學院重視學科建設和科學研究。現有省級重點學科11個，省級醫學領先學科19個（含建設學科），院級重點建設學科7個，院級科研機構24個。近三年，學院承擔各級科研項目932項，獲科研經費1409.55萬元，其中，國家自然科學基金項目17項、“973”計畫項目2項、“863”項目2項、科技部項目1項，獲省級以上科技獎勵23項。《醫學網路教學研究與套用》獲國家級教學成果二等獎。發表論文2789篇，被SCI等收錄25篇。學院出版有《江西醫學院學報》、《實用臨床醫學》等2種期刊，其中《江西醫學院學報》是全省和全國優秀期刊，被列入中國科技論文統計源期刊和中國醫學核心期刊。
學院積極推進開放辦學。在國內，與上海交通大學醫學院合作辦學。在國際，與美國、英國、泰國、加拿大、日本等國家的10餘所高等院校和研究機構建立了長期友好合作與交流關係，開展互派人員留學、訪問、講學、學術交流和科研合作等活動。近年來，先後聘請了44名國內外知名學者為客座教授，有數百名外國專家學者來學院訪問，派出數百人次出訪學習和參加國際學術交流。
