簡介
該校下設事務局、醫學教育部、醫院、圖書館和防衛醫學研究中心等機構。日本防衛醫科大學學制6年，每年招收學員80名，總定員480名。
日本防衛醫科大學教學內容大致分為醫學教育課程和訓練課程兩大類。(一)醫學教育課程，依學校教育法，按地方醫科大學標準設定分基礎課程和專業課程。(1)基礎課程，包括一般教育、外語、保健體育和基礎教育，在第1、2學年學完，結業時需獲86個學分。 (2)專業課程，第2學年到第6學年學習，總學時為4758個學時。其中基礎醫學課程2136小時，學習內容有解剖學、生理學、生化學、藥理學、病理學、細菌學、衛生學、公共衛生學、寄生蟲學、法醫學、醫用電子工程學；臨床醫學課程2512小時，學習內容有內科學、精神科學、小兒科學、外科學、腦外科學、整形外科學、皮膚科學、泌尿科學、眼科學、耳鼻喉科學、婦產科學、放射線科學、麻醉學。此外，還有特別講座110小時。(二)訓練課程，包括基礎教育 (徒步教練、體育、游泳、滑雪、教育法)和部隊實習，總計507個小時，第1學年為96個小時，第2個學年為156個小時，第3學年為 94個小時，第4學年至第6學年為93個小時。訓練課程的目的在於培養軍官所需要的基本素質和技能。
學員畢業後，被授予軍士長軍銜，到自衛隊訓練部門接受6周軍官必修課訓練。另外，學員經國家醫師考試合格者，可獲得醫師證書，授中尉軍銜。獲取醫師證書者，按照醫師法在防衛醫科大學醫院或自衛隊中央醫院進行研修兩年，研修結束後，分配到陸、海、空自衛隊醫院或其他醫療設施任軍醫，從事醫療衛生工作。防衛醫科大學畢業的學員，必須在部隊服役9年，根據軍隊規定，未滿9年要求退役者，須償還一定的賠償金。
日本防衛醫科大學還設有研究生科。研究生科系列分為： (1)綜合基礎醫學群，其中包括綜合生理學學科系列、綜合病理學學科系列、綜合社會與環境醫學學科系列。(2)綜合臨床醫學群，其中包括急救醫學學科系列、成人醫學學科系列等5個學科系列，總計34個專業。研究生科的招生對象主要是防衛醫科大學、一般大學的醫學部、牙學部和獸醫學部畢業後工作4年以上的人員。第1期招生12人，均為防衛醫科大學畢業生。應試者必須有所在單位的長官，即官房長官、各設施機關的長官，陸上、海上、航空自衛隊參謀長、參謀長聯席會議事務局長、技術研究本部部長、設施廳長官的推薦。考試內容有兩項：外語(英語、德語或英語、法語)和志願選修單位的口試。學制4年，第1、2學年學習選修專業，第3、4學年接受撰寫論文的有關指導。成績優異者，學習期限可減為3年。
1996年10月，日本自衛隊又在防衛大學內設立了防衛醫學研究中心，並為列為該校的建制單位。該中心是專門從事軍事醫學研究的科研機構。其主要研究領域為"短時間內發生大量傷病員時的急救、搶救研究"和"異常環境下人體機能研究"等。該研究中心設主任1名，由教授兼任，下設5個研究部門和1個事務部，總員額27人。1996年度首先設立外傷、醫療工程和異常環境衛生等3個研究部門。1997年度設立的行為科學研究部主要負責"異常事態下應激反應時的行為科學研究"，具體包括緊急時的恐慌、異常行為、應激反應時的生理機能和精神活動等；情報系統部主要負責"有關醫療情報管理和傳遞方法的研究"，具體包括廣域醫療情報管理、急救醫療情報管理、急救醫療情報傳遞、醫療情報網等的研究。各研究部的編成均為1名教授和3名助手。異常環境衛生部和行為科學部還要配備具有災害現場醫療經驗的醫官。
