由來
1962年，毛主席向日本勞動人民發表了重要題詞“只要認真做到馬克思、列寧主義的普遍真理與日本革命的具體實踐相結合，日本革命的勝利就是毫無疑義的”，這給予了日本左翼青年們極大的精神鼓舞與關懷。他們高呼著“毛澤東思想萬歲，萬歲，萬萬歲”與“造反有理”同警察展開肉搏，設定路障，占領一個制高點，然後放高音喇叭，困守到底，如占領東大的安田講堂。後來，一些左翼青年組織結合起來，成立了“赤軍”。
該組織1969年從日本共產主義者同盟分離出來，1971年由重信房子與丸岡修於巴勒斯坦正式宣告成立，早期曾有“阿拉伯赤軍”（アラブ赤軍）、“赤軍派阿拉伯委員會”（赤軍派アラブ委員會）、“革命赤軍”等名稱，1974年定名為“日本赤軍”，根據地為敘利亞控制的黎巴嫩部分地區（如貝卡山谷）。
日本赤軍主張推翻日本皇室和日本政府，並在全世界推動革命。
在60年代的學生運動逐漸轉入低潮後，60年代末70年代初，日本赤軍開始登上歷史舞台。準確地說，日本赤軍共分為“赤軍派”，“聯合赤軍”和“日本赤軍”三派，相繼在1969年到1971年之間成立。聯合赤軍在1972年2月29日一次悲慘的包圍戰中，被日本警方殲滅，倖存者加入了日本赤軍。而赤軍則於更早的一次警察突擊中被殲滅。
事件
不久前出了一盤《淺間山莊突入事件》，片中一位日本赤軍的母親向困獸猶鬥的孩子哭喊：“孩子，美國總統和毛主席握手了，毛主席交給你們的任務完成了，孩子，回家吧，媽給你下碗熱湯麵，暖乎乎的熱面啊。”結果孩子絕望的抹去眼淚，朝自己母親開槍了。
1968年，法國學生掀起了一場席捲全國的“五月風暴”，運動的口號五花八門，從反對校規到反對越南戰爭，從要求絕對自由到抨擊資本主義制度。名目繁多的“新左派”民眾組織應運而生，它們有的以托洛茨基為招牌，有的打出格瓦拉主義的旗號。法國學生們遊行示威，占領校園，與警察武鬥，工人們也舉行了罷工。這場橫掃一切的風暴，幾乎造成法蘭西第五共和國的垮台。最後，戴高樂勉強平息了風暴。
然而，這場風暴的影響卻漂洋過海，傳到日本。在美軍占領的這塊土地上成長起來的一批學生，看到了社會的弊病和空虛，對自己的前途感到迷惘，於是，一場轟轟烈烈的新左派運動又在日本列島興起。京都大學、明治大學等是左派學生最集中的堡壘。學生們不斷走上街頭示威，並同防暴警察發生衝突，向警察投擲燃燒彈。
由於當局的壓制，一些人走上了武裝化道路。1969年，由激進的極左學生組成的“赤軍”誕生。赤軍的綱領是建立所謂平均主義的工人世界，打倒帝國主義和資本主義。他們相信，實現革命的途徑就是進行恐怖主義暴力活動。由於目標是崇高的，所以任何恐怖主義行動，無論多么殘忍，無論多么鮮血淋淋，也不論是何人受害，在他們眼裡都是無可非議的。
赤軍在國內遭到鎮壓的情況下將目光轉向了海外。他們當中的一些人在1970年劫機到了朝鮮，一些人在1971年先後到了中東，與當地游擊隊戰鬥在一起。其核心組織有15名成員，總人數如今約為100人左右，根據地為敘利亞控制的黎巴嫩地區，如貝卡山谷。其他成員分散於敘利亞、利比亞、歐洲和東南亞等地。赤軍領導人為重信房子和岡本公三。
70年代初，日本赤軍在日本境內和全世界範圍內展開了一系列攻擊。
1970年，骨幹分子之一的精實田和其他6名同夥劫持了一架日本航空公司的客機，機上有131名乘客和7名機組人員；1972年5月30日，“赤軍”分子在以色列特拉維夫機場劫持兩架日本飛機，導致24人死亡、76人受傷（重信房子在中東期間，與當地的一位巴勒斯坦活動家生下一個女兒，取名為“重信命”，命為名，“以紀念紀念革命、犧牲同志的生命、危險中的命” ，就是源於此次事件）；1974年9月襲擊法國駐海牙大使館；1977年9月28日，5名日本赤軍分子劫持了一架由巴黎飛往東京的日本航空公司的飛機，要求日本政府釋放被捕的赤軍成員並勒索巨款；1988年4月，他們攻擊了美國在那不勒斯的一家勞軍聯合組織的俱樂部，造成5人死亡。
後來，在日本警視廳的嚴厲打擊下，日本赤軍逐漸銷聲匿跡。據說，赤軍組織大部分領導成員逃到了中東，隱居在黎巴嫩的貝卡谷地。領導成員之一的丸岡修在1987年被捕，最重要的領袖重信房子，也在2000年11月被捕。
“黑髮魔女”結束魔鬼赤軍 因吐煙圈被警察認出
赤軍領袖人物———“黑髮美女”的重信房子綽號“女皇”，年輕時因美貌和暴力傾向而遠近聞名。重信房子是“赤軍”領導機構“政治委員會”的主要負責人，牽頭制定行動計畫，然後交給下屬的軍事、組織和後勤委員會去執行。最鼎盛時期，重信房子手下有200多名赤軍分子。1970年5月，日本警方曾以企圖謀殺罪等數條罪名把重信房子逮捕，但不久又把她釋放了。
1971年2月，重信房子與赤軍骨幹奧平剛結婚後，隨即潛往貝魯特。從此，重信房子頻繁往來於中東、東南亞和西歐，遙控指揮赤軍的恐怖活動。留在日本國內的赤軍派組織“聯合赤軍”由於內訌和遭到日本政府的鎮壓而很快被消滅，但日本赤軍在海外活動了30年，製造了一系列令以色列、日本和美國等西方政府感到震驚不已的恐怖攻擊事件，日本赤軍因此被西方國家列為日本第一個國際性的恐怖組織。
重信房子在海外建立了一些據點，並同解放巴勒斯坦武裝和國際頭號殺手卡洛斯建立了密切聯繫。重信房子由於策劃了一系列血腥事件而受到日本警方的通緝，但1974年在海牙的法國大使館挾持人質之後，便不見蹤跡。
2000年11月8日，重信房子經過近30年的逃亡生涯後，在日本大阪一家酒店被警方逮捕。此前，日本警察一直以為她還生活在黎巴嫩。重信房子的菸癮很重且喜歡吐煙圈，雖然她的外表發生了很大的變化，但日本警方還是憑這一習慣在大阪一家酒店內認出了她。
2001年4月14日，重信房子曾宣布，她將解散赤軍組織。55歲的重信房子在一封致支持者的信中寫道：“在過去的特殊時代和情況下，赤軍所做的代表人們的需求，但是現在，我將解散日本赤軍組織，在法律之內繼續奮鬥。”
解散
1987年，丸岡修被逮捕。2000年11月，日本赤軍“最高指導者”重信房子因涉嫌違反日本《旅券法》，而在大阪府高槻市落網。2001年4月，重信房子在獄中寫下《日本赤軍解散宣言》（日本赤軍としての解散宣言），宣告日本赤軍解散。2006年2月，重信房子在日本，被以綁架罪和故意謀殺罪被判處20年監禁。
恐怖活動
在1970年代與1980年代，日本赤軍在全世界從事多宗恐怖活動，包括有：
•特拉維夫機場掃射事件：1972年5月30日，24名平民與2名日本赤軍成員喪生。
•杜拜日航劫機事件：1973年7月20日。
•新加坡事件：1974年1月31日
•科威特日本大使館占領事件：1974年2月6日
•海牙事件：1974年9月13日。
•吉隆坡事件：1975年8月4日。
•達卡日航劫機事件：1977年9月28日。
•雅加達事件：1986年5月14日
•三井物產支店長綁架案：1986年11月15日。
•那不勒斯事件：1988年4月。
在1960年代的學生運動逐漸轉入低潮後，1960年代末至1970年代初，日本赤軍開始登上歷史舞台。準確地說，日本赤軍共分為“赤軍派”、“聯合赤軍”和“日本赤軍”三派，相繼在1969年到1971年之間成立。聯合赤軍在1972年2月28日一次悲慘的包圍戰（“淺間山莊事件”）中，被日本警方殲滅，倖存者加入了日本赤軍。而赤軍派則於更早的一次警察突擊中被殲滅。
日本赤軍長期活動在中東；也是先後三支赤軍中，國際影響最大的一支。1972年5月30日，他們的三名成員奧平剛士（當時27歲，日本赤軍幹部）、安田安之（當時25歲，京都大學學生）、岡本公三（當時25歲，鹿兒島大學學生）在以色列特拉維夫的盧德國際機場（今本-古里安國際機場）發動亂槍掃射與手榴彈攻擊，造成至少100人死傷，其中24人死亡。這一襲擊行動立即震驚了全世界，日本赤軍也由此成為與義大利的紅色旅、北愛爾蘭的愛爾蘭共和軍齊名的國際恐怖組織。
