天啟四年(1624年)，在主持湖廣地區地方鄉試向考生提問時事時，發策有“巨璫大蠹”語，得罪朝中大奸臣魏忠賢的爪牙，因而被誣陷削職回到家中。崇禎年間，奸黨被除後，方逢年又重新被起用，在朝中擔任日講官，後又升至國子監祭酒(官名)、禮部尚書兼東閣大學士。入閣輔政。 後罷歸。
甲申國變後，安宗時復原官，不奉召。魯王用其議稱監國，流落在海島上，逢年追趕不及，監國魯元年（隆武二年，1646年）清軍破紹興，方假意向清軍投降，暗中將書信密封在蠟丸中，把清軍動向告訴在福建的隆武帝，但這件事做得不夠機密，事情泄露後方逢年被清軍捕殺。方逢年著有《雪滌齋集》一卷。
《明史》卷二百五十三 列傳第一百四十一 方逢年傳
方逢年，遂安人。萬曆四十四年進士。天啟四年，以編修典湖廣試，發策有“巨璫大蠹”語，且雲“宇內豈無人焉？有薄士大夫而覓皋、夔、稷、契於黃衣閹尹之流者”。魏忠賢見之，怒，貶三秩調外。御史徐復陽希指劾之，削籍為民。
崇禎初，起原官，累遷禮部侍郎。十一年詔廷臣舉邊才，逢年以汪喬年應。未幾，擢禮部尚書，入閣輔政。其冬，刑科奏摘參未完疏，逢年以犯贓私者，人亡產絕，親戚坐累，幾同瓜蔓，遂輕擬以上。而帝意欲罪刑部尚書劉之鳳，責逢年疏忽。逢年引罪，即罷歸。
福王時，復原官，不召。魯王三召之，用其議，定稱魯監國。紹興破，王航海，逢年追不及，與方國安等降於我大清。已而以蠟丸書通閩，事泄被誅。
