遊戲中斗也是個從鹿子鎮的少年,青梅竹馬為黑連和白露。如果被選為主角,他會從紅豆杉博士受到初學者神奇寶貝和神奇寶貝圖鑑。跟黑連和白露開展各自的旅程。旅程早期,真菰會要求斗也做一件小任務,完成之後,斗也會收到C裝置。
在旅程中,斗也會跟他青梅竹馬相見,還有跟他們對戰,他也會遇到神秘的男人N,想創造人與神奇寶貝分開的世界,來能達到目標,他會跟斗也對戰多次在遊戲中,斗也也會跟電漿團對戰在他的旅程,結果,他也會被雷希拉姆或捷克羅姆稱為英雄(依靠遊戲版)。
如果沒有選斗也為主角(選女主角),他就會在對戰地下鐵的多人列車線(棕線)出現,來當主角的搭檔。