編碼規則
通行費電子發票的發票代碼為12位，編碼規則：第1位為0，第2-5位代表省、自治區、直轄市和計畫單列市，第6-7位代表年度，第8-10位代表批次，第11-12位為12；發票號碼為8位，按年度、 分批次編制。
開具流程
（一）辦理ETC卡或用戶卡。 ETC卡或用戶卡是指面向社會公開發行的用於記錄用戶、車輛信息的IC卡，其中ETC卡具有收費公路通行費電子交費功能。客戶可以攜帶有效身份證件及車輛行駛證前往ETC客戶服務網點辦理ETC卡或用戶卡，具體辦理要求請諮詢各省（區、市）ETC客戶服務機構。
（二）發票服務平台賬戶註冊。客戶登錄憑手機號碼、手機驗證碼免費註冊，並按要求設定購買方信息。客戶如需變更購買方信息，應當於發生充值或通行交易前變更，確保開票信息真實準確。
（三）綁定ETC卡或用戶卡。客戶登錄發票服務平台，填寫ETC卡或用戶卡辦理時的預留信息（開戶人名稱、證件類型、證件號碼、手機號碼等），經校驗無誤後，完成ETC卡或用戶卡綁定。
（四）發票開具。客戶登錄發票服務平台，選取需要開具發票的充值或消費交易記錄，申請生成通行費電子發票。發票服務平台免費向用戶提供通行費電子發票及明細信息下載、轉發、預覽、查詢等服務。
開具規定
（一）通行費電子發票分為以下兩種：
1.左上角標識“通行費”字樣，且稅率欄次顯示適用稅率或徵收率的通行費電子發票（以下稱徵稅發票）。
2.左上角無“通行費”字樣，且稅率欄次顯示“不徵稅”的通行費電子發票（以下稱不徵稅發票）。
（二）ETC後付費客戶和用戶卡客戶索取發票的，通過經營性收費公路的部分，在發票服務平台取得由收費公路經營管理單位開具的徵稅發票；通過政府還貸性收費公路的部分，在發票服務平台取得暫由ETC客戶服務機構開具的不徵稅發票。
（三）ETC預付費客戶可以自行選擇在充值後索取發票或者實際發生通行費用後索取發票。
在充值後索取發票的，在發票服務平台取得由ETC客戶服務機構全額開具的不徵稅發票，實際發生通行費用後，ETC客戶服務機構和收費公路經營管理單位均不再向其開具 發票。
客戶在充值後未索取不徵稅發票，在實際發生通行費用後索取發票的，通過經營性收費公路的部分，在發票服務平台取得由收費公路經營管理單位開具的徵稅發票；通過政府還貸性收費公路的部分，在發票服務平台取得暫由ETC客戶服務機構開具的不徵稅發票。
（四）未辦理ETC卡或用戶卡的現金客戶，暫按原有方式交納通行費和索取票據。
（五）客戶使用ETC卡或用戶卡通行收費公路並交納通行費的，可以在實際發生通行費用後第10個自然日（遇法定節假日順延）起，登錄發票服務平台，選擇相應通行記錄取得通行費電子發票；客戶可以在充值後實時登錄發票服務平台，選擇相應充值記錄取得通行費電子發票。
（六）發票服務平台應當將通行費電子發票對應的通行明細清單留存備查。
其他規定
（一）增值稅一般納稅人取得符合規定的通行費電子發票後，應當自開具之日起360日內登錄本省（區、市）增值稅發票選擇確認平台,查詢、選擇用於申報抵扣的通行費電子發票信息。
按照有關規定不適用網路辦稅的特定納稅人，可以持稅控設備前往主管國稅機關辦稅服務廳，由稅務機關工作人員通過增值稅發票選擇確認平台（稅務局端）為其辦理通行費電子 發票選擇確認。
收費公路通行費增值稅進項稅額抵扣政策按照國務院財稅主管部門有關規定執行。
（二）增值稅一般納稅人申報抵扣的通行費電子發票進項稅額，在納稅申報時應當填寫在《增值稅納稅申報表附列資料（二）》（本期進項稅額明細）中“認證相符的增值稅專用發票”相關欄次中。
（三）單位和個人可以登錄全國增值稅發票查驗平台，對通行費電子發票信息進行查驗。
