1.SSH的主要原理
SSH的核心技術是抑制性PCR，它是一種將檢測子cDNA單鏈標準化步驟和消減雜交步驟結合為一體的技術。其中標準化步驟均等了檢測子中的cDNA單鏈豐度，而消減雜交步驟去除了檢測子和驅趕子之間的共同序列，使檢測子和驅趕子之間不同的序列得到擴增。因此SSH顯著增加了獲得低豐度表達差異cDNA的機率，簡化了對消減文庫的分析。
抑制PCR是利用鏈內復性優先於鏈間復性的原理，使非目標序列片段兩端的長反向重複序列在復性時產生“鍋柄樣”結構或“髮夾結構”而無法於引物配對，從而選擇性的抑制非目標序列的擴增。同時，根據雜交的二級動力學原理，豐度高的單鏈cDNA復性時產生同源雜交速度要快於豐度低的單鏈cDNA，從而使得豐度存在差異的cDNA相對含量趨於基本一致
2.SSH的基本過程
（1）製備兩種試驗材料的mRNA並反轉錄成cDNA，分別作為檢測cDNA和驅趕cDNA。用限制性核算內切酶切割，產生大小適當的平頭末端cDNA片段
（2）將檢測cDNA分成均等的兩份。分別街上街頭1或接頭2，接頭有一長鏈和一短鏈組成的一段是平末端的雙鏈cDNA分子。長鏈3’端與cDNA5’端相連。長鏈外側序列與第一次PCR引物序列相同，內側序列則與第二次PCR引物序列相同。此外，接頭上含有T7啟動子序列及內切酶識別位點。為以後將該片段插入克隆載體和測序提供便利。
（3）第一次差減雜交。
（4）第二次差減雜交
（5）第一次PCR反應
（6）第二次PCR反應
（7）差異片段的初步篩選
3.SSH的特點
優點
特異性強，假陽性率低
高敏感性
速度快，效率高
缺點
SSH技術對其實材料要求多
SSH技術得到的cDNA是限制酶消化的cDNA，不再是全長cDNA
所研究材料的差異不能太大
