日本明治維新後，實行政教分離，民間上下掀起一股排佛棄釋的浪潮。由於村內的這座寺廟以及在寺內寄居的前支持幕府的村長的遺孤，該村分得的好處比其他村少，這令現任村長格外不爽。十樂寺便成了村長一夥的眼中釘。
在村長下了明確通牒後，溫和善良的安慈計畫攜眾孤兒遷移別處，他虔誠地向佛祈禱願孤兒們能在新的時代得到幸福生活。
然而村長一夥人迫不及待要爭奪政府發給的物資，於是趁安慈不在寺里時放火燒寺，並暗算了安慈。僥倖逃過一死的安慈醒來後看到一片廢墟和焦黑的殘屍，憤怒暴走。
五年之後，練就一身神功的安慈潛入村莊，輕易地殺掉了作惡的村長等人。
安慈再也不迷信神佛的力量，而是靠自己在山林中刻苦修行，練成了絕技二重勁。因在推翻明治政府這一點意見一致，他加入了志志雄真實的手下組織-----十刃，專門暗殺明治政府的政要。
明治十一年，志志雄叛亂前夕，安慈在下諏訪偶遇劍心的朋友相樂左之助，聽說左之助痛恨明治政府後，將二重勁的要義傳予左，驚訝地看到左之助僅用一星期就練成此絕技。
劍心與志志雄開戰後，悠久山安慈與相樂左之助戰場對壘。是時左之助實力上尚遠不及他。一番大打後，安慈敗給了左之助的保護人們安定生活的熱忱，並最終有所醒悟，認識到犧牲者的真正願望不是報仇，而是活下來的人在新的世界好好生活下去……
