微波牛肉干殺菌機殺菌主要是採用微波對產品生物效應和熱效應的共同作用。細菌、與任何生物細胞一樣由水、蛋白質、核酸、碳水化合物、脂肪和無機物等複雜化合物構成的一種凝聚態介質。其中水是生物細胞的主要成分，含量在75～85%。各種生理活動都必須有水參與，而細菌的生長繁殖過程，對各種營養物的吸收是通過細胞膜的擴散、滲透和吸附作用來完成的。
牛肉干微波殺菌設備對細胞的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，造成細胞營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。
在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體也會因分子極化馳豫同時吸收微波能升溫。由於它們是凝聚態介質，分子間強作用力加劇了微波能向熱能的能態轉化。從而使體內蛋白質同時受到無極性熱運動和極性轉動兩個方面的作用，使其空間結構變化或破壞而使其蛋白質變性。蛋白質變性後，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯變化，而失去生物活性。
微波殺菌與高溫殺菌相比，有以下特點：①殺菌溫度低，速度快，②使物體能內外整體殺菌，③不破壞物體原有的營養成份、色澤、口感和天然風味。
