九里山白雲洞為晚寒武世薄層白雲質灰岩斷層破碎帶水蝕的裂隙洞，規模不大但延伸甚深。1994年，九里區拾屯鄉開發白雲洞時，從洞內裂隙處淺層的粘土堆積層中發現大量化石，其中有十數個人類頭蓋骨（已被鑑定為智人頭骨化石）。
中更新世晚期堆積層中出土數以千計的古哺乳動物化石，並有部分骨器、打制石器、疑似火燒遺蹟發現。部分化石經中科院古脊椎動物與古人類研究所周口店國際古人類研究中心、中科院南京地質古生物研究所專家鑑定，分屬三門馬、中國鬣狗、李氏野豬、葛氏斑鹿、腫骨鹿、羚羊（未定種）、熊（未定種）、牛（未定種）等3目6科8屬8種古哺乳動物化石…。致2005年一期發掘結束時，白雲洞已深挖致距洞口地坪-40m左右，新的化石不斷被發現。
