1934年夏，張建接受廣東省粵軍總司令陳濟棠的聘任，在廣州籌建廣東軍醫學校，任校長。這時他聘請留德醫學博士於少卿（外科專家）來校工作，在於的協助下，把軍醫學校辦得有聲有色，成為當時全國軍醫學校的旗幟。
1936年夏，廣東還政中央，陳濟棠去港，國民政府接管廣東後，委任張建為中央軍醫學校教育長，代行校長職務。1937年5月，國民政府任命他兼任軍事委員會軍醫署署長和 軍醫總監，授陸軍中將軍銜。
1937年“七·七”抗日戰爭爆發後，平津淪陷，淞滬苦戰，晉綏告急，平津淪陷。依照當時國民政府“持久消耗戰”的指導原則，在軍醫業務上應採取緊急應變等重要措施。張建親自到各戰區了解實際情況。一個月之內成立陸軍醫院60個，兵站醫院40個，重傷醫院6個，又另組軍團預備團，以收容各戰區愛國醫務人員來南京報效。經培訓後，派赴各戰區參加戰地救護醫療工作。
隨著戰爭形勢的變化，張建領導的軍醫署和中央軍醫學校三遷其址。軍醫署隨軍政部從南京西遷武漢，再遷重慶；中央軍醫學校則先南遷廣州，再西遷貴州安順。中央軍醫學校到達貴州安順後，立即自己動手開闢校園宿舍，因陋就簡，迅速開學上課，節省一切可能的開支用來添置必需的教學器材，使教學工作順利開展，1942年春得到國民政府教育部醫學教委會工作視察組的高度評價和表揚。
1945年8月抗戰勝利後，張建復員回上海。1946年出任國防醫學院副院長。次年奉派赴美考察醫學教育，接著應邀去英國考察大學和醫學教育。這期間又奉命前往日內瓦出席聯合國衛生組織會議。公畢回到廣州時，國防醫學院已遷台灣，由此他忍痛自行放棄其畢生心血所從事的軍醫教育工作，改任廣東省教育廳長。1949年秋移居海南。1950年由海南島去台灣，住新竹，行醫濟世。其夫人姚艾櫻原畢業於金陵女大生物系，在新竹女中任教。
1985年，張建夫婦被其兒女接去美國新澤西州奉養。1996年6月3日，在美國病逝，終年96歲。
