1989年武陵源區建區時設經濟監督局，含審計職能，局長謝永福，1989年11月設工商物價審計局，局長向國耀，12月調入副局長鍾以維分管審計工作，1990年12月成立監察審計局，局長覃正淼，1993年3月監察與審計分家，單設審計局，定編3人，首任局長徐波，2002年武陵源區機構改革後內設辦公室、行政事業審計股、企業審計股（加掛基建投資審計股），武陵源區領導幹部經濟責任審計辦公室為審計局直屬事業單位，審計局共有編制8名，現有工作人員10人，局長萬宏軍。
