水吉中學原名水吉縣立初級中學，創辦於1942年春，至今已有72年歷史，學校設立在“西瀾書院”（該院前身是朱熹曾親臨講學過的“朱子學社”）。初辦時，配專職教師三人，開設國中一年級一個班，45名學生。同年秋，招收新生50名，新聘三名兼課教員。當時校舍建築面積雖廣，而可使用的面積僅804平方米。1945年，第一屆國中畢業54人（其中春季18人，秋季36人），其中升入高一級學校的有9人。
1949年5月13日水吉縣解放。不久，有部分師生參乾參軍，校長也參乾隨軍南下。1950年4月，學校歡送第二批學生4人參加革命工作，其中吳學聖同學在雙溪鄉參加征糧時不幸被土匪活埋。
1953年春，按上級指示取消春季招生。1956年9月，水吉縣建制撤消，歸建陽縣管轄，水吉縣初級中學更名“建陽二中”，面向全建陽縣招生。1957年秋反右派鬥爭開始且延續了一年時間，學校秩序受到干擾。1958年秋，全校師生停課73天，到漳墩丘元壠參加大煉鋼鐵。60年困難時期，師生食用靠“瓜菜代”，學校實行“勞逸結合”，當時水吉電力嚴重不足，學生常刨樟樹煉油供晚自習照明。
1966年秋，學校被捲入“文化大革命”浪潮之中，全面停課串連，批鬥，武鬥，直至1969年秋開始複課。期間，因66，67，68三屆畢業生上山下鄉，實行複課的只剩69屆和新招初一學生來校上課。國中三年學制改成二年學制。1971年春開始辦高中部，至此，水吉中學才成為完中。
水吉中學自1977年秋恢復高考以來至1985年，高中畢業生升入大專院校的有47人，升入各類中專的有178人，考上技工學校的有134人，這時期，水吉中學的發展達到一個高潮。
“十年動亂”時期，由於生育失控，水吉中學無法滿足生源日益增多的需求，1983年7月水吉鄉黨委政府決定借用民主、市頭兩所國小校舍辦初級中學，並於1983年9月招生96人，1984年2月縣人大正式批覆，同意創建“建陽縣水吉初級中學”（後改名為“建陽縣水吉二中”），1985年9月，全校師生遷入新建成的校舍上課。由於水吉兩所中學僅一牆之隔，為了方便管理，集中財力、人力辦學，“水吉中學”與“水吉二中”於1994年7月合併。合併之後，學校定名為“福建省建陽市水吉中學”。
兩校合併後，學校實行了校長負責制，強化了年段管理，廣大教師努力探索教育教學改革，使學校面貌發生很大變化，教育質量逐年提高。95，96兩年中考上小中專線人數居全市農村中學第二，97年中考上小中專線人數達70人，上線人數居全市農村中學第一，學校教育又上一個新台階。
八十年代末到九十年代後期，由於招生受中專熱的影響，學校的高中跌入低谷。1999年夏天，學校把握住“高中熱”這一歷史機遇，對部分中考成績優秀的學生入學實行全免或半免其註冊費用政策，生源質量有了明顯好轉，高中開始良性發展。近年來，學校進一步調整高中辦學思路，開始更加重視高考特長生的培養，在做強做大原有的體育、美術、音樂等專業特長生培養的基礎上，增設了舞蹈、播音主持、書法藝術等專業，高考本科上線率大幅提升。2010年高考本科上線34人，其中體育專業的徐海同學以優異的成績考取北京師範大學；2011年高考本科上線41人，其中有5人被本一學校錄取，本科上線率達42.3%；2012年高考本科上線46人，其中有14人被本一學校錄取，袁婧怡同學被中國美術學院錄取，戴慧捷同學被天津中醫藥大學錄取本碩連讀，本科上線率達47.92%；2013年高考本科上線56人，其中有11人被本一學校錄取，本科上線率達43.41%；幾年的高考本科上線率均居南平市同類校前茅。
七十二載薪火相傳，七十二年輝煌跨越。歷經幾代吉中人的不懈努力，如今的水吉中學已發展成為擁有25個教學班、1088位學生和108位教職工的農村完全中學。七十二年來我校國中畢業生共有14009人，高中畢業生4469人，總計畢業。現有校園占地面積4萬平方米，校園內教學區、運動區、生活區等功能區劃分日趨合理，樓房錯落有致，樹木鬱鬱蔥蔥，花圃鑲嵌其間，香樟如蓋，風景優美，是教書育人的佳境。學校擁有充滿現代化氣息的綜合實驗樓，理化生實驗室和儀器室設施設備齊全；圖書館實行電子信息化管理，藏書近4萬冊；學生電腦室兩間，多媒體教室11間，學校現有計算機150台。
近年來，在各級領導的關心支持下，先後投入500多萬元，新建學生宿舍樓和學生食堂，改建塑膠運動場，升級改造實驗室和圖書室，美化、綠化校園等，學校辦學條件得到極大改善，校園環境有了明顯改觀。學校榮獲福建省先進基層黨組織、南平市實施素質教育先進校、南平市德育工作先進校、建陽市文明學校、建陽市綠色學校、建陽市平安校園等多項榮譽稱號。
2011年11月學校順利通過省級標準化學校評估驗收。2012年4月水吉中學工會被建陽市委教育工委授予“先進基層工會”稱號。2012年4月被建陽市教育局授予“中學教學常規管理先進單位”。2012年5月獲得建陽市總工會授予“建陽市五一勞動獎章”。
站在新的起點，學校將全面貫徹黨和國家的教育方針，堅持“以人為本、以誠為先、和諧發展”的辦學理念，追求“為學生的終身發展奠基、辦人民滿意的教育”的辦學目標，確立“最佳化國中，特色高中，質量強校”的發展思路，努力把學生培養成品德高尚、人格健全、基礎紮實、素質優良、富於創新的一代新人。
今天，我們在校的廣大師生，正以飽滿的精神，與時俱進，開拓創新，為把學校校打造成閩北一流的農村中學而努力奮鬥！
辦學特色
我校自1971年創立高中部以來，堅持實行“小班化”教學管理（每班人數控制在35人左右）模式，對學生實施個性化教學，最大限度地提高教學的針對性和實效性，高考質量連年提升，本科上線率穩居南平市同類校前列。2013年高考本科上線56人，上線率達50%，居南平市同類校前茅。
學校在抓好文考生培養的同時，充分發揮我校師資優勢，做強做大體藝類高考特長生培養，開設體育、音樂、美術、舞蹈、播音主持等專業高考集訓班，為文化基礎相對薄弱的學生提供了更廣闊的圓大學之夢的舞台。近年來，先後有陳明強同學考入中央美院，葉偉嬌、袁靜宜同學考入中國美院，潘國靖同學考入廈大音樂系，徐海同學考入北師大體育系……
4月15日，水吉中學新建教學樓投入使用。新教學樓投資498萬，占地面積900平方米，使用面積3600平方米。共4層31個教室，1個多功能會議室，每層配有衛生間。
目前，樓內的15個教室已配備了電子白板，其餘教室配備普通多媒體。初高中班主任每人配備1台電腦。樓前後的附屬工程已基本完工，綠化工作在緊鑼密鼓建設中。該樓的投入使用，進一步改善了學校的辦學條件。
