在抗日戰爭和解放戰爭中,耿鑒庭先生思想進步,擁護共產黨的主張.其間,多與揚州江樹峰、陸勤等進步人士交往，傳閱進步書刊，積極參與進步活動，對其解放後在黨的領導下，從事中醫工作奠定了思想基礎。解放後，耿鑒庭先生曾以揚州醫界代表被推舉為揚州市人民代表，積極投入揚州衛生醫藥界和文化界各項振興工作，並對揚州文博圖書事業做出一定貢獻。1953年和1954年，耿鑒庭先生數次應召參與籌建中醫研究機構的活動。1955年，奉中央衛生部調令，赴京參加衛生部中醫研究院的建院工作，時年40歲，是全國徵集突出建樹中醫醫、教、研人才中最年輕的。赴京以後，在科研、教學、臨床諸方面，都發揮了積極的作用。先生熟悉中醫典籍,是中醫研究院圖書館和中醫古籍出版社的創始者.曾任中醫研究院圖書館館長；中醫古籍出版社副社長。曾主持編纂中醫書聯合目錄第一版、第二版。是衛生部專家委員會委員。曾任衛生部醫學科學委員會委員，國家科委預防醫學組常務委員、中華全國中醫學會常務理事、中華醫學會醫史學會副主任委員、全國中醫中心圖書館館長；中醫研究院學術委員會委員、學位委員會委員、北京市人民政府專業顧問。 耿鑒庭先生為中國中醫研究院研究員；專家諮詢委員會委員、國家古籍整理出版規劃小組顧問、中國科學技術史學會會員。1990年第一批享受國務院頒發的政府特殊津貼。
耿鑒庭教授應診之餘，於文史方面涉獵頗廣。在目錄學、訓詁學、金石學、古器物學、文物考古均有相當研究。對揚州文獻、文物的蒐集、保護不遺余務。其中，猶對醫藥文獻、醫藥文物更加注重，對中醫古籍文獻的整理也做出了重要貢獻。他以中醫研究院創建時所集的中醫古籍為基礎，發起與北京圖書館協作，把全國60多家圖書館珍藏的中醫書，編成全國第一部《全國中醫圖書聯合目錄》，作為國慶十周年獻禮。特別是他在改革開放以後還主編了《廣陵醫籍叢刊》，遍收揚州醫家及流寓揚州的外籍醫家的各種刻本和稿本，在每項著作前都加入題跋及序，使揚州地方中醫典籍的特點及成就得以宏揚，從而開中醫地方典籍出版之先河，豐富了中醫典籍的寶庫。七十年代末，經先生多方奔走，艱辛努力，在陳翰伯、王子野的支持下，成立了中醫古籍出版社，先生任副社長兼總編輯。為中醫古籍整理出版工作作了大量工作，從而使中醫孤、善本的蒐集整理編纂工作走上專業化、系統化的道路。
