輕工院現設機構有 辦公室、財務部、技術中心（技術中心下設食品研究所、生化研究所、糖業研究所、綜合研究所等四個研究所）、《廣西輕工業》雜誌編輯部、廣西食品與農產品綜 合加工技術重點實驗室、廣西釀酒行業技術服務中心和國家固定化生產酒精技術研究推廣中心等。同時,擁有4個全資子公司（廣西萬佳食品發展公司、廣西南寧萬 宇科技有限公司、南寧市萬宇食品有限公司和南寧市萬宇餐飲連鎖有限責任公司）、1個控股公司（柳州萬宇餐飲有限公司）和1個參股公司（桂林集琦實力天然物 科技開發有限公司）。
輕工院目前主要從事輕工行業的技術開發研究、技術成果轉讓和技術培訓；食品工程設計；信息諮詢；出版發行《廣西輕工業》 期刊，承接《廣西輕工業》期刊國內廣告設計、製作和發布業務；經營早餐食品及服務；加工銷售定型包裝飲料、乳製品；銷售儀器機械設備、農副產品、糖用助 劑、發酵助劑、造紙助劑、食品添加劑；研究、開發和經營食品、固定化活酵母、克菌靈和調味品等產品。涉及生物工程、製糖工程、食品工程和農產品加工等行業 和領域。
輕工院先後完成了129項國家、部、自治區級科研項目，榮獲國家、部、自治區級科技成果獎96項。其中，固定 化活酵母生產酒精技術列入國家科技成果重點推廣項目，製糖專用上浮清淨技術、無酸發酵生產酒精技術、木薯生料發酵製備酒精技術與酒精專用殺菌劑—克菌靈、 大豆異黃酮、羅漢果甜甙、苦瓜甙、甜茶素和早餐食品等的研發技術均處於國內領先水平。
輕工院的產業基地位於南寧國家經濟技術開發區工業園 內，2003年建成，占地36畝。現有年產8000萬份早餐食品和500萬份中式快餐的主食加工配送中心、年產600噸固定化活酵母載體生產線、年產 300噸酒精專用殺菌劑—克菌靈生產線和年產400噸酵母提取物生產線。近年來，產業經營管理日趨完善，產業化規模不斷壯大。2005年6月通過 ISO9001國際質量體系認證；早餐工程業務已從廣西區內走向區外，科技產品已遠銷東南亞和南美。
