線路歷史
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上世紀90年代中期，99路開通投入運營（金山小區站←→第一醫院站）。
2005年11月09日起，99路公交線路恢復經湖光路運行，不需要直行從鳳嶼路拐入湖濱南路繞行。
2007年03月04日起，因金山西路路口取消禁左。99路公交線路恢復、調整線路走向。
2007年05月26日起，台灣街原“開明電影城站”更名為“天地花園站”。同時，台灣街原“江頭天地美食城站”更名為“江頭市場站”；呂嶺路原“呂厝
廈門99路【舊公車】
通天地通訊站”更名為“ 呂厝站”；湖濱北路原“宏業大廈站”更名為“呂厝西站”；湖濱北路原“長升大酒店站”更名為“長青路口站”；湖濱南路原“湖東綠泉站”更名為“湖東路西站”；湖濱南路原“電子城站”更名為“濱南長途汽車站”；湖濱南路原“湖濱長途汽車站”更名為“濱南斗西路口站”；湖濱南路原“建行站”更名為“角濱路口站”；鷺江道原“慧景城站”更名為“西堤站”；鷺江道原“安利站”更名為“第一碼頭站”。
2009年05月17日15:30，鄭成功文化節民俗踩街活動將在思明區鷺江道舉行，99路公交線路將有所調整。99路由金山小區始發至湖濱南路湖濱西路口，左轉湖濱西路，經思明北路、思明南路、鎮海路到達第一醫院，並按此線路返回。
2010年03月15日起，99路也將延長夜間服務時間，滿足市民夜間出行需求。99路（第一醫院站←→金山小區←→吉家家世界站）：為照顧司機休息，99路延長時間段班次的起止站點調整為第一醫院至吉家家世界，不到金山小區。夜班車減停金山小區站，增停第二福利院、穆厝東、吉家家世界等站。延長末班時間至01:00，夜間22:30後，每隔半個小時發一班車。第一醫院發車時 間 為 ：23:00，23:30，00:00，00:30，01:00；吉家家世界發車時間為：22:30，23:00，23:30，00:00。
2013年08月29日起，鷺江道（方位：東）原“輪渡站”更名為“輪渡公交場站”。
2014年04月08日起，99路公交線路站點調整。往第一醫院方向，增停枋湖東路上的“金山花園”站，方便該片區市民的出行。[1]
2014年05月05日起，因軌道1號線鎮海路站施工圍擋，鎮海路（思明南路口至鷺江道段）由東往西，壽山路（鷺江道至思明南路口段）由西往東，實施車輛單向通行。原海軍基地一側的“婦幼保健院站”遷移調整至鷺江道（鷺江道往演武大橋方向，過了鎮海路口紅綠燈處）。涉及公交線路99路，具體調整方案。鷺江道往第一醫院方向，輪渡往第一醫院方向，行至鷺江道鎮海路口，改為直行鷺江道，經壽山路、思明南路、鎮海路接原線路運行，返程不變。單向減停：婦幼保健院站（海軍基地一側）。單向增停：婦幼保健院站（鷺江道）。
2014年06月22日至2015年01月15日（交通管制時間），因仙岳路與成功大道立交改造工程施工圍擋，中醫院站（翔安進島方向）往前遷移約50米，中醫院分院站（翔安進島方向）臨時調整，在仙岳路（往前過禾山路口處）和台灣街上分設2個臨時公交站點，99路經停中醫院分院的線路調整停靠。圍擋期間開放仙岳路由東向南左轉台灣街的信號燈，往台灣街方向的99路公交線路改停台灣街的臨時公交站點（站名：中醫院分院（台灣街）站）；
2014年05月24日起，鷺江道的“婦幼保健院站”與“和平碼頭站”整合，婦幼保健院站（鷺江道上臨時站點）取消，原“和平碼頭站”臨時更名為“婦幼保健院站”。
2014年06月25日起，因仙岳路立交改造工程需要，出島方向中醫院站臨時取消，途經99路公交線路往翔安隧道方向，均停靠太薇花園站，單向減停中醫院站。
2014年08月06日起，因軌道1號線中山公園站、鎮海路站施工影響，99路調整截短至婦幼保健院站（金山小區站←→婦幼保健院站），不往第一醫院。
1、線路走向：金山小區始發，行至壽山路，改經思明南路、鎮海路至婦幼保健院站後接原線路返回。
2、減停站點：第一醫院站、新華路口站、中山公園站、實驗國小站、雙十中學站。
3、首末班時間：金山小區首班06:25末班00:00，婦幼保健院首班06:30末班00:30。
4、夜班運營線路走向：上行:吉家家世界始發經金湖路、枋湖東路接原線路往婦幼保健院。下行:婦幼保健院始發行至金山西路枋湖東路路口，改經枋湖東路、金湖路至吉家家世界。
5、夜班運營沿途站點：上行:吉家家世界站→枋湖東路穆厝站→第二福利院站→國際山莊站→原線路，下行:原線路→國際山莊站→第二福利院站→枋湖東路穆厝站→吉家家世界站。
6、夜班車發車時間：吉家家世界:22:30 23:00 23:30 00:00，婦幼保健院:22:30 23:05 23:30 00:00 00:30；每30分鐘一班。
2015年04月19日起，呂嶺路寶龍天橋到金尚路一段，將進行污水排放管道工程施工。受施工影響，江頭市場站將取消停靠點。江頭市場站（往仙岳路方向），將臨時取消公車輛停靠。
2015年06月13日起，99路線路恢復停靠往翔安隧道方向的“中醫院站”。
2015年06月24日起，途經軌道1號線鎮海路站的99路（金山小區站←→婦幼保健院站）調整部分線路走向：
1、線路走向：金山小區始發，停靠婦幼保健院站（原和平碼頭站）後，經鷺江道，壽山路、民族路、鷺江道接原線路往金山小區，不再繞行思明南路、鎮海路。
2、增減停站點：增停:思明區政府站（往金山小區）；減停:婦幼保健院站﹝泰谷酒店前﹞（往金山小區）。
2016年02月05日起，呂嶺路污水管道改造已竣工，途經線路恢復停靠受施工影響的“江頭市場站”公交站點，99路恢復停靠台灣街東側（往仙岳路方向）的“江頭市場站”。
2016年06月25日起，湖濱南路的“濱南長途汽車站”更名為“濱南美湖路口站”；湖濱南路的“中山醫院站”更名為“濱南中山醫院站”。
2016年09月03日起，調整截短99路至濱南中山醫院始發（金山小區站←→濱南中山醫院站），提高運行效率，降低重複率。濱南中山醫院往鷺江道、婦幼保健院的乘客可乘坐廈門10路、廈門30路、廈門941路、廈門656路、廈門758路等線路到達。同時，金山西路的“金山西里站”更名為“宏山新村站”。
1、線路走向：上行:金山小區始發，行至湖濱南路湖濱中路口，改為左轉湖濱中路，經禾祥西路、後濱路、湖濱南路至濱南中山醫院站。下行:濱南中山醫院站始發，經湖濱南路接原線路往金山小區。
2、增減停站點：增停:湖濱中路站（往濱南中山醫院方向）；減停:非礦站、濱南美湖路口站、濱南斗西路口站、角濱路口站、西堤站、市交通局站、鷺江道（往婦幼）、國貿海景站（往金山小區）、輪渡站（往婦幼）、輪渡公交場站（往金山小區）、海濱大廈站（往金山小區）、思明區政府站（往金山小區）、婦幼保健院站。
3、首末班時間：金山小區首班06:25末班23:00，濱南中山醫院首班06:30末班23:30[2]。
2017年01月21日起，調整99路延伸至五緣灣西公交場站始發（五緣灣西公交場站←→濱南中山醫院站），以消除公車輛在金山小區占道發班的安全隱患。
1、線路走向：上行:五緣灣西公交場站始發，經雲頂北路、枋湖北二路、金山路、五緣灣道、金湖路、雲頂北路、金山西路接原線路往濱南中山醫院。下行:濱南中山醫院站始發,行至金山小區，改經金山西路、雲頂北路、金湖路、五緣灣道、金山路、枋湖北二路（雲頂北路口調頭）至五緣灣西公交場站。
2、增減停站點：增停:五緣灣西公交場站、鍾宅五里站、鍾宅西三里站、五緣灣道站、穆厝村口站；減停:金山花園站（往濱南中山醫院）。
3、首末班時間：五緣灣西公交場站首班06:25末班23:00，濱南中山醫院首班06:30末班23:30。
4、站點更名：湖濱南路的“新村站”更名為“湖濱中學站”，湖濱南路的“湖東路西站”更名為“湖濱四里站”[3]。
2017年05月20日起，為消除在“中醫院分院站”臨時站點無站台區域候車的安全隱患，調整99路公交線路往呂厝方向單向減停台灣街的“中醫院分院站”，減停該站客流可由與該站相距120米的“天地花園站”分流。
運行路段
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99路（五緣灣西公交場站←→濱南中山醫院站）
線路走向：
上行：五緣灣西公交場站始發，經雲頂北路、枋湖北二路、金山路、五緣灣道、金湖路、雲頂北路、金山西路、雲頂北路、仙岳路、枋湖東路、金山西路、金尚路、仙岳路、台灣街、呂嶺路、湖濱北路、蓮岳路、檳榔路、安平路、鳳嶼路、湖光路、湖濱東路、湖濱南路、湖濱中路、禾祥西路、後濱路、湖濱南路至濱南中山醫院站。
下行：濱南中山醫院站始發，經湖濱南路、湖濱東路、湖光路、鳳嶼路、安平路、東明路、湖明路、湖明橋、湖濱北路、呂嶺路、台灣街、仙岳路、金尚路、金山西路、雲頂北路、金湖路、五緣灣道、金山路、枋湖北二路（雲頂北路口調頭）至五緣灣西公交場站。
沿途站點
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99路島內線路五緣灣西公交場站[首班06:25末班23:00] ←→濱南中山醫院站[首班06:30末班23:30]
跨段站點：五緣灣西公交場站——濱南中山醫院
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
上行
五緣灣西公交場站→鍾宅五里站→鍾宅西三里站→五緣灣道站→穆厝村口站→國際山莊站→宏山新村站→太薇山莊站→太薇花園→中醫院站→天地花園站→江頭市場站→呂厝站（捷運1號線，捷運2號線）→呂厝西站→長青路口站→蓮岳路口站→檳榔路站→檳榔新村站→鳳嶼路口站→湖光路站→湖濱中學站→閩南大廈站→湖濱中路站（捷運2號線）→濱南中山醫院站
下行
濱南中山醫院站→湖濱中學站→湖濱四里站→湖光路站→檳榔新村站→東明路站→篔簹街道站→長青路口站→呂厝西站→呂厝站（捷運1號線，捷運2號線）→江頭市場站→天地花園站→中醫院分院站→中醫院站→太薇花園站→祥店站→宏山新村站→國際山莊站→穆厝村口站→五緣灣道站→鍾宅西三里站→鍾宅五里站→五緣灣西公交場站
