歷史沿革
上世紀90年代，109路開通投入運營（芙蓉苑站←→火車站）。
1、沿途站點：上行:芙蓉苑→嘉園路→天安工業→華光路→萬景→塘邊光亮醫院→大唐世家→南山汽車城→康樂新村→禹洲新村→康樂→南山療養院→人才中心→電信公司→台灣酒店→湖東路→火車站。下行:火車站→金榜公園→文灶→湖中友好婦科門診→新村→湖東綠泉→台灣酒店→電信公司→人才中心→南山療養院→康樂→禹洲新村→南山汽車城→塘邊光亮醫院→萬景→華光路→天安工業→嘉園路→芙蓉苑。
2、首末班時間：芙蓉苑首班06:10末班21:00，火車站首班06:40末班21:30。
2007年01月09日起，因梧村汽車站地下通道和商業街工程的開展，公交線路將進行調整：由火車站始發往湖濱東路方向的109路線路，由各方向始發往火車站的，不再進入火車站大廣場作為終點停靠，改為繞行廈禾路的金榜公園站上下客後即往文灶、湖濱中路接返程線路運行。
2007年05月26日起，嘉禾路原“塘邊光亮醫院站”更名為“塘邊站”。同時，南山路原“南山汽車城站”更名為“嘉禾路口站”；湖濱東路原“電信公司站”更名為“體育中心西站”；湖濱東路原“台灣酒店站”更名為“南湖公園東門站”；湖濱中路原“湖中友好婦科門診站”更名為“湖濱中路站”；湖濱南路原“湖東綠泉站”更名為“湖東路西站”。
2007年11月07日起，因廈門湖裡興隆路（塘邊段）排水、排污管道施工需要，將進行道路封閉施工，興隆路部分路段實行道路交通管制，109路公交線路將做臨時調整。調整時間為2007年11月07日零時至2007年12月04日零時。109路（芙蓉苑站—經仙岳山隧道—火車站）由芙蓉苑始發經華光路、湖裡大道路口，改行湖裡大道、嘉禾路、南山路接原線路到火車站。增停站點：石頭皮山、塘邊。減停站點：華光、萬景、塘邊村。下行不變。
2008年06月24日起，廈門公交集團公交線路最佳化調整運營方案：80路和109路最佳化整合為80路（保稅區站←→火車站﹝湖東﹞）。取消原109路（火車站←→芙蓉苑），在整合後的80路投放10台非空調雙層巴士，以滿足市民乘坐非空調車出行的需求。
2008年07月01日起，開通109路投入運營（湖裡公交場站←→會展中心站）。
1、線路走向：上行:由湖裡公交場站經長岸路、興隆路、華昌路、湖裡大道、嘉禾路、呂嶺路、金尚路、蓮前西路、蓮前東路、會展南路到會展中心。下行:會展中心經會展南路七路、會展南五路、會展南二路、蓮前東路、金尚路、呂嶺路、嘉禾路、嘉禾路、湖裡大道、華昌路、海天路、長岸路到湖裡公交場站。
2、沿途站點：上行:湖裡公交場站、特區紀念館、華昌、湖裡街道、華榮、華光、石頭皮山、塘邊、SM城市廣場、仙岳路口、呂厝北、呂厝、蓮花三村、泰和花園、公路征費中心、線務局、北大生物園、禹洲花園、西林、西林雲頂、東芳山莊、瑞景新村、瑞景商業廣場、瑞景城潘宅、華林、國貿新城、前埔村、明發新城、會展中心。下行:會展中心、明發新城、前埔村、國貿新城、華林、瑞景城潘宅、瑞景商業廣場、瑞景新村、東芳山莊、西林雲頂、西林、禹洲花園、北大生物園、公路征費中心、泰和花園、蓮花三村、呂厝、呂厝北、仙岳路口、SM城市廣場、塘邊、石頭皮山、華光、華榮、湖裡街道、華昌、特區紀念館、湖裡建行、海天路口、湖裡公交場站。
2010年08月23日起，109路與525路兩條線路整合，定為109路（湖裡公交場站←→會展中心站）。整合後的109路車由中巴車型調換為大型公車，尖峰時段七八分鐘一班，平峰時段約10分鐘一班。
2011年05月16日起，廈門公交集團公交線路最佳化調整運營方案：108路和109路最佳化整合為109路（湖裡公交場站←→會展中心站），緩解仙岳路交通壓力。
1、線路走向：上行:由湖裡公交場站始發經長岸路、興隆路、華昌路、湖裡大道、嘉禾路、呂嶺路、金尚路、蓮前西路、蓮前東路、會展南路到會展中心。下行:會展中心始發經會展南路七路、會展南五路、會展南二路、蓮前東路、金尚路、金盛路、金泰路、呂嶺路、嘉禾路、嘉禾路、湖裡大道、華昌路、海天路、長岸路到湖裡公交場站。
2、沿途站點：上行:湖裡公交場站→特區紀念館→華昌→湖裡街道→華榮→華光→石頭皮山→塘邊→SM城市廣場→仙岳路口→呂厝北→呂厝→蓮花三村→泰和花園→公路征費中心→線務局→北大生物園→禹洲花園→西林→西林雲頂→東芳山莊→瑞景新村→瑞景商業廣場→瑞景城潘宅→華林→國貿新城→前埔村→明發新城→會展中心。下行:會展中心→明發新城→前埔村→國貿新城→華林→瑞景城潘宅→瑞景商業廣場→瑞景新村→東芳山莊→西林雲頂→西林→禹洲花園→北大生物園→中孚花園→忠侖→公路征費中心→泰和花園→蓮花三村→呂厝→呂厝北→仙岳路口→SM城市廣場→塘邊→石頭皮山→華光→華榮→湖裡街道→華昌→特區紀念館→湖裡建行→海天路口→湖裡公交場站。
3、首末班時間：湖裡公交場站首班05:30 末班23:05，會展中心首班05:30 末班23:05。
2012年11月08日起，因會展南路排洪箱涵截流工程施工需占用會展南路部分道路和環島路西側輔道，施工期間途經會展中心站點的公交線路調整運營方案。109路往會展中心方向，行至蓮前東路（文興東路），改經會展路、會展北路、環島東路至會展中心車場，返程不變。
2013年03月05日起，呂嶺路原“蓮花三村站”更名為“報業大廈站”。
2014年05月31日起，嘉禾路禁止左轉湖裡大道，109路公交線路的最佳化調整方案。往湖裡方向，行至嘉禾路興隆路口，改右轉經興隆路、新豐路、火炬路、湖裡大道接原線路運行，返程不變。單向增停：三中、大唐世家（需增設臨時停靠站）、小東山村口站。
2015年04月19日起，呂嶺路寶龍天橋到金尚路一段，將進行污水排放管道工程施工。受施工影響，報業大廈站、江頭市場站、公路征費中心站將取消停靠或設定臨時停靠點。報業大廈站（往呂厝方向）將在原報業大廈站點往呂厝方向過了台灣街路口處，增設一處臨時停靠站。109路改為停靠該臨時站點。公路征費中心站（往呂厝方向），將往東（蔡塘方向）移100米，設臨時停靠站點。
2015年05月17日起，湖裡華昌路分兩階段封閉施工，施工期間涉及的公交線路調整繞行，具體方案如下：
第一階段，華昌路（興隆路至湖裡大道段）封閉
施工時間：2015年05月17日至28日
站點調整：宜賓北路上增設一對“特區紀念館”臨時停靠站。
109路改雙向經宜賓北路運行，增停“特區紀念館”臨時停靠站，減停特區紀念館站。
2016年02月05日起，呂嶺路污水管道改造已竣工，途經線路恢復停靠受施工影響的“報業大廈站”公交站點，恢復停靠原有呂嶺路北側（往呂厝方向）的“報業大廈站”。直行呂嶺路穿過台灣街路口的109路公交線路恢復停靠該站點；同時取消臨時停靠站[1]。
2016年04月16日起，為方便市民及遊客的出行，蓮前東路的“瑞景城潘宅站”更名為“潘宅站”。
2016年12月24日起，為進一步方便乘客出行識別公交站點，規範過時的公交站名。會展南路的“會展中心站”首末站更名為“會展中心公交場站”（湖裡公交場站←→會展中心公交場站）。同時，蓮前東路的“瑞景新村站”更名為“外國語學校瑞景分校站”[2]。
2016年12月31日起，因軌道交通1號線呂厝站2號風亭施工圍擋需要，呂厝轉盤東進口（呂嶺路往嘉禾路方向）禁止大型車輛由呂嶺路右轉嘉禾路（限高2.5米），計畫工期四個月。受此影響，109路公交線路臨時調整，待施工結束後將適時恢復原線路運行。
1、線路走向：會展中心公交場站始發，行至呂嶺路江頭西路路口，改經江頭西路、呂厝路、嘉禾路至“呂厝北站”接原線路運行，返程不變。
2、站點調整：會展始發方向，臨時減停原“呂厝站”，改停靠“呂厝站”臨時站點（位於呂嶺路江頭郵電局門口處）。
3、其它運營方案不變。
2017年12月31日起，受捷運1號線開通影響，調整109路等7條島內線路停靠位於嘉禾路SM人行天橋下增設的“SM城市廣場”分站。新站點位於原有“SM城市廣場”站南側約120米，距軌道交通1號線烏石浦站出入口約120米。
運行路段
109路（湖裡公交場站←→會展中心公交場站）
線路走向：
上行：湖裡公交場站始發，經長岸路、興隆路、華昌路、湖裡大道、嘉禾路、呂嶺路、金尚路、蓮前西路、蓮前東路、環島幹道、會展南路、會展南三路至會展中心公交場站。
下行：會展中心公交場站始發，經會展南路七路、會展南六路、環島幹道、蓮前東路、金尚路、金盛路、金泰路、呂嶺路、江頭西路、呂厝路、嘉禾路、興隆路、新豐路、火炬路、湖裡大道、華昌路、海天路、長岸路至湖裡公交場站。
沿途站點
109路島內線路湖裡公交場站[首班05:30末班23:05]←→會展中心公交場站[首班05:30末班23:05]
跨段站點：湖裡公交場站——會展中心公交場站
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
上行
湖裡公交場站→特區紀念館站→華昌站→湖裡街道站→華榮站→華光站→石頭皮山站→塘邊站→SM城市廣場站→仙岳路口站→呂厝北站→呂厝站→報業大廈站→泰和花園站→公路征費中心站→線務局站→北大生物園站→禹洲花園站→西林站→西林雲頂站→東芳山莊站→外國語學校瑞景分校站→瑞景商業廣場站→潘宅站→華林站→國貿新城站→前埔村站→明發新城站→會展中心公交場站
下行
會展中心公交場站→明發海景菀站→明發新城站→前埔村站→國貿新城站→華林站→潘宅站→瑞景商業廣場站→外國語學校瑞景分校站→東芳山莊站→西林雲頂站→西林站→禹洲花園站→北大生物園站→金盛路站→忠侖站→公路征費中心站→泰和花園站→報業大廈站→呂厝斬→呂厝北站→仙岳路口站→SM城市廣場站→塘邊站→三中站→大唐世家站→小東山村口站→石頭皮山站→華光站→華榮站→湖裡街道站→華昌站→特區紀念館站→湖裡建行站→海天路口站→湖裡公交場站。
