繼位之爭
他出生於色雷斯的一個地方，是穆罕默德二世（征服者）的兒子，穆罕默德二世在1481年去世後，巴耶塞特與弟弟傑姆為王位繼承權而開戰，傑姆戰敗後逃到羅得島，向醫院騎士團尋求援助。騎士團挾持了傑姆，後來把他送到法國，其後再轉交給教皇英諾森八世。教皇欲利用傑姆作為驅逐土耳其人出歐洲的工具，但教皇的十字軍企圖失敗，後來利用他作為向巴耶塞特二世談判的籌碼。每年問巴塞耶特支付3萬金幣來囚禁他的弟弟。傑姆被囚禁至1495年，因膿瘡惡化，在那不勒斯的一所監獄中逝世。
內政優先
他於1481年登上奧斯曼帝國的王位。跟他的父親一樣，他是東西方文化的庇護者，並與其他蘇丹不同，巴耶塞特非常努力去確保民主政治的順利推行，所以他被冠以"正義者" 的稱號。他把穆斯林獻給慈善事業的財產一概歸還原主，為了反對前代的傾向歐洲風尚，他叫人把義大利畫家為穆罕默德所繪的畫像從宮中摘除。
1492年西班牙國王斐迪南二世下令驅逐境內的所有猶太人，奧斯曼帝國蘇丹巴耶塞特二世立刻派遣奧斯曼海軍到西班牙，把那些被西班牙驅逐的猶太人安全地送到奧斯曼帝國。巴耶塞特二世把猶太人安置在帝國各個省內，並向帝國各個省下達命令，帝國各個省要友好對待猶太人，禁止反猶，否則將處以死刑。其後，奧斯曼帝國蘇丹巴耶塞特二世寫信給西班牙國王斐迪南二世的信中說道“西班牙國王斐迪南二世是個偉大的統治者，寧願自己貧窮也要把財富贈送給別人，我實在是太需要這些人才了。”後來的歷史發展也證明了，巴耶塞特二世想法的正確，這些被西班牙驅逐的猶太人，把新的思想，新的技術帶進奧斯曼帝國，增強了奧斯曼帝國的國力，1493年西班牙裔猶太人在伊斯坦堡建立了奧斯曼帝國的第一台印刷機及建立印刷機構，並相繼出現了著名的猶太學者 如：Mordecai Comtino、Solomon ben Elijah Sharbiṭ ha-Zahab、Shabbethai ben Malkiel Cohen和Menahem Tamar等名人。
邊界衝突
在他統治帝國期間，他繼續進行父王所進行的開疆保土的事業，1483年帝國直接控制了巴爾幹地區的黑塞哥維那。1484年占領了多瑙河河口的要塞和德涅斯特河口要塞，挫敗了斯特凡三世使之稱臣，加強奧斯曼帝國對通往克里米亞的陸路控制。
1499-1503年的威尼斯戰爭（威土戰爭），巴耶塞特二世獲勝，最終征服了威尼斯共和國在摩里亞的采邑和亞得里亞海的要塞，並準確地訂定這地區的界線，這確定了奧斯曼帝國日後在地中海東部的海軍強權。
由於奧斯曼帝國把勢力擴展到小亞細亞大部分地區，就不得不同擁有敘利亞的埃及的馬穆魯克王朝發生衝突，雙方都竭力控制交界的地帶和緩衝的小國。這場曠日持久的爭奪戰最後陷入僵局。奧斯曼帝國一度奪取了馬穆魯克王朝的奇里乞亞，但是戰敗於阿達納戰役，不得不撤出奇里乞亞。
小亞細亞以東的局勢更是咄咄逼人，例如“紅頭什葉派”大大影響了巴耶塞特的統治，而且在背後受到波斯沙阿伊斯瑪儀一世的支持，他1499年建立了波斯薩法維帝國，很熱衷推廣什葉派以保持波斯的獨立性，從而逐漸損害奧斯曼帝國統治的威權。當時奧斯曼帝國在安那托利亞的統治甚至出現危機，而且當時巴耶塞特的大維齊爾（宰相）——阿里·帕夏（Ali Pasha），亦在鎮壓造反者時被殺。
晚年變局
在1509年9月14日，君士坦丁堡被地震破壞。巴耶塞特的晚年發生了塞利姆和艾哈邁德的皇位鬥爭。艾哈邁德，是塞利姆的哥哥，他打敗了卡拉曼（Karaman）的土耳其人和他們位於安那托利亞的盟友薩非王朝，並正凱旋返回君士坦丁堡。塞利姆害怕他的自身安全受到威脅，他在色雷斯發動起義，但被巴耶塞特鎮壓並被驅逐至克里米亞（1511年）。在這時候，巴耶塞特逐漸覺得艾哈邁德可能會殺害自己而去奪得皇位而非常害怕，所以他禁止艾哈邁德進入君士坦丁堡。
被逼退位
這時，塞利姆由克里米亞折返，並受到禁衛軍的支持，打敗及殺死了艾哈邁德。巴耶塞特接著於1512年4月25日退位給兒子賽利姆一世，巴耶塞特離開並往出生地方隱居，但他於路上去世，並埋葬於在伊斯坦堡的巴耶塞特二世清真寺旁。他是個虔誠的穆斯林，在位時的大部分歲入用於建設清真寺，經學院、醫院和橋樑。他支持奧斯曼境內外的法官、學者和詩人，還對哲學和宇宙學感興趣。
