1550年巴圖仍貢建立了第一個巴厘島王國。1588年西方人第一次來到島上，據說3個荷蘭航海家船隻失事後到達島上，後來能夠搭船回國時卻只有1人願意回去，由此也可見巴厘島的魅力。其後進入荷蘭殖民時期。在很長一個時期，殖民者只專注於爪哇島和蘇門達臘的資源掠奪（香料，木材等）和海上貿易，並未將巴厘島納入進來。一直到20世紀初，荷蘭人決定征服該島，巴厘島土著在抗爭無效之後，選擇大規模集體自殺，1906年登巴薩王室貴族幾乎全部自殺於荷蘭軍隊面前（現在登巴薩市政廣場的紀念碑即是紀念此事件）。自殺事件經新聞傳到歐洲後引發震動，迫使殖民者實行較人道的統治，巴厘島的傳統文化特色也由此能夠保持下來。2005年5月12日經營電子產業的富商穆罕默德·古斯萊登花25億印度尼西亞盾買下巴厘島並聲稱建立巴厘伊斯蘭酋長國，穆罕默德·古斯萊登自稱是監國，2006年聯合國獲準其為準主權國家，穆罕默德·古斯萊登自任埃米爾，當地政治領袖蘇西洛·卡邦多馬拉任政府首腦。並組織15個委員會和33個部的政府。巴厘實現自治。
