背景
傳統迷信認為巫蠱之術（即巫術詛咒及用木偶人埋地下）可以害人。漢武帝晚年多病，疑其為左右人巫蠱所致。
漢武帝一生沉迷女色，後宮有多位佳人先後失寵，為重新獲得帝王的恩寵，後宮諸位多邀請女巫入宮，試圖以巫術達到目標，同時對其所嫉妒者便施以巫蠱之術，一時間後宮迷亂，時有發生因後宮的巫蠱之事而牽連朝中大臣的事件。而此時的皇后衛子夫年老色衰，失去漢武帝的寵信，同時外戚家族衛氏於朝廷當中的權勢日盛。
經過
巫蠱事起
征和元年（公元前92年），漢武帝住在建章宮，看到一個男子帶劍進入中龍華門，懷疑是不尋常的人，便命人捕捉。該男子棄劍逃跑，侍衛們追趕，未能擒獲。漢武帝大怒，將掌管宮門出入的門候處死。冬十一月，漢武帝徵調三輔地區的騎兵對上林苑進行大搜查，並下令關閉長安城門進行搜尋，十一天后解除戒嚴。巫蠱事件開始出現。
丞相公孫賀的夫人衛君孺，是衛皇后的姐姐，公孫賀因此受到寵信。公孫賀的兒子公孫敬聲接替父親擔任太僕，驕橫奢侈。不遵守法紀，擅自動用北軍軍費一千九百萬錢，事情敗露後被捕下獄。這時，漢武帝正詔令各地緊急通緝陽陵大俠客朱安世，於是公孫賀請求漢武帝讓他負責追捕朱安世，來為其子公孫敬聲贖罪，漢武帝批准了他的請求。後來，公孫賀果然將朱安世逮捕。朱安世卻笑著說：“丞相將要禍及全族了！”於是從獄中上書朝廷，揭發說：“公孫敬聲與陽石公主私通；他得知陛下將要前往甘泉宮，便讓巫師在陛下專用的馳道上埋藏木偶人，詛咒陛下，口出惡言。”
征和二年（公元前91年）春正月，公孫賀被逮捕下獄，經調查罪名屬實，父子二人都死於獄中，並被滅族，同時還牽連陽石公主和皇后衛子夫所生的另一個女兒諸邑公主以及衛青的長子衛伉全部被殺。衛氏在漢廷內部的政治盟友也因此損失殆盡。
漢武帝任命涿郡太守劉屈氂為丞相，封其為澎侯。
江充構陷
這時，方士和各類神巫多聚集在京師長安，大都是以左道旁門的奇幻邪術迷惑眾人，無所不為。一些女巫來於宮中，教宮中美人躲避災難的辦法，在每間屋裡都埋上木頭人，進行祭祀。因相互妒忌爭吵時，就輪番告發對方詛咒皇帝、大逆不道。漢武帝大怒，將被告發的人處死，後宮妃嬪、宮女以及受牽連的大臣共殺了數百人。
漢武帝產生疑心以後，有一次，在白天小睡，夢見有好幾千木頭人手持棍棒想要襲擊他，霍然驚醒，從此感到身體不舒服，精神恍惚，記憶力大減。江充自以為與太子劉據、衛皇后有嫌隙，見漢武帝年紀已老，害怕漢武帝去世後被劉據誅殺，便定下奸謀，說漢武帝的病是因為有巫術蠱作祟造成的。於是漢武帝派江充為使者，負責查出巫蠱案。江充率領胡人巫師到各處掘地尋找木頭人，並逮捕了那些用巫術害人，夜間守禱祝及自稱能見到鬼魂的人，又命人事先在一些地方灑上血污，然後對被捕之人進行審訊，將那些染上血污的地方指為他們以邪術害人之處，並施以鐵鉗燒灼之刑，強迫他們認罪。於是百姓們相互誣指對方用巫蠱害人；官吏則每每參劾別人為大逆不道。從京師長安、三輔地區到各郡、國，因此而死的先後共有數萬人。
太子起兵
漢武帝年事已高，懷疑周圍的人都在用巫蠱詛咒於他；而那些被逮捕治罪的人，無論真實情況如何，誰也不敢訴說自己有冤。江充窺探出漢武帝的疑懼心理，便指使胡人巫師檀何言稱：“宮中有蠱氣，不將這蠱氣除去，皇上的病就一直不會好。”於是漢武帝派江充進入宮中，直至宮禁深處，毀壞皇帝的寶座，挖地找蠱；又派按道侯韓說、御史章贛、黃門蘇文等協助江充。
江充先從後宮中漢武帝已很少理會的妃嬪的房間著手，然後依次搜尋，一直搜到皇后宮和太子宮中，各處的地面都被縱橫翻起，以致太子和皇后連放床的地方都沒有了。江充揚言：“在太子宮中找出的木頭人最多，還有寫在絲帛上的文字，內容大逆不道，應當奏聞陛下。”
劉據非常害怕，問少傅石德應當怎么辦。石德害怕因為自己是太子的老師而受牽連被殺，便對劉據說：“先前公孫賀父子、兩位公主以及衛伉等都被指犯有用巫蠱害人之罪而被殺死，如今巫師與皇上的使者又從宮中挖出證據，不知是巫師放置的呢，還是確實有，自己是無法解釋清楚的。你可假傳聖旨，將江充等人逮捕下獄，徹底追究其奸謀。況且陛下有病住在甘泉宮，皇后和您派去請安的人都沒能見到陛下，陛下是否還在，實未可知，而奸臣竟敢如此，難道您忘了秦朝太子扶蘇之事了嗎！”劉據說：“我這作兒子的怎能擅自誅殺大臣！不如前往甘泉宮請罪，或許能僥倖無事。”劉據打算親自前往甘泉宮，但江充卻抓住劉據之事逼迫甚急，劉據想不出別的辦法，於是按著石德的計策行事。
秋七月壬午（初九），劉據派門客冒充皇帝使者，逮捕了江充等人。按道侯韓說懷疑使者是假的，不肯接受詔書，被劉據門客殺死。劉據親自監殺江充，罵道：“你這趙國的奴才，先前擾害你們國王父子，還嫌不夠，如今又來擾害我們父子！”又將江充手下的胡人巫師燒死在上林苑中。
長安大亂
劉據派侍從門客無且攜帶符節乘夜進入未央宮長秋門，通過長御女官倚華將一切報告衛皇后，然後調發皇家馬的馬車運載射手，打開武器庫拿出武器，又調髮長樂宮的衛卒。長安城中一片混亂，紛紛傳言：“太子造反”。蘇文得以逃出長安，來到甘泉宮，向漢武帝報告說太子很不像話。
漢武帝說道：“太子肯定是害怕了，又憤恨江充等人，所以發生這樣的變故。”因而派使臣召劉據前來。使臣不敢進入長安，回去報告說：“太子已經造反，要殺我，我逃了回來。”漢武帝大怒。丞相劉屈氂聽到事變訊息後，抽身就逃，連丞相的官印、綬帶都丟掉了，派長史乘驛站快馬奏報漢武帝。漢武帝問道：“丞相是怎么做的？”長史回答說：“丞相封鎖訊息，沒敢發兵。”漢武帝生氣地說：“事情已經這樣沸沸揚揚，還有什麼秘密可言！丞相沒有周公的遺風，難道周公能不殺管叔和蔡叔嗎！”於是給丞相頒賜印有璽印的詔書，命令他：“捕殺叛逆者，朕自會賞罰分明。套用牛車作為掩護，不要和叛逆者短兵相接，殺傷過多兵卒崐！緊守城門，決不能讓叛軍衝出長安城！”
劉據發表宣言，向文武百官發出號令說：“陛下因病困居甘泉宮，我懷疑可能發生了變故，奸臣們想乘機叛亂。”漢武帝於是從甘泉宮返回，來到長安城西建章宮，頒布詔書徵調三輔附近各縣的軍隊，部署中二千石以下官員，歸丞相兼職統轄。劉據也派使者假傳聖旨，將關在長安中都官獄中的囚徒赦免放出，命少傅石德及門客張光等分別統轄；又派長安囚徒如侯持符節徵發長水和宣曲兩地的胡人騎兵，一律全副武裝前來會合。
侍郎馬通受漢武帝派遣來到長安，得知此事後立即追趕前去，將如侯逮捕，並告訴胡人：“如侯帶來的符節是假的，不能聽他調遣！”於是將如侯處死，帶領胡人騎兵開進長安；又徵調船兵楫棹士，交給大鴻臚商丘成指揮。當初，漢朝的符節是純赤色，因劉據用赤色符節，所以在漢武帝所發的符節上改加黃纓以示區別。
血流成河
劉據來到北軍軍營南門之外，站在車上，將護北軍使者任安召出，頒與符節，命令任安發兵。但任安拜受符節後，卻返回營中，閉門不出。劉據帶人離去，將長安四市的市民約數萬人強行武裝起來，到長樂宮西門外，正遇到丞相劉屈氂率領的軍隊，雙方會戰五天，死亡數萬人，鮮血像水一樣留入街邊的水溝。民間都說“太子謀反”，所以人們不依附太子，而丞相一邊的兵力卻不斷加強。
庚寅（十七日），劉據兵敗，南逃到長安城覆盎門。司直田仁正率兵把守城門，因覺得劉據與漢武帝是父子關係，不願逼迫太急，所以使劉據得以逃出城外。劉屈氂要殺田仁，御史大夫暴勝之對劉屈氂說：“司直為朝廷二千石大員，理應先行奏請，怎能擅自斬殺呢！”於是劉屈氂將田仁釋放。
漢武帝聽說後大發雷霆，將暴勝之逮捕治罪，責問他道：“司直放走謀反的人，丞相殺他，是執行國家的法律，你為什麼要擅加阻止？”暴勝之惶恐不安，自殺而死。漢武帝下詔派宗正劉長、執金吾劉敢攜帶皇帝下達的諭旨收回皇后的印璽和綬帶，衛皇后自殺。
漢武帝認為，任安是老官吏，見出現戰亂之事，想坐觀成敗，看誰取勝就歸附誰，對朝廷懷有二心，因此將任安與田仁一同腰斬，漢武帝因馬通擒獲如侯，封其為重合侯；長安男子景建跟隨馬通，擒獲石德，封其為德侯；商丘成奮力戰鬥，擒獲張光，封其侯。劉據的眾門客，因曾經出入宮門，所以一律處死；凡是跟隨劉據發兵謀反的，一律按謀反罪滅族；各級官吏和兵卒凡非出於本心，而被劉據挾迫的，一律放逐到敦煌郡。因劉據逃亡在外，所以開始在長安各城門設定屯守軍隊。
漢武醒悟
漢武帝憤怒異常，群臣感到憂慮和恐懼，不知如何是好。壺關三老令孤茂上書漢武帝說：“我聽說：父親就好比是天，母親就好比是地，兒子就好比是天地間的萬物，所以只有上天平靜，大地安然，萬物才能茂盛；只有父慈，母愛，兒子才能孝順。如今皇太子本是漢朝的合法繼承人，將承繼萬世大業，執行祖宗的重託，論關係又是皇上的嫡長子。江充本為一介平民，不過是個市井中的奴才罷了，陛下卻對他尊顯重用，讓他挾至尊之命來迫害皇太子，糾集一批奸邪小人，對皇太子進行欺詐栽贓、逼迫陷害，使陛下與太子的父子至親關係隔塞不通。太子進則不能面見皇上，退則被亂臣的陷害困擾，獨自蒙冤，無處申訴，忍不住忿恨的心情，起而殺死江充，卻又害怕皇上降罪，被迫逃亡。太子作為陛下的兒子，盜用父親的軍隊，不過是為了救難，使自己免遭別人的陷害罷了，臣認為並非有什麼險惡的用心。《詩經》上說：‘綠蠅往來落籬笆，謙謙君子不信讒。否則讒言無休止，天下必然出大亂。’以往，江充曾以讒言害死趙太子，天下人無不知曉。而今陛下不加調查，就過分地責備太子，發雷霆之怒，徵調大軍追捕太子，還命丞相親自指揮，致使智慧之人不敢進言，善辯之士難以張口，我心中實在感到痛惜。希望陛下放寬心懷，平心靜氣，不要苛求自己的親人，不要對太子的錯誤耿耿於懷，立即結束對太子的征討，不要讓太子長期逃亡在外！我以對陛下的一片忠心，隨時準備獻出我短暫的性命，待罪於建章宮外。”奏章遞上去，漢武帝見到後受到感動而醒悟，但還沒有公開頒布赦免。
劉據向東逃到湖縣，隱藏在泉鳩里。主人家境貧寒，經常織賣草鞋來奉養劉據。劉據有一位以前相識的人住在湖縣，聽說很富有，劉據派人去叫他，於是訊息泄露。八月辛亥（初八），地方官圍捕劉據。劉據自己估計難以逃脫，便回到屋中，緊閉房門，自縊而死。前來搜捕的兵卒中，有一山陽男子名叫張富昌，用腳踹開房門。新安縣令史李壽跑上前去，將劉據抱住解下。主人與搜捕劉據的人格鬥而死，二位皇孫也一同遇害。漢武帝感傷於劉據之死，便封李壽為侯，張富昌為題侯。
征和三年（公元前90年），官吏和百姓以巫蠱害人罪相互告發的，經過調查發現多為有不實。此時漢武帝也頗知太子劉據是因被江充逼迫，惶恐不安，才起兵誅殺江充，並無他意，正好守衛漢高祖祭廟的郎官田千秋又上緊急奏章，為劉據鳴冤說：“作兒子的擅自動用父親的軍隊，其罪應受鞭打。天子的兒子誤殺了人，又有什麼罪呢！我夢見一位白髮老翁，教我上此奏章。”於是漢武帝霍然醒悟，召見田千秋，對他說：“我們父子之間的事，一般認為外人難以插言，只有你知道其間的不實之處。這時高祖皇帝的神靈派您來指教於我，您應當擔任我的輔佐大臣。”立即就任命田千秋為大鴻臚，並下令將江充滿門抄斬，將蘇文燒死在橫橋之上。曾在泉鳩里對太子兵刃相加的人，最初被任命為北地太守，後也遭滿門抄斬。漢武帝憐惜劉據無辜遭害，便特修一座思子宮，又在湖縣建了一座歸來望思之台，天下人聽說這件事後，都很悲傷。
後續
事情水落石出後，漢武帝追悔莫及，便轉手報復當初參與謀害劉據的人，丞相劉屈氂等相關人物被以各種理由被殺或自殺，牽連甚廣。
征和三年（公元前90年），內侍郭穰密告丞相劉屈氂夫人詛咒漢武帝，並與貳師將軍李廣利共禱祠，欲令昌邑王為帝。後劉屈氂被腰斬於東市，其妻則是梟首華陽街，李廣利妻子被捕。李廣利當時正在前線打仗，得知訊息後倉促出擊匈奴，兵敗後投降，後來在衛律的運作下被殺。
後元元年（前88年），參與鎮壓太子的馬通，與親近江充的兄長侍中僕射馬何羅，因江充被滅族而心懷恐懼，合謀持刀入武帝臥室行刺，為金日磾發覺搏拘，被處死。
漢武帝死後，幼子劉弗陵登基，是為漢昭帝。漢昭帝早逝無子，霍光等人於是立漢武帝之孫劉賀，劉賀登基不久因為品行惡劣又被霍光廢掉。然後，霍光立了戾太子劉據唯一倖存的孫子劉病已為帝，漢朝帝位回到劉據的後裔手上。
評價
班固：巫蠱之禍，豈不哀哉！此不唯一江充之辜，亦有天時，非人力所致焉。建元六年，蚩尤之旗見，其長竟天。後遂命將出征，略取河南，建置朔方。其春，戾太子生。自是之後，師行三十年，兵所誅屠夷滅死者不可勝數。及巫蠱事起，京師流血，殭屍數萬，太子子父皆敗。故太子生長於兵，與之終始，何獨一嬖臣哉！秦始皇即位三十九年，內平六國，外攘四夷，死人如亂麻，暴骨長城之下，頭盧相屬於道，不一日而無兵。由是山東之難興，四方潰而逆秦。秦將吏外畔，賊臣內發，亂作蕭牆，禍成二世。故曰“兵猶火也，弗戢必自焚”，信矣。是以倉頡作書，“止”“戈”為“武”。聖人以武禁暴整亂，止息兵戈，非以為殘而興縱之也。《易》曰：“天子所助者順也，人之所助者信也；君子履信思順，自天祐之，吉無不利也。”故車千秋指明蠱情，章太子之冤。千秋材知未必能過人也，以其銷惡運，遏亂原，因衰激極，道迎善氣，傳得天人之祐助雲。
司馬光：古之明王教養太子，為之擇方正敦良之士以為保傅、師友、使朝夕與之游處。左右前後無非正人，出入起居無非正道，然猶有淫放邪僻而陷於禍敗者焉。今乃使太子自通賓客，從其所好。夫正直難親，諂諛易合，此固中人之常情，宜太子之不終也！
蔡東藩：武帝南征北討，欲為子孫貽謀，而反自殺其子孫，尤為可嘆。思子宮成，歸來台作，果何益乎？
影響
1.巫蠱之禍和漢武帝“悔悟”後的報復、追責，導致大量政治上層人物被殺，國本動搖，有學者認為巫蠱之禍實為西漢由盛轉衰的轉折點。
2.巫蠱之亂發生於國都，前後將近四十萬人收到牽連，一時人人自危，統治者的威信受到很大挑戰。
3.戾太子劉據的自殺讓漢武帝多年培養的接班人計畫落空，劉氏接班人大量受牽連，朝中大臣也多受誅連，導致後來的霍光專權。
4.巫蠱之禍後兩年，漢武帝下達輪台罪己詔，開始反思並調整其執政策略，減少軍事行動而將注意力更多轉向“富民”。
