醫院設有23個臨床一級科室和12個二級科室；專病門診40個；醫技科室6個；有國家中醫藥管理局重點專科2個（周圍血管科、老年病醫療中心），中藥製劑國家三級實驗室1個，省重點專科、學科9個。各臨床科室都形成了自己的優勢和特色，如內科的心腦血管疾病、血液、腫瘤、風濕類風濕病、糖尿病、脾胃病、肝病、呼吸系統疾病和腎病；骨科的脊柱病、創傷病，顯微骨科和小兒骨科；中西醫結合外科、瘡瘍乳腺病；周圍血管病；肛腸疾病；不孕、不育症；小兒消化系統、呼吸系統疾病、高熱驚風、小兒多動症；推拿治療小兒腹瀉、椎間盤脫出症；針灸治療中風、膽石症、各類疼痛性疾病。眼科、耳鼻喉科、皮膚科、口腔科等形成了自己的醫療專長。同時在康復保健、老年保健及預防保健等方面也獨具特色和優勢。開設健康查體指導中心等特需服務，為病人提供多層次的醫療服務。
醫院名醫雲集，其中被確定為全國和省級老中醫藥專家學術經驗繼承導師的就有30多人。如多以清熱解毒法治療風濕免疫性疾病的名老中醫張鳴鶴主任醫師；善以中醫中藥治療周圍血管病的名老中醫尚德俊主任醫師；對中醫中藥治療肝病有獨到見解的名老中醫王文正主任醫師；常以健脾益氣法治療糖尿病的名老中醫程益春主任醫師；中西醫結合治療急性粒細胞性白血病的名老中醫焦中華主任醫師；多採用清熱解毒法治療中風先兆的名老中醫邵念方主任醫師；對以活血化淤法治療冠心病有深入研究的名老中醫、博士生導師丁書文主任醫師等。
醫院設備精良，科室實力雄厚，醫院現有萬元以上設備901台，先進的設備有多層螺旋CT、磁共振、數字胃腸機、CR處理系統、C型臂、心臟彩超、全自動生化分析儀、美國進口的洗腸機、乳腺X光機、麥默通乳腺介入穿刺微創活檢系統、高頻乳腺B超儀和血液透析儀、日本進口的數字腸鏡等，設備總值過億元。
醫院是山東中醫藥大學臨床學院，承擔著山東中醫藥大學本、專科生、研究生的臨床教學和管理工作。現設9個臨床教研室，每年接收國內外各類進修人員800餘名。現有博士點7個；碩士點覆蓋臨床各學科。五年來，醫院獲得國家科技部“十一五”攻關課題12項，國家自然科學基金課題6項，省部級課題39項，廳局級課題117項。獲山東省科技進步二等獎5項，三等獎19項，山東省自然科學獎三等獎1項，山東中醫藥學會獎和山東省高等學校優秀科技成果獎27項，中華中醫藥學會學術著作獎2項。每年在省部級以上學術刊物發表論文300餘篇。主編有國家級雜誌《中國肛腸病雜誌》和《中國中西醫結合影像學雜誌》，並承擔著《山東中醫雜誌》的協編任務。
醫院對外交流合作頻繁。每年接待十餘個國家的參觀者百餘人，培養外國留學生、研究生100餘人。與韓國安東琉璃韓方病院、德國巴伐利亞州施瓦賓醫院、韓國慶熙大學校韓醫科大學附屬韓方病院等醫療機構建立良好的合作交流關係，與韓國國際協力團合作成立了“中韓東方醫學研究中心”，並與香港東華三院、澳洲全國中醫藥針灸學會聯合會簽訂了合作意向書。
醫院精神文明建設成績斐然，多次被評為“省衛生系統文明單位”，多人榮獲全國和省衛生系統先進工作者，4人被選為全國、省、市人大代表，8人擔任全國、省、市、區級政協委員。連續四年被評為“山東省文化科技衛生三下鄉先進集體”。“全省抗擊非典型肺炎先進集體”，省糾風辦、省衛生廳評選的“全省縣以上醫院行風民主評議活動先進集體”。
醫院文化建設豐富多彩，醫院先後向院內外公開徵集院徽、院歌、院訓、制定醫院文化理念。經過嚴格的篩選，把醫院文化發展的理念定位為：團結嚴謹、繼承創新、樂群敬業，厚德懷仁。把陰陽太極圖，配合現代理念具有中西醫結合特色的圖案定為院徽，把“團結嚴謹、繼承創新”定為院訓、把“生命的陽光溫暖大家”定為院歌。歌詞中這樣唱道：我們托起泰山的朝霞，輝映著醫院高樓大廈。我們挽住黃河的波濤，澆灌出醫院遍地鮮花。我們繼承傳統精華，把中華醫術發揚光大。我們開創時代的篇章，把華夏文明播撒天下。我們是華佗的傳人，本草綱目顯風雅，我們是白衣天使，橄欖綠葉心中發。杏林春暖、一花獨放多么美麗、多么瀟灑、全心全意為病人服務，用生命的陽光溫暖大家。每當醫院重大活動中職工唱起自己的院歌，倍感自豪。另外醫院有自己的網路，通過現代化的宣傳手段宣傳醫院的文化信息，發展理念。利用宣傳欄宣傳醫院的重大活動。醫院有自己的院報“中醫大附院報”，利用院報“走進附院人”“天使風采”“特色科室”“好人好事”等欄目宣傳醫院文化發展理念，在醫院形成了濃厚的文化建設氛圍。
醫院多年來始終堅持“以病人為中心，以質量為核心”的宗旨，立足改革，以人為本，發揮中醫優勢，實施科技興院、人才強院，依德治院的基本戰略，努力繼承和發揚祖國醫學，緊密結合現代醫學發展，不斷強化醫院管理，推進“名院、名科、名醫”工程。把醫院建成一座以醫療、教學、科研為主題，服務功能齊全、醫技一流、設施一流、服務一流的大型現代化綜合性中醫院，全心全意服務於患者，服務於社會。
