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2005年3月，經過衛生監督與疾病預防控制體系改革，撤銷原山亭區衛生防疫站，新組建山亭區疾病預防控制中心，為正科級全額事業單位。中心現有在編人員44人，專業技術人員33人，其中具有高級職稱人員2人，中級職稱21人，初級職稱10人，碩士學歷1人，本科學歷8人，大專學歷12人。中心內設辦公室、財務科、疾控科、愛滋病防治科、免疫規劃科、慢性病防治科、衛生科、健康教育科、檢驗科、工會10個業務科室。山亭區疾病預防控制中心是山亭區疾病預防控制、公共衛生技術服務業務指導中心。擔負著國家、省、市下達的重大疾病預防控制的指令性任務；負責制定全區疾病預防控制規劃、方案並組織實施；負責全區傳染病疫情的收集、分析、上報和突發公共衛生事件的現場調查及應急處理，組織開展疾病暴發流行的報告和調查處理；負責全區預防性生物製品管理，組織實施適宜人群的預防接種及管理工作；負責常見病原微生物檢驗檢測和常見毒物、污染物的檢驗鑑定；負責疾病監測和食品衛生、職業衛生和環境衛生等領域健康危害因素監測；承擔衛生監督執法相關的檢驗檢測任務；組織開展健康教育與健康促進工作；負責對鄉鎮衛生院的業務指導、人員培訓和業務考核；指導全區醫療衛生機構傳染病防治工作。
