內設科室
辦公室
1、負責局機關行政管理，協助局領導協調機關工作。
2、負責組織人事具體事務工作。
3、負責勞動工資、幹部考察、年度考核獎懲、幹部年報、人員培訓、技術職務聘任工作。
4、負責擬定年度工作計畫、總結、機關行政管理制度並督促實施。
5、負責信訪、提案、議案辦理。
6、負責公文的收發處理、會議組織、檔案管理、保密、保衛、安全、財務、後勤、環境衛生、計畫生育、政務信息等工作。
7、負責全局政務公開工作。
8、負責編制財務年度計畫及財務統計、報表編制匯總。
9、負責固定資產的監督管理工作。
綜合計畫科
1、負責編制環境保護中長期規劃、環境保護專項規劃、綜合整治規劃和區域環境規劃，並監督實施。
2、參與制定全縣經濟和社會發展中長期規劃、城市發展總體規劃、區域開發和資源開發規劃的有關工作。
3、負責縣長環保目標責任狀的分解、落實,並組織檢查考核。
4、負責環境統計工作。
5、組織編制全縣環境狀況公報。
6、組織編制並下達環境監測年度工作計畫。
7、組織編制並下達排污費徵收和使用年度工作計畫，並監督實施
8、編制全縣污染物排放總量控制計畫和跨世紀綠色工程規劃，並組織實施和考核。
9、監督檢查建設項目執行“三同時”制度，並組織竣工驗收。
10、配合有關部門公布（或嚴格控制）建設的重污染項目和污染嚴重的落後工藝、設備名錄。
11、協調處理建設項目環境污染方面的具體糾紛。
行政服務科
1、負責新、擴、改建設項目環境影響的審查，辦理建設項目環境保護審批手續。
2、建築工地夜間施工許可證核發。
3、負責協調處理環保行政許可事項辦理過程中的相關問題。
4、負責視窗環保行政許可諮詢服務工作。
5、負責建設項目審批前後的服務工作。
6、負責領導交辦的其他事項。
環境管理科
1、負責擬訂環境管理地方規定和污染物排放標準，並組織實施。
2、負責全縣工業污染源的調查工作，編制污染源限期治理計畫、達標排放計畫。
3、負責全縣水、大氣、噪聲、固體廢棄物污染治理項目的方案審查,組織竣工驗收。
4、負責排污許可證的審核發放、管理工作。
5、組織城市環境綜合整治定量考核工作。
6、負責城區噪聲達標區、煙塵控制區規劃、建設與鞏固、擴建及國道、省道兩側的煙塵控制工作。
7、負責審查危險固體廢物進口、轉移、處置、排放的有關環保手續。
8、公布有毒化學品優先控制目錄，依照許可權審查化學品首次進口及有毒化學品進出口有關環保手續
9、負責全縣排污口規範化整治工作。
10、配合有關部門實施污染集中控制、淘汰污染嚴重的落後工藝和設備；
11、組織編制環境功能區劃
12、組織創建國家環境保護模範城市工作。
13、負責放射性和電磁輻射污染源的監督管理。
14、負責環保產業管理及環保產品論證工作。
15、負責環境標準、環保產品標準和環境標誌的管理
16、、負責審核環境工程施工資格證書及環境治理工程項目的招標管理工作
17、負責有關環保課題、項目的立項審查、編制上報工作。
18、指導、參與清潔生產審計及ISO14000論證工作。
19、組織編制環境保護科技發展規劃、計畫並監督實施。
20、負責環保科技信息收集、交流和環保技術指導、諮詢服務。
自然保護科
1、負責縣域範圍內自然保護和生態保護的監督管理工作，擬定生態保護和自然保護規劃及管理辦法，並組織監督實施。
2、負責本縣國家級生態縣建設規劃的編制修改完善工作，擬定工作目標，分解落實，督促有關部門實施，並組織考核。
3、負責農業生產環境保護和農村環境管理工作，組織推廣生態農業建設成果。
4、負責農村環境綜合整治工作，指導鄉鎮制定環保規劃，指導集鎮煙控區、噪聲達標區建設、驗收工作。
5、負責鄉鎮飲用水源的保護工作，組織環境優美鄉鎮、生態村、生態小區的創建、驗收工作。
6、負責擬定運西自然保護區核心區建設方案和管理辦法。
7、會同有關部門制定減少化肥、農藥、農膜的使用措施，引導和推廣畜禽糞便和秸稈綜合利用。
8、組織參與綠色食品、有機食品的基地建設和環保標誌產品的上報論證工作。
9、會同有關部門做好野生動植物、風景名勝遊覽區等方面的保護工作。
10、參與農業土地、流域、區域的綜合開發環境管理工作和農業生態重大污染事故的處理工作。
11、參與組織自然資源核算工作等。
12、參與對自然資源開發利用項目和對生態環境有影響的建設項目環評審批、“三同時”驗收。
法制宣教科
1、負責審查本局有關環境執法行為的規範性檔案草案，按法定許可權負責環境行政執法的解釋工作。
2、負責環境行政處罰文書的製作、送達、執行工作，組織環境行政處罰的聽證工作和處理行政案件複議、應訴事務及有關行政賠償工作。
3、負責對本局科、監察大隊、監測站的執法行為進行監督檢查，組織行政執法人員資格審查、學法培訓工作。
4、根據本局統一部署，組織全縣環保執法檢查；根據上級部門的環保執法檢查計畫，負責承辦本局的具體工作。
5、負責全縣工業企業環境行為信息公開化制度的實施，定期發布評級結果。
6、協助辦公室開展政務公開工作。
7、負責制定全縣環境保護宣傳教育規劃、計畫，並組織實施。
8、組織開展環保法律法規的宣傳教育，會同有關部門實施對各級領導幹部、企事業法人代表的培訓，組織舉辦環保法制講座和培訓班。
9、指導綠色學校（幼稚園）、綠色社區和環境教育基地的創建工作，並組織考評驗收。
10、負責報刊、廣播、電視環境宣傳和新聞報導、“六·五”世界環境日等重大紀念日環境宣傳的組織實施。
11、編撰《寶應環保資訊》內部刊物，定期印發。
12、負責普法宣傳教育工作。
13、負責縣環委會辦公室日常工作等。
監察室
1、對本系統黨員、幹部、職工執行黨的路線、方針、政策、國家的法律、法規和本系統制度、規定情況實施監督檢查。
2、協助局黨組、局長室研究分析本系統黨風、政風、行風方面存在的問題，並針對相關問題提出建議和意見，制定防範措施；定期向上級紀檢監察部門和局黨組、局長室匯報黨員、幹部職工遵紀守法的情況。
3、對黨員、幹部、職工進行形式多樣的黨性、黨風、黨紀、政紀教育，並開展正反典型教育，用身邊的人講身邊的事，育身邊的人。
4、受理民眾對本系統、黨組織、黨員、幹部職工的檢舉、控告；受理、調查本單位、黨組織、黨員、幹部職工違反黨紀、政紀、規定、制度的行為和案件，提出處理建議。
5、受理不服黨紀、政紀處分的申訴案件
