同年加入南方同盟海軍,被授予海軍上校軍銜,擔任以鐵甲船“維吉尼亞”號為旗艦的切薩皮灣分艦隊司令,3月8日和北方分艦隊進行漢普頓錨地海戰,擊沉北方海軍坎伯蘭和康格雷斯號驅逐艦,但身負重傷,未能參加次日和和北方監視號鐵甲船進行了世界第一次鐵甲船較量,1862年8月晉升海軍上將。維吉尼亞號損失後,他又監造了一艘新的鐵甲船“田納西”號並擔任艦長。1864年2月在莫比爾灣一場力量懸殊的海戰中,由於艦少火力弱,田納西號和他本人被北方的海軍上將戴維·格拉斯哥·法拉格特所俘,布坎南本人也受傷。1865年8月25日獲得釋放。後任馬里蘭州農學院院長,1874年死於馬里蘭州托爾伯特。
同年加入南方同盟海軍,被授予海軍上校軍銜,擔任以鐵甲船“維吉尼亞”號為旗艦的切薩皮灣分艦隊司令,3月8日和北方分艦隊進行漢普頓錨地海戰,擊沉北方海軍坎伯蘭和康格雷斯號驅逐艦,但身負重傷,未能參加次日和和北方監視號鐵甲船進行了世界第一次鐵甲船較量,1862年8月晉升海軍上將。維吉尼亞號損失後,他又監造了一艘新的鐵甲船“田納西”號並擔任艦長。1864年2月在莫比爾灣一場力量懸殊的海戰中,由於艦少火力弱,田納西號和他本人被北方的海軍上將戴維·格拉斯哥·法拉格特所俘,布坎南本人也受傷。1865年8月25日獲得釋放。後任馬里蘭州農學院院長,1874年死於馬里蘭州托爾伯特。