主要職責
一是貫徹執行《中華人民共和國種子法》和《甘肅省農作物種子條例》等法律、法規，以及與此相配套的《農作物種子生產經營許可管理辦法》、《農作物種質資源管理辦法》、《主要農作物品種審定辦法》、《農作物種子質量監督抽查管理辦法》等十一部規章的組織實施。
二是貫徹執行國家、省、市有關種子法律、法規、規章和相關政策落實，制定並組織實施全市現代種業發展規劃。
三是審核、辦理和監督管理《農作物種子經營許可證》和《農作物種子生產許可證》，負責全市種子生產、經營市場管理，查處各類種子違法生產、經營案件。
四是承擔植物新品種權的宣傳、維護，配合有關部門查處品種侵權案件。
五是負責全市農作物種子標籤製作、標註和使用行為的管理。
六是負責農作物品種管理，組織開展全市農作物新品種的引進、試驗、示範，開展農作物新品種國家、省級區域試驗、生產試驗、農作物新品種審定意見簽注等工作。
七是對品種資源進行監督管理。
八是負責種子調運及救災備荒種子儲備。
九是負責全市主要農作物良種生產計畫、良繁基地建設、品種布局規劃。
十是承擔全市種子企業、經營門店的生產、經營人員和行政管理人員的技術培訓、考核和管理。
十一是負責全市農作物種子質量監督檢驗、委託檢驗、仲裁檢驗，組織開展農作物種子生產田田間檢驗及種子質量糾紛田間現場鑑定工作。
十二是完成市委、市政府和省種子管理局、市農業局交辦的各項工作，協調各縣（區）種子管理部門開展種子管理工作。
內部機構
下設辦公室、財務室、糧繁室、檢驗室、管理室五個室。
1、辦公室：負責全站的人事勞資、技術職稱、日常事務工作；負責公共設施的使用、維修、管理；負責公文、綜合材料和各項內部管理制度的起草、修改，公文的收發、處理及檔案管理工作；負責醫保、勞保、福利、房改、後勤服務、辦公用品供給和安全保衛工作；督促各項內部管理制度的落實和管理。
2、財務室：貫徹執行國家財務管理條例、財務制度和財經紀律及有關政策、法律、法規；負責本單位各項經濟業務活動的日常會計核算、反映和監督、控制資金運行的全部過程；負責編制單位的財政預算及決算報表；負責單位固定資產的管理及定期清理盤點等工作。
3、糧繁室：負責全市農作物新品種的引進、試驗、示範、推廣；組織開展全市主要農作物品種區域試驗、生產試驗；落實國家級、省級安排的各種農作物品種試驗、示範和展示任務；負責全市主要農作物原良種生產計畫、原良種繁育基地建設、品種布局；負責全國種子專業報表和全省良繁報表統計。
4、檢驗室：負責各類農作物種子質量檢驗、質量糾紛田間現場鑑定及種子生產田田間檢驗工作；制定檢測工作計畫，接受省種子管理局、定西市農業局及有關部門下達的抽檢任務，接受其它單位的委託檢驗，制定抽檢方案並組織實施。
5、管理室：貫徹執行國家及省上有關種子法律法規；審核、發放、管理農作物種子生產許可證和種子經營許可證；負責全市種子生產基地的管理，查處各類種子違法生產、經營行為。
