根據地理位置將30支球隊分為兩個聯盟（東部聯盟、西部聯盟）和六個賽區（東部：大西洋、中部、東南，西部為西南、西北部和太平洋賽區）。在常規賽中，每個隊要打82場比賽以排定自己在本聯盟的座次，每個聯盟成績最好的8 支球隊將獲參加季後賽的資格。季後賽共分四輪。在東西部兩個聯盟各自排定座次時，聯盟內兩個區的第一名根據戰績列為第一、二種子，其它的位置則由聯盟的6 個成績次好的球隊占據，主場優勢根據常規賽的戰績，而不是排名先後來決定，也即某個賽區的第一名不論其戰績優劣，至少為第二種子，若與其對陣的第七種子（另一區的球隊）戰績比該隊好，則主場優勢屬第七種子。
當兩個或兩個以上的球隊戰績相等時，則按下列方法決定排名：兩隊戰績相等：1 、兩隊相互間比賽的成績，如平手，則2 、兩隊在本聯盟內的勝率，如相等，則3 、兩隊在本賽區的勝率，如再相等，則4 、與本聯盟獲參加季後賽資格球隊之間的比賽勝率，如再相等，則5 、與另一聯盟獲參加季後賽權利球隊之間的比賽勝率，如再相等，則6 、根據比賽得失分差來決定。
若三隊戰績相等：1 、三隊相互間比賽勝率，如相等，則2 、本聯盟中的勝率，如再相等，則3 、本賽區內的勝率，如再相等，則4 、與本聯盟獲參加季後賽權利球隊之間的勝率，如再相等，則5 、根據比賽得失分差來決定。
根據ESPN的數據，在七戰四勝制的系列賽中，第一場比賽由主隊獲勝的情況下，有237次主隊都最終贏得該系列賽，只有37次主隊被淘汰，勝率達到86.2%。而當主隊贏得前兩個主場比賽後，最終勝出並晉級的機率高達94.2%(162勝10負)。
其他數據有
客隊贏下第一場，54勝41負(56.8%) (勝負均指最終贏得整個系列賽的情況，下同)
客隊贏下前兩場，13勝3負(81.3%)
1-1平的情況下第三場比賽主隊獲勝，88勝71負(55.3%)
2-2平的情況下第五場比賽主隊獲勝，103勝36負(74.1%)
第七場比賽，主隊的戰績，78勝19負(80.4%)
NBA官方頒布了三條意義重大的規則改變，這些新規則將會在2006-07賽季開始實施。其中最引人關注的就是季後賽種子球隊排位規則的變動，根據新的規則，上賽季小牛和馬刺兩大強隊在季後賽中提前碰面的問題將不會再出現
第一：季後賽種子排位規則：
東西部賽區的前四位種子席位將繼續由三個分賽區的冠軍和剩下的常規賽成績最好的一支球隊獲得。與上賽季小牛打出西部第二好的常規賽戰績卻只排名西部第四不同，這條新規則規定，四支球隊將完全根據他們的常規賽戰績來排名，由此確保擁有賽區最好戰績的兩支球隊不會在季後賽賽區決賽前遭遇。
上賽季小牛因為受制於舊規則在季後賽球隊排名中只排到了第四位，結果西部半決賽時他們就不得不和西部第一的馬刺相遇，差點提前打道回府。與此同時，西部第三種子隊掘金卻令人失望的在首輪就被快船輕鬆淘汰出局，完全不具備三號種子的實力。
第二：縮短暫停時間：
新規則規定，如果一支球隊在常規比賽或者加時賽最後兩分鐘剩下兩個60秒暫停，其中一個60秒暫停將被縮短為20秒暫停；舊規則規定在加時賽中各球隊擁有三個60秒長暫停，規則修改後，各隊只能擁有兩個60秒暫停和一個20秒暫停。另外球隊在常規比賽時間剩下的20秒暫停也不能再帶到加時賽中。
第三：增加季後賽名單人數：
季後賽各隊參賽人數將從過去的13人增加到15人，在每場比賽之前，參加季後賽的球隊必須確定12名激活球員和3名非激活球員。
聯盟籃球事務執行副總裁斯圖-傑克遜解釋說：“我們的老闆們希望季後賽的種子排位規則能夠對所有球隊更公平一些，並且加快比賽最後時刻的節奏。此外聯盟也認為，讓各支球隊在季後賽中利用他們在常規賽
