16世紀晚期，原拉堆絳的十三萬戶之一的扎西多吉為辛夏巴家族所敗，轄地盡失，遂遊方傳法，聚有不少信眾，稱“艾旺教團”。後來，他在五世達賴的積極支持下，於1718年（戊戌年）在雅魯藏布江北岸的勇宗山上創建多吉扎寺，成為寧瑪派在前藏的主寺和大道埸。該寺僧人以弘傳“北藏”為主，並傳承“三素爾”典籍，寺主轉世相承。寺內名勝古蹟，據《西藏通志》記載：“薩木秧寺附近，在扎洋宗山之巔，寺內有洞，高二千餘丈，梯木而上，洞內石蓮花佛座，座前石几盒，內有白土可食，味如糌粑，次日復生。其洞須燃火而入，座後有一大海，雲作惡之人至此，必失足墮海中，番人畏憚而敢忽焉。”1717年蒙古族準噶爾部侵藏，寧瑪派的多吉札寺、敏珠林寺和南傑林等三寺盡毀，該寺寺主白瑪成勒活佛等人被殺害。後由頗羅鼐地方政權資助才得以修復。“文革”中，該寺變遭破壞，十一屆三中全會後，由國家拔專款進行了維修。
目前，多吉扎寺有僧人約三十多人。現任住持為西藏佛教協會副佛教協會副會長多吉扎活佛。
