工程中心-依託
基礎軟體國家工程研究中心依託：中國科學院軟體研究所。
工程中心-領域
中心主要研究方向：
（1）作業系統
面向新的計算環境（普適）和計算平台（多核），開展下一代作業系統技術和產品的研發，進一步鞏固通用作業系統的優勢。重點突破全系列安全作業系統和少數民族語言作業系統。
（2）資料庫管理系統
整合在安全資料庫管理系統、實時資料庫管理系統和移動資料庫管理系統等特種資料庫管理系統方面的技術優勢，開展通用資料庫管理系統的產品研發。結合新的技術和需求，拓展存儲技術和搜尋技術的研究。
（3）中間件
開展網路分布計算的理論和新技術研究，包括：基於網路的內容管理技術、自適應中間件的模型和技術、面向服務的計算服務和集成等。
（4）軟體開發環境
進一步強化以軟體過程管理平台為核心的軟體開發環境在國內的優勢地位，同時開展面向網際網路環境和多核環境的開發方法和工具的研發。
（5）嵌入式基礎軟體
面向普適計算環境，依託套用領域實現嵌入式基礎軟體的項目研究成果（如：感測器作業系統、多信號處理器（DSP）作業系統及開發環境、嵌入式Linux剪裁環境等）的快速轉化。同時開展嵌入環境下能耗技術、調度技術等關鍵技術的研究。
（6）套用支撐領域
在原有領域（如電子黨務、政務和農業信息化等）套用支撐基礎上，繼續完善工作流、業務規則等共性支撐系統；同時拓展套用領域，在細分的領域中提煉新的共性套用支撐。
（7）基礎軟體平台體系
針對技術發展趨勢和國際基礎軟體廠商的壟斷策略，研究基礎軟體體系框架技術、標準規範，面向國產自主的基礎軟體產品，集成開放的國產基礎軟體平台。
工程中心-支撐
在安全伺服器作業系統方面，中心具有四條成熟的產品線：基於Linux核心的國標第三級安全作業系統、基於Linux核心的國標第四級安全作業系統、基於FreeBSD核心的國標第三級安全作業系統、基於FreeBSD核心的國標第四級安全作業系統，其中中科方德方舟安全作業系統（NFS-ARK）於2007年6月通過國家公安部計算機信息系統安全產品質量監督檢驗中心測評認證，其安全功能達到國標GB17859－1999規定的第三級“安全標記級”功能（公計檢（委）字第070201號），並獲得公安部頒發的“計算機信息系統安全專用產品 銷售許可證”（證書編號：XKC35078）。
在產業化方面，依託基礎軟體國家工程研究中心的中科方德有限公司先後承擔了無錫可信電子政務產業化項目和安全電子郵件項目，將方德方舟安全作業系統套用在電子郵件系統和電子政務職能網站中。此外，中科院軟體所的所級郵件伺服器也基於中科方德的安全伺服器作業系統搭建。
在軟體過程管理方面，中心專注於“為企業的高效管理提供支持工具與服務”，主要負責軟體工程工具的研發以及CMM/CMMI（L2-L5）、GJB5000-2003、ISO9000/9001的諮詢服務。在多年軟體過程服務核心技術研究的基礎上，開發了支持軟體生產全周期的軟體過程服務集成管理系統QONE。該系統包括三個層次，由質量管理、產品工程和服務支持三個平台以及10多個系統集成工具集成而成。該產品的市場份額已居國內市場前列，用戶數量處於領先地位，可以替代國外產品。已為北京等8個國家軟體產業基地和廣東等8個863孵化器提供12000多個授權用戶數，為上百家軟體企業提供授權用戶數近4000個，對企業建設自主基礎軟體平台體系和套用解決方案起到了很好的推動作用。中國軟體行業協會系統與軟體過程改進分會第一屆常務理事會第三次會議通過投票討論，中科方德軟體有限公司順利通過審核，成為CSPIN的理事單位，更進一步的突顯出公司在軟體過程管理方面的優勢與實力。
