常用方法有:①粘性末端法,又稱限制性內切酶酶切法。要求兩種DNA分子具備同一個限制性內切酶切點,能產生互補的粘性末端。主要缺點是較難選擇重組質粒,而且當外源DNA片段的長度超過載體DNA較多時,形成的重組質粒的轉化率較低。②多聚dA-dT或dG-dC接尾法,是用末端轉移酶將兩種線性DNA分子的3′端分別加上dA或dT (dG或dC)多聚體,通過多聚體互補而結合在一起,用DNA連線酶處理,形成共價閉合的重組DNA分子。1972年用這種方法將病毒DNA與噬菌體DNA重組在一起。③平末端法,有些核酸內切酶切出的DNA分子是平末端,對DNA分子的單鏈末端亦可用核酸酶S1或DNA聚合酶Ⅰ來修平或補齊,然後用T4 DNA連線酶將不同片段連線起來。該法形成重組DNA分子的效率低,只及粘性末端法的1%。④人工接頭法,1976年發展起來的。首先用化學法合成具有某種限制性內切酶識別位點的序列,通過T4 DNA連線酶的作用連線到兩種待連線片段的平末端上,然後用這種限制性內切酶處理產生粘性末端,實現體外重組。
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