概念土壤細菌包括土壤自養細菌（soil autotrophic bacteria）和土壤異養細菌（soil heterotrophic bacteria）。土壤細菌在土壤微生物中數量最多、分布最廣。自養細菌能直接利用光能或無機物氧化時所釋放的能量，並能同化二氧化碳，進行營養，如硝化細菌、硫黃細菌、硫化細菌、鐵細菌、氫細菌。異養細菌從有機物中獲取能源和碳源。對農業生產來說，土壤細菌又可分為有益的和有害的，有益的入固氮菌、硝化細菌和腐生細菌，有害的入反硝化細菌。
