歷史
國家台灣文學館最初是日治時期之“台南州廳”，轄台南州（包括今雲林、嘉義、台南縣）地區之行政中心（以面向圓環為主出入口），另外“台南市役所”（日治時期台南市政府）共同在此辦公（市役所以面向南門路為主出入口）。第二次世界大戰時州廳遭美軍以燒夷彈擊中，原法國馬薩式屋頂接近全毀。戰後稍經整修將屋頂改為兩坡式，一度改為“空軍後勤司令部”，最後成為台南市政府所在地。
台南市政府於1997年10月1日遷至安平區，原址配合“古蹟再利用”，“行政院文化建設委員會”於1997年8月正式成立文資中心籌備處，同時負責國家台灣文學館與國家文化資產保存研究中心之籌設工作，最後擇定今址，並隨即展開古蹟修護與新建。2002年底完工，2003年10月17日正式開館營運，借調國家成功大學歷史學系的台灣文學史教授林瑞明出任開放後第1位館長（籌備處主任，簡任第12職等）。
原市役所及戰後增建部分則因老舊破損予以拆除。另外，由於鄰近台南孔子廟，為求建築不至於過高而破壞整體景觀，遭拆除之部分改建為地上二層、地下三層的新建築另外作為國家文化資產保存研究中心館舍（今文資總處南部辦公室），另保留州廳部分立面，作為文資中心出入口。
在經過整修後，大致恢復日治時期舊貌，並以“原台南州廳”之名列入國定古蹟。
林瑞明在2005年9月1日回學校教書，館務由原副首長吳麗珠代理，直到2007年3月9日“行政院”文化建設委員會請台灣大學教授吳密察兼代為止。
2007年8月15日起，靜宜大學副教授鄭邦鎮出任館長，結束將近2年的代理館長（主任）時期。
2010年2月1日，鄭邦鎮回到靜宜大學，文建會借調國家中央大學教授李瑞騰任館長。
方向
國家台灣文學館目前設有不同業務組，進行下列工作：1、研究：文學發展、文學專題及台灣文學的研究、編譯。
2、典藏：台灣文學文物之史料調查、蒐集、建檔、保存、修護以及複製。
3、資訊：台灣文學網站及全國文學資料庫之業務。
4、展覽：規劃文學史料與作家文物的展示、陳列等事項。
5、推廣：出版、人才培育、推廣以及國內外館際合作等工作，以文學活動進行國際與兩岸的文化流。
目前文學館亦不定期邀請學者演講或推出專題系列展覽，並設有閱覽室及圖書館，已成為學術研究重鎮。
大事記
1997年8月：“行政院文化建設委員會”成立“國立文化資產保存研究中心籌備處”，同時負責“國家台灣文學館”與“國立文化資產保存研究中心”的籌設工作，首任主任林金悔（林退休後，楊宣勤接籌備處主任）。自1997年委託成功大學建築系進行原台南州廳古蹟建築修復及新增建工程，至2003年成為地上二層、地下三層之建築。
2003年10月17日：“國家台灣文學館”正式開館，由國立成功大學歷史學系教授林瑞明出任第1任館長。
2005年9月：原副館長吳麗珠接第2任館長（代理）。
2007年3月：正式定名為“國立台灣文學館”，國立台灣大學教授吳密察接第3任館長（國立台灣歷史博物館館長兼代）。
2007年8月：靜宜大學副教授鄭邦鎮接第4任館長。
2008年7月：台灣文學館年度入館觀眾破15萬。
2008年10月：台灣文學館年度入館觀眾破25萬。
2010年2月：國立中央大學教授李瑞騰接第5任館長。
2012年元旦：改由文化部管轄。
歷任館長
（含籌備處主任）林金悔（首位籌備處主任）
楊宣勤（第2位籌備處主任）
林瑞明（2003年10月17日－2005年8月31日，開館首任）
吳麗珠（2005年9月1日－2007年3月9日，館長；主任懸缺，副館長；副主任代理）
吳密察（2007年3月9日－2007年8月15日，國立台灣歷史博物館館長兼代）
鄭邦鎮（2007年8月15日－2010年2月1日）
李瑞騰（2010年2月1日－）
