一、改革的指導思想
(一)根據精簡、統一、效能的原則和加強巨觀調控的要求，撤銷部分委管國家局，強化國家經貿委的巨觀管理和綜合協調職能。
(二)按照權責一致的原則，明確職責，理順內部關係。
(三)切實轉變職能，減少行政審批事項。
(四)完善安全生產監督管理體制，加強安全生產工作。
二、委管國家局的改革
(一)撤銷國家國內貿易局、國家煤炭工業局、國家機械工業局、國家冶金工業局、國家石油和化學工業局、國家輕工業局、國家紡織工業局、國家建築材料工業局、國家有色金屬工業局。
撤銷的委管國家局的有關行政職能併入國家經貿委。
(二)組建國家安全生產監督管理局，與國家煤礦安全監察局一個機構，兩塊牌子。
(三)保留國家菸草專賣局。
三、國家經貿委機關內設機構及編制調整
(一)撤銷3個司(局)。
撤銷安全生產局。有關職能由國家安全生產監督管理局承擔。
撤銷政策法規司、醫藥司。
(二)新組建5個司(局)。
組建行業規劃司。承擔撤銷的委管國家工業局及醫藥司的有關行業規劃等職能。
組建產業損害調查局(該機構暫不對外公布)。承擔反傾銷、反補貼產業損害的國內工作，按照分工研究擬定與反傾銷、反補貼有關的法律規範，負責產業損害案件的調查與裁定，建立產業損害預警機制，指導保護國內產業安全的宣傳、諮詢工作等。
組建研究室。負責原政策法規司承擔的起草重要檔案、對外宣傳和新聞發布等方面的工作。
組建經濟法規司。負責撤銷的委管國家局及原政策法規司起草有關法規、執法監督檢查、企業法制和法律宣傳等方面的工作。
組建機關服務管理局(離退休幹部管理局)，一個機構、兩塊牌子。撤銷的委管國家局的離退休幹部工作機構和機關服務中心繼續保留。機關服務管理局負責管理國家經貿委機關和撤銷的委管國家局的離退休幹部工作機構、機關服務中心，負責本機關的國有資產和財務等行政管理工作，以及離退休幹部工作機構和機關服務中心的人事、黨務工作。
(三)3個司(局)更改名稱。
貿易市場司更名為貿易市場局。原國家國內貿易局承擔的有關行業管理與規劃等職能劃入貿易市場局。
企業監督司更名為企業監督局。
國際合作司更名為外事司。
(四)4個司(局)加掛牌子。
行業規劃司加掛國家履行《禁止化學武器公約》工作領導小組辦公室牌子。
產業政策司加掛行業協會辦公室牌子。
經濟運行局加掛軍品配套辦公室、鹽業管理辦公室牌子。辦公廳加掛信訪辦公室牌子。
(五)撤銷2個司加掛的牌子。
撤銷對外經濟協調司加掛的國家經貿委反傾銷反補貼辦公室牌子。
撤銷投資與規劃司加掛的國家經貿委重點技術改造項目督查辦公室牌子。
(六)保留14個司(廳、局)。
保留辦公廳、綜合司、經濟運行局、產業政策司、投資與規劃司、企業改革司、中小企業司、對外經濟協調司、技術進步與裝備司、資源節約與綜合利用司、電力司、培訓司、人事司，黃金管理局(暫時保留)。
經上述調整後，國家經貿委內設職能司(廳、局)由20個增加為22個(見附表)。
機關黨委(直屬機關黨委)負責國家經貿委機關、國家安全生產監督管理局(國家煤礦安全監察局)和國家菸草專賣局以及在京直屬單位和聯繫單位的黨群工作。
(七)人員編制。
國家經貿委機關行政編制由450名調整為750名。其中，司局級領導職數(含正副秘書長和機關黨委專職副書記職數)116名，比原來增加35名，以後再重新核定。
四、撤銷的委管國家局所屬事業單位的調整與改革
(一)10個綜合性行業協會(中國商業聯合會、中國物資流通協會、中國煤炭工業協會、中國機械工業協會、中國鋼鐵工業協會、中國石油和化學工業協會、中國輕工業協會聯合會、中國紡織工業協會、中國建築材料工業協會、中國有色金屬工業協會)由國家經貿委負責聯繫，其他277個行業協會授權上述綜合性行業協會和過去已由國家經貿委負責聯繫的5個綜合性行業協會管理。同時，授予有關綜合性行業協會對本協會人員和授權其管理的協會的人員臨時出國審批權(其中副部級以上領導幹部的出國審批按外交部的有關規定執行)、護照簽證自辦權、邀請外國民間組織和政府副部級以下官員來華簽證通知權。
保留中華全國手工業合作總社牌子，與中國輕工業協會聯合會合署辦公。
(二)撤銷的委管國家局所屬工程勘察設計單位，按照《國務院辦公廳轉發建設部等部門關於工程勘察設計單位體制改革若干意見的通知》(國辦發〔1999〕101號)和《國務院辦公廳轉發建設部等部門關於中央所屬工程勘察設計單位體制改革實施方案的通知》(國辦發〔2000〕71號)規定，分別移交地方管理或併入大型企業集團、由中央企業工委管理。
(三)撤銷的有關委管國家局所屬冶金、煤炭、有色、化工、輕工、建材系統的地質勘查單位，按照《國務院辦公廳關於印發地質勘查隊伍管理體制改革方案的通知》(國辦發〔1999〕37號)規定和《聽取國土資源管理體制改革問題匯報的會議紀要》(國閱〔1998〕121號)的要求，分別移交地方管理或併入大型企業集團、由中央企業工委管理。
(四)撤銷的委管國家局主管、主辦及其下屬單位的報社，按照《中共中央辦公廳國務院辦公廳關於調整中央國家機關和省、自治區、直轄市廳局報刊結構的通知》(中辦發〔1999〕30號)規定，分別併入黨報報社、報業集團或移交行業協會主管、主辦。
(五)撤銷的委管國家局直接管理的療養院、招待所、幼稚園、醫院等後勤事業單位，劃歸原所在委管國家局機關服務中心管理；信息中心、規劃院和其他事業單位，暫分別委託有關綜合性行業協會管理。各事業單位的經費來源保持不變。
(六)原國家國內貿易局所屬設備成套管理局一併撤銷後，局機關職工另行安置，並妥善解決好離退休人員的管理問題。28個省(自治區、直轄市)設備成套局下放地方，現有財政撥款隨機構、人員劃轉地方。
有關事業單位和行業協會改革事宜，由國家經貿委商中編辦和人事部、財政部等有關方面研究擬定方案。
五、其他事項
(一)中央紀委、監察部派駐國家經貿委的紀檢、監察機構的設定、人員編制等問題，按中央有關規定執行。
(二)人員安置按《中共中央辦公廳國務院辦公廳關於印發〈中央國家機關人員分流安排實施辦法〉和〈中央國家機關人員定編定崗實施辦法〉的通知》(中辦發〔1998〕12號)規定執行。對於在這次機構改革中有安置任務的行業協會，中央財政給予必要的支持，以保證被安置人員工資水平不降低；接收安置撤銷的委管國家局的機關人員的有關社會中介組織和事業單位，中央財政也給予必要的支持。被安置到行業協會的年齡偏大的人員，退休時，可由撤銷的委管國家局的離退休幹部工作機構管理。
(三)撤銷的委管國家局原管理的財政撥款的各專項經費、資金，隨行政職能一併劃轉給國家經貿委。
這次改革涉及單位較多，情況複雜，一定要按照既積極又穩妥的方針，切實加強領導，精心組織實施，嚴守紀律，服從大局，做耐心細緻的工作，確保思想不散、秩序不亂，人員妥善安排，國有資產不流失，工作正常運轉。
