主要職能
一、貫徹執行國家和省關於衛生工作的法律法規和方針政策，組織實施國家、省、南通市的衛生標準和技術規範，推進全市醫藥衛生體制改革，研究制訂衛生改革與發展規劃，並組織實施。二、貫徹執行國家基本藥物制度和藥物政策，組織實施藥品法典和國家、省基本藥物目錄，擬訂基本藥物的採購、配送、使用的政策措施。
三、承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，負責食品及相關產品的安全風險監測、評估、預警工作，統一發布重大食品安全信息。
四、制訂並實施啟東市區域衛生規劃;協調全市衛生資源配置，研究制訂全市衛生人才發展規劃、社區衛生服務發展規劃和政策措施，並指導實施。
五、編制衛生事業經費預算、決算;加強對政府舉辦的醫療衛生機構國有資產的監督管理;研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門指導全市醫療衛生收費管理並監督檢查。
六、研究制訂全市農村衛生、社區衛生、婦幼衛生工作發展規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施，依法開展母嬰保健工作;研究制訂全市新型農村合作醫療政策並組織實施，負責農村新型合作醫療基金的監督管理工作。
七、貫徹預防為主方針，開展全民健康教育;負責疾病預防控制工作，制訂傳染病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施;組織對重大疾病的綜合防治;承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
八、依法監督管理全市醫療衛生機構，指導全市醫療衛生機構改革;實施醫療機構和從業人員執業許可制度;組織實施國家、省、市關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範。
九、負責衛生應急工作，制訂衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置。
十、貫徹中西醫並重的方針，制訂、實施全市中西醫藥事業發展規劃;管理和指導全市中醫和中西醫結合工作。
十一、組織實施衛生行政執法工作，按照職責分工負責全市餐飲、食堂衛生、職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
十二、依法監督管理采供血機構及臨床用血質量。
十三、研究制訂全市重點醫學科技、教育發展規劃，並組織實施;組織重點醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作。
十四、組織指導全市醫學衛生科研方面與外國醫學衛生科研機構的合作交流和衛生援外工作，組織參與國際組織在衛生領域的交流與合作。
十五、承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
(一) 辦公室負責文電、會務、機要、檔案、保密、後勤等機關日常運轉工作，承擔政務公開、新聞公布、來信來訪、安全保衛、信息化建設等工作;負責機關作風建設;組織制訂全市衛生事業發展規劃;協助局領導組織、協調，督促局機關的政務公開;承擔機關重要文稿和檔案的草擬及調研工作;協助行政訴訟案件的應訴和重大行政處罰案件的聽證工作。
(二) 人事科
負責市醫療衛生單位的黨組織、黨員隊伍管理、理論學習、宣傳教育等工作;負責全系統幹部隊伍管理、精神文明建設;負責統戰、知識分子、群團組織、計畫生育等方面的工作;協同市有關部門做好全系統人員工資、津貼有關政策的制訂和實施工作;負責機關和系統內的機構編制、人事、勞資工作;負責衛生專業技術人員的資格考試、專家管理以及人才交流與服務的指導工作;負責局機關公務員和系統內工作人員的年度考核工作;負責局機關及下屬單位老幹部工作。
(三) 財務審計科
負責衛生事業經費預、決算;負責全市衛生事業財務指導和監督，指導全市衛生基本建設，管理下屬單位國有資產和基本建設;研究提出衛生服務價格建議;協同有關部門做好全市醫療衛生收費和藥品價格管理工作;負責全市衛生統計工作;貫徹執行國家、省及南通市有關審計法律、法規，協同有關部門做好下屬單位的財務審計工作。
(四) 監察室
協助局黨委、紀委抓好黨風廉政建設和反腐倡廉工作;負責調查或協查局機關及所屬單位黨員幹部和行政監察對象違反黨紀政紀的案件和其他違紀案件;負責局系統政風行風建設，廉政建設;受理對局系統黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，受理局系統黨員和行政監察對象不服處分的申訴。
(五) 醫政科
研究指導醫療機構改革和衛生資源的有效配置，制訂醫務人員服務規範，監督醫療機構的醫療質量和服務質量;負責醫療機構和從業人員的資格審核和監督管理;依法對醫療機構、采供血機構的設定規劃、執業許可進行監督管理;會同市有關部門組織力量做好重大突發性自然災害、突發性公共事件和意外事故的醫療救護工作;負責醫療安全管理;依法做好醫療事故的調解和處理工作;會同有關部門做好全市機關、事業單位幹部保健及徵兵、招生體檢工作;負責全市大型醫療設備的規劃與管理;負責全市醫院藥事管理工作，配合有關部門做好醫院麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品及放射藥品的管理工作;配合有關部門做好計畫生育、科技服務等相關工作;協助衛生科做好衛生應急相關工作;貫徹執行國家關於中醫藥工作的方針、政策，制訂中醫藥事業發展規劃管理和指導全市中醫和中西醫結合工作;組織實施中醫藥管理規範和技術標準，對中醫機構設備配置及中醫專項資金的使用進行認證和審核;研究制訂全市重點醫學科技發展規劃和管理辦法;研究制訂並組織實施全市醫學重點學科、重點人才規劃和管理辦法;制訂防病治病套用研究及新技術引進開發的政策措施和項目計畫，並協調重點醫藥科研攻關、指導醫學科技成果普及套用工作;負責全市衛生專業技術人員的繼續教育;組織實施藥品法典和國家基本藥物制度;擬訂國家、省基本藥物和增補藥物的採購、配送、使用的政策措施。
(六) 社會衛生科
制訂突發性公共事件的應急救治預案和措施，並組織實施;制訂全市重大傳染病及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和疾病控制規劃，並指導實施、監督檢查;遇有重大疫情和自然災害，組織全市衛生技術力量，控制疾病的發生、蔓延;負責疾病控制機構的業務指導;制訂全市寄生蟲、慢性病和愛滋病的防治規劃，並組織實施，依法開展消毒管理工作;承擔農村基本衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理，擬訂有關政策、規劃並組織實施;研究制訂全市農村衛生、社區衛生服務、初級衛生保健的發展規劃和服務標準;指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作;制訂全市婦幼衛生工作規劃，依法開展母嬰保健專項技術的實施和管理;對社區衛生與婦幼保健實施監督管理;牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作;負責牽頭促進基本公共衛生服務均等化;組織實施重大公共衛生服務項目。
(七) 食品安全綜合協調與衛生監督科(法制科)
負責食品安全綜合協調工作，組織查處食品安全重大事故;組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作，發布重大食品安全信息;綜合管理全市衛生監督工作並依法組織實施;研究擬訂全市衛生監督工作的有關規範性檔案和政策建議;按照職責分工，負責餐飲、食堂衛生、職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所和飲用水等衛生監督管理;依法組織開展對醫療機構和采供血機構職業行為的監督檢查工作;整頓和規範醫療服務市場;組織協調、督查督辦有關衛生大案要案;負責對傳染病的防治監督工作;負責對衛生執法的監督，指導全市衛生監督機構開展執法工作;承辦衛生執法行政複議、相關行政訴訟和重大行政處罰案件的聽證工作;負責指導機關和系統內的法治建設、保衛、安全生產，並組織實施。
(八) 市愛國衛生運動委員會辦公室
負責擬訂全市愛國衛生工作規劃及年度計畫，統籌協調市愛衛會各成員單位工作職責的落實;組織開展創建和鞏固衛生城市(鎮、村)，農村改廁、病媒生物防制和農村飲用水水質監測工作;負責開展民眾性衛生監督管理和衛生檢查工作;擬訂全市健康教育規劃，負責健康教育管理工作;承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
