動畫列表
| 序號 | 名稱 | 發行時間 | 片長 （分） | 收錄 | 備註 |
| 1 | 柯南VS基德VS鐵劍！寶刀爭奪大決戰！ | 2000 | 24 | 名偵探柯南 Secret File Vol.1 | 改編自《魔術快斗》番外篇《快斗VS鐵劍》，漫畫中沒有柯南主角群的登場。 |
| 2 | 16名嫌疑犯！？ | 2002 | 25 | ||
| 3 | 柯南、平次與消失的少年 | 2003 | 24 | ||
| 4 | 柯南、基德與水晶之母 | 2004 | 25 | 名偵探柯南 Secret File Vol.2 | 改編自《魔術快斗》漫畫第4卷File.1，漫畫中沒有柯南主角群的登場 |
| 5 | 目標是小五郎！少年偵探團的秘密調查 | 2005 | 24 | ||
| 6 | 追蹤消失的鑽石！柯南·平次VS基德 | 2006 | 23 | 名偵探柯南 Secret File Vol.3 | |
| 7 | 來自阿笠的挑戰書！阿笠VS柯南&少年偵探團 | 2007 | 25 | ||
| 8 | 女子高中生偵探鈴木園子事件簿 | 2008 | 25 | 名偵探柯南 Secret File Vol.4 | |
| 9 | 十年後的陌生人 | 2009 | 22 | ||
| 10 | 怪盜基德孤島決戰 | 2010 | 24 | 分別以“名偵探柯南特製DVD”形式發售 | |
| 11 | 來自倫敦的絕密指令 | 2011 | 28 | ||
| 12 | 傳說中的球棒的奇蹟 | 2012 | 29 | 改編自《青山剛昌短篇集》漫畫之《傳說中的球棒》，漫畫中沒有柯南主角群的登場 |
分集劇情
OVA 1 柯南VS基德VS鐵劍！寶刀爭奪大作戰！劇情圖片 故事的主人公是《名偵探柯南》《魔術快斗》和《劍勇傳說》里的三大主角同時登場，情節非常搞笑。 某天放學後，柯南和少年偵探團來到毛利偵探事務所，發現一名少女拿著基德的預告函來求助於小五郎，信上寫著基德要偷取少女家的寶刀……前來偷取寶刀的基德和在少女家居住的少年——鐵劍發生了爭鬥，到底寶刀會鹿死誰手？而柯南從一開始就覺得很奇怪，到底是什麼地方奇怪呢？
OVA 2 16名嫌疑犯16個人被邀請到白鳥警官的別墅，後來發現了一瓶打碎的酒而展開的推理故事……其中裡面穿插了新一和蘭以前的一些美好回憶。 平次、和葉，高木、佐藤之間的戀情也有所提到，是部很溫馨的OVA。
OVA 3 柯南與平次與消失的少年柯南和蘭被平次邀請到大阪旅遊，碰巧遇到了和步美、光彥、元太很相似的繭美、乾彥、健太，他們委託平次幫他們找到他們失蹤的朋友小智……於是柯南和平次依照線索層層推理，終於找到了綁架小智的兇手。最後他們四人用各自的絕招把兇手給制服了 片尾曲之後的劇情涉及到M 7《迷宮的十字路口》的預告。
OVA 4 柯南與基德與水晶之母怪盜基德再次登場！這次他的目標是英格拉姆帝國的寶物——水晶之母！快斗和青子也在火車裡，快斗一直在思考水晶在哪裡，好變身為基德去偷取，他是否會成功呢？ 柯南和蘭這次又是被平次邀請到大阪，他又是否能抓到基德呢？而潛在的危機到底是怎樣被化解的？ 該故事改編自《魔術快斗》漫畫第4卷，與漫畫不同的是，柯南等人物也將登場。
OVA 5 目標是小五郎！少年偵探團的秘密調查故事圍繞著2005年公映劇場版《水平線上的陰謀》的第二主角展開。講述作為學校教學的一環，少年偵探團成員到毛利偵探事務所參觀、與毛利小五郎一同跟蹤調查者、發現綁架案等一系列故事。
OVA 6 追蹤消失的鑽石！柯南·平次VS基德！柯南接到一通自稱打錯的電話，可是，柯南看穿那是一通恐嚇電話，便和與打錯的人聲音酷似的平次一起開始了調查。仿佛是為了嘲笑柯南他們一般，怪盜基德從天而降出現在他們面前。他的目的到底是……！？
OVA 7 來自阿笠的挑戰書！阿笠給少年偵探團留下暗號，自己假裝被綁架了（本來是準備當孩子們解開暗號後去米花神社邊下的餐廳吃飯的）……當偵探團的孩子們將暗號一一揭開，來到米花神社，誰知道博士竟真的被捲入了綁架事件中……
OVA 8 女高中生偵探 鈴木園子事件簿鈴木園子要出演以及寫推理劇本，大家幫她想劇情，蘭幻想新一在推理案件的過程，以及少年偵探團出演夢中的推理劇本，極盡搞笑之能事……新一能解決劇本中的“案件”嗎？最後出人意料的結局又是什麼樣呢？ 而且值得一提的是，本部OVA與同年的劇場版《戰慄的樂譜》中都出現了長笛等樂器以及名曲《奇異恩典》。
OVA 9 十年後的陌生人某日，柯南因高燒而病倒。灰原聯想到了之前柯南體內的APTX4869的成分與解毒劑的試作品發生的反應，讓柯南喝下了新的解毒劑試驗品。伴隨著強烈的暈眩後，柯南再次睜眼發現自己平安地恢復了工藤新一的樣子。回到了帝丹高中本打算嚇唬大家一下的“新一”，卻發現這裡的樣子有點奇怪……？ 在本作中，不僅少年偵探團的大家以高中生身份登場，連小蘭也將以10年後的樣子出現，該作一度被誤傳為“柯南大結局”。
OVA 10 怪盜基德孤島決戰在某孤島的酒店裡展示了華麗的寶石“阿爾忒彌斯的眼淚”，而怪盜基德發出了盜取寶石的犯罪預告書，恰巧遇到在酒店參加聚會的柯南一行，偵探與盜賊的對決再度上演。用精巧的設計將華麗的“阿爾忒彌斯的眼淚”盜走的基德，是否能逃脫柯南的追查？他們又會捲入怎樣的陰謀中？
OVA 11 來自倫敦的絕密指令在博士和柯南去倫敦的期間，到底發生了什麼事讓柯南緊急打電話給光彥呢？小哀最愛的三明治口味又是什麼呢？去買東西的路上，神秘的黑衣人和小哀感覺到的壓迫感又是怎么回事？
OVA 12 傳說中球棒的奇蹟柯南被阿笠博士拜託幫助小美苗恢復自信心。小美苗和明的青梅竹馬，和小健以及棒球隊的其他學員的齊心協力。劇中毛利小五郎再次成為沉睡的小五郎，破解了有關棒球的一宗自導自演的詐欺保險金案件。 該作改編自《青山剛昌短篇集》漫畫之《傳說中的球棒》，並加入了柯南等角色。
其他柯南短篇
名偵探柯南 Secret File
《名偵探柯南 Secret File》是收錄了9部少年SUNDAY自創動畫的特別版DVD。
| 序號 | 發行時間 | 收錄內容 |
| Vol.1 | 2006年3月24日 | OVA 1~3 |
| Vol.2 | 2006年3月24日 | OVA 4~5 |
| Vol.3 | 2008年4月4日 | OVA 6~7 |
| Vol.4 | 2010年4月9日 | OVA 8~9 |
名偵探柯南 Magic File
| 序號 | 名稱 | 發行時間 | 備註 |
| 1 | 名偵探柯南 MAGIC FILE | 2007年4月11日 | TV132~134合集 |
| 2 | 名偵探柯南 MAGIC FILE 2 ～工藤新一 謎之牆壁與黑色拉布犬事件～ | 2008年4月19日 | M12特典 |
| 3 | 名偵探柯南 MAGIC FILE 3 ～新一與小蘭·麻將牌與七夕的回憶～ | 2009年4月18日 | M13特典 |
| 4 | 名偵探柯南 MAGIC FILE 4 ～通往大阪什錦煎餅的艱辛之路～ | 2010年4月17日 | M14特典 |
| 5 | 名偵探柯南 MAGIC FILE 2011 ～新潟～東京 禮物狂想曲～ | 2011年4月16日 | M15特典 |
名偵探柯南 Bonus File
| 序號 | 名稱 | 發行時間 | 備註 |
| 1 | 名偵探柯南 BONUS FILE 9號半之花 | 2012年4月14日 | M16特典 |
國小館短篇集
名偵探柯南OVA國小館的名偵探柯南動畫原創錄影。這些OVA都是附屬於國小館出版的一些兒童百科 全書，隨同這些兒童讀物一起出售。內容則以科普為主，當然比較適合小學生觀看，長度大在15-20分鐘之間，出版時間在1998-2012年之間。由於出版年代都比較早，都是錄影帶。
名偵探柯南OVA嘗試不可思議的實驗
神秘的邀請信事件
嘗試體驗繩文時代！
網際網路神秘郵件事件
來自金字塔的挑戰書！
追尋謎一樣的水星怪獸
探索古代恐龍之謎！
城市探險！收集動物標籤！
1.嘗試不可思議的實驗
2.神秘的邀請信事件
3.嘗試體驗繩文時代！
4.網際網路神秘郵件事件
5.來自金字塔的挑戰書！
6.追尋謎一樣的水星怪獸
7.探索古代恐龍之謎！
8.城市探險！收集動物標籤！
歌曲目錄
| 歌曲序號 | 歌曲原名 | 歌曲譯文 | 歌手 | 作詞 | 作曲 | 編曲 | 原備註 |
| 1 | 夏の幻 | 夏之幻 | GARNET CROW | AZUKI七 | 中村由利 | 古井弘人 | 《名偵探柯南》TV版ED10 |
| 2 | Winter Bells | 冬日鈴鐺 | 倉木麻衣 | 倉木麻衣 | 德永曉人 | 德永曉人 | 《名偵探柯南》TV版OP10 |
| 3 | 明日を夢見て | 夢想明天 | ZARD | 坂井泉水 | 大野愛果 | 小林哲 | 《名偵探柯南》TV版ED17 |
| 4 | 眠る君の橫顏に微笑みを | 對著你沉睡的側臉微笑 | 三枝夕夏 IN db | 三枝夕夏 | 大野愛果 | 小澤正澄 | 《名偵探柯南》TV版ED19 |
| 5 | 忘れ咲き | 遺忘的花開時 | GARNET CROW | AZUKI七 | 中村由利 | 古井弘人 | 《名偵探柯南》TV版ED20 |
| 6 | 悲しいほど貴方が好き | 很悲傷卻很喜歡你 | ZARD | 坂井泉水 | 大野愛果 | 葉山武 | 《名偵探柯南》TV版ED24 |
| 7 | 白い雪 | 白雪 | 倉木麻衣 | 倉木麻衣 | 大野愛果 | 池田大介 | 《名偵探柯南》TV版ED26 |
| 8 | 雪どけのあの川の流れのように | 宛如冰雪融化的河流 | 三枝夕夏 IN db | 三枝夕夏 | 三枝夕夏 | 葉山武 | 《名偵探柯南》TV版ED29 |
| 9 | Doing all right | 一切都好 | GARNET CROW | AZUKI七 | 中村由利 | 古井弘人 | 《名偵探柯南》TV版ED33 |
| 10 | Hello Mr.My Yesterday | 你好，我的昨日先生 | Hundred Percent Free | Tack、Ko-KI、L(R)UCCA | 藤本貴則 | 寺地秀行、Hundred Percent Free | 《名偵探柯南》TV版ED35 |
| 11 | 月夜の悪戱の魔法 | 月夜的惡作劇魔法 | BREAKERZ | DAIGO | AKIHIDE | BREAKERZ | 《名偵探柯南》TV版ED38 |
| 12 | オーバーライト/overwrite | 重寫 | BREAKERZ | DAIGO | AKIHIDE | BREAKERZ | 《名偵探柯南》TV版ED42 |
