人類反式剪接
在人體中也有反式剪接被發現的報導。但與錐蟲不同，在人類的反式剪接中不存在SL-snRNA，也就是並非狹義上的反式剪接。這些報導中指的情況，是同一基因轉錄得出的兩條序列相同的前體mRNA交錯加工(也屬於反式剪接，因為根據概念，兩條獨立的RNA被交錯剪接)。這造成後來成熟RNA中一個外顯子的重複出現。但這種人類反式剪接極罕見(目前有兩例)，但卻引起了熱烈的評論，可不可以用這種方法對遺傳病做出治療（科學家已經嘗試對tau蛋白編碼基因使用該方法，tau蛋白是痴呆如阿茨海默病中扮演重要角色)。
藍藻中也見反式剪接。
其他反式剪接
動質體目動物，如引起非洲昏睡症，那加那病和Chagas病的病原體，特別是布氏布氏錐蟲（Trypanosoma brucei brucei），狹義上是反式剪接的經典模型生物。這些生物在轉錄過程中，和細菌一樣從單一一個基因中產生一個多順反子的抄本，之後經過反式剪接加工等步驟被釋放。這步反應發生在剪接體上，U1-snRNA會被所謂的反式剪接引導序列“Spliced-Leader” (SL) snRNA替換。和U1snRNA不同，SL RNA會在剪接過程中被消耗，其5'端有一迷你外顯子，它會和一段多順反子的抄本中的外顯子組成成熟mRNA，(見旁邊的插圖)。SL RNA的迷你外顯子含有ATG-啟動子，它是完整mRNA擁有正確的開放閱讀框（open reading frame）的前提。 錐蟲中，除了反式剪接外，還有一經典的順式剪接，它發生於為多聚A多聚酶編碼的基因上。錐蟲也有U1-snRNA，只是為數極少，(最近其序列已被分析)。
狹義上，反式剪接線上蟲上也會發生，但其它生物都沒見有反式剪接的存在。
