特徵
原生生物界原生生物是簡單的真核生物，多為單細胞生物，亦有部份是多細胞的，但不具組織分化。這個界別是真核生物中最低等的。製造養分的方式，有的跟真菌一樣，吸收外間的營養；有的能行光合作用，亦能捕食，例如裸藻。所有原生生物都生存於水中。
常見的原生生物包括纖毛蟲（ciliates）、變形蟲、瘧原蟲、粘菌、浮游生物、海藻，也有光自營的單細胞遊動微生物，如眼蟲等。
原生生物
原生生物界 海藻真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物，為並系群。
等輻骨蟲綱（Acantharea），如等棘蟲。
放射蟲綱（Polycystinea)
雙滴蟲類（Diplomonadida），如曲滴蟲、賈第蟲。
Parabasalidea
毛滴蟲綱（Trichomonada)
原生生物界超鞭毛綱（Hypermastigia)
異葉足綱（Heterolobosea），如集胞菌。
眼蟲門（Euglenozoa) 動質體目（Kinetoplastida)
眼蟲綱（Euglenida)
隱藻綱（Cryptophyta)
定鞭藻綱（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
不等鞭毛類（Heterokonta），除下列分類還包括輻球蟲、蛙片蟲等。
金藻綱（Chrysophyceae)
矽鞭藻綱（Dictyochophyceae)
針胞藻綱（Raphidophyceae)
前毛壺菌綱（Hyphochytriomycetes)
卵菌綱（Oomycetes)
褐藻門（Phaeophyceae），如海帶、巨藻、馬尾藻、墨角藻。
硅藻門（Bacillariophyta)
黃藻門（Xanthophyceae)
囊泡蟲類（Alveolata)
頂復門(Apicomplexa），如瘧原蟲。
纖毛蟲類（Ciliophora），如喇叭蟲、中縊蟲、榴彈蟲、草履蟲、四膜蟲。
甲藻門（Dinophyceae)
單孢子蟲門（Haplosporidia)
絲足蟲類（Cercozoa)
根腫菌類（Plasmodiophorida)
粒網足蟲類（Granuloreticulosea），如有孔蟲。
葉足綱（Lobosea），如變形蟲（阿米巴）。
黏菌門（Mycetozoa)
原始色素體生物 (Archaeplastida)
灰胞藻門 Glaucophyte
灰胞藻綱（Glaucocystophyceae)
紅藻門（Rhodophyta），如石花菜、紫菜。紅藻
註：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未歸類原生生物。
生物下層
原生生物界
├根足門(Amoebozoa)
├─葉足亞綱(Lobosia)
├──裸變總目(Gymnamoebidea)
├───變形目(Amoebida)
├───裂芡目(Schizopyrenida)
├───泥生目(Pelobiontida)
├──殼葉總目(Testacealobosidea)
├───表殼目(Arcellinida)
├───毛片目(Trichosida)
├─微膠絲亞綱(Acarpomyxia)
├──細膠絲目(Leptomyxida)
├──堅膠絲目(Stereomyxida)
├─混膠絲亞綱(Acrasia)
├──混膠絲目(Acrasida)
├─真膠絲亞綱(Eumycetozoia)
├──原星總目(Protosteliidea)
├───原星目(Protosteliida)
├──網星總目(Dictyosteliidea)
├───網星目(Dictyosteliida)
├──膠胚總目(Myxogastridea)
├───棘柱目(Echinosteliida)
├───無絲目(Liceida)
├───有絲目(Trichüda)
├───有鈣目(Stemonitida)
├───無鈣目(Physarida)
├─原質亞綱(Plasmodiophoria)
├──原質目(Plasmodiophorida)
├─絲足亞綱(Filosia)
├──無殼目(Aconchulinida)
├──網足目(Gromiida)
├─粒網亞綱(Granuloreticulosia)
├──無室目(Athalamida)
├──單室目(Monothalamida)
├─丸殼亞綱(Xenophyophorida)
├──無線目(Psamminida)
├──有線目(Stannomida)
├有孔蟲門
├─有孔蟲綱
├──網足蟲目(Allogromiida)
├──目(Carterinida)
├──紡錘蟲目(Fusulinida)
├──抱球蟲目(Globigerinida)
├──目(Involutinida)
├──目(Lagenida)
├──粟孔蟲目(Miliolid)
├──目(Robertinida)
├──輪蟲目(Rotaliida)
├──目(Silicoloculinida)
├──目(Spirillinida)
├──目(Textulariida)
├──目未定
├────科(Xenophyophorea)
├────科(Reticulomyxa)
├輻足蟲門
├─輻足蟲綱
├──等輻骨亞綱(Acantharia)
├───全射棘目(Holacanthida)
├───粘合棘目(Symphyacanthida)
├───松棘目(Chaunacanthida)
├───節棘目(Arthracanthida)
├───輻射目(Actineliida)
├──多囊亞綱(Polycystinia)
├───泡沫目(Spumellarida)
├───罩籠目(Nassellarida)
├──稀孔亞綱(Phaeodaria)
├───暗囊目(Phaeocystida)
├───暗球目(Phaeosphaerida)
├───暗瓮目(Phaeocalpida)
├───暗尺目(Phaeogromida)
├───暗貝目(Phaeoconchida)
├───暗樹目(Phaeodendrida)
├──太陽亞綱(Heliozoia)
├───結球目(Desmothoracida)
├───太陽蟲目(Actinophryida)
├───列足目(Taxopodida)
├───中陽目(Centrohelida)
├鞭毛蟲門(Sarcomastigophora)
├─植鞭毛綱(Phytomastigophorea)
├──隱滴蟲目(Cryptomonadida)
├──腰鞭目(Dinoflagellida)
├──金滴蟲目(Chrysomonadida)
├──異鞭目(Heterochlorida)
├──綠滴蟲目(Chloromonadida)
├──定鞭目(Prymnesiida)
├──團藻蟲目(Volvocida)
├──溪滴蟲目(Prasinomonadida)
├──矽鞭目(Silicoflagellida)
├─動鞭毛綱(Zoomastigophorea)
├──頜鞭目(Choanoflagellida)
├──動體目(Kinetoplastida)
├──原滴蟲目(Proteromonadida)
├──曲滴蟲目(Retortamonadida)
├──雙滴蟲目(Diplomonadida)
├──銳滴蟲目(Oxymonadida)
├──毛滴蟲目(Trichomonadida)
├──超鞭目(Hypermastigida)
├纖毛蟲門(Ciliophora)
├─纖毛亞門(Ciliophora)
├──動基片綱(Kinetofragminophorea)
├───裸口亞綱(Gymnostomatia)
├────前口目(Prostomatida)
├────側口目(Pleurostomatida)
├────原纖目(Primociliatida)[未定]
├────核殘跡目(Karyorelictida)[未定]
├───下口亞綱(Hypostomatia)
├────藍口總目(Nassulidea)
├─────合膜目(Synhymeniida)
├─────藍口目(Nassulida)
├────葉咽總目(Phyllopharyngidea)
├─────管口目(Cyrtophorida)
├─────漏斗目(Chonotrichida)
├────吻毛總目(Rhynchodea)
├─────吻毛目(Rhynchodida)
├────後口總目(Apostomatidea)
├─────後口目(Apostomatida)
├───吸管亞綱(Suctoria)
├────吸管目(Suctorida)
├──寡膜綱(Oligohymenophorea)
├───膜口亞綱(Hymenostomatia)
├────膜口目(Hymenostomatida)
├────盾纖目(Scuticociliatida)
├────無口目(Astomatida)
├───緣毛亞綱(Peritrichia)
├────緣毛目(Peritrichida)
├──多膜綱(Polymenophorea)
├───鏇毛亞綱(Spirotrichia)
├────異毛目(Heterotrichida)
├────齒口目(Odontostomatida)
├────寡毛目(Oligotrichida)
├────下毛目(Hypotrichida
├─蛙片總綱(Opalinata)
├──蛙片綱(Opalinatea)
├───蛙片目(Opalinida)
├孢子蟲門(Microspora)
├─微孢子蟲亞門(Microspora)
├──二型孢子綱(Rudimicrosporea)
├───異型目(Metchnikovellida)
├──微孢子綱(Microsporea)
├───小孢子目(Minisporida)
├───微孢子目(Microsporida)
├─囊孢子蟲亞門(Ascetospora)
├──星孢子綱(Stellatosporea)
├───內生孢子目(Occlusosporida)
├───孔蓋孢子目(Balanosporida)
├──無孔綱(Paramyxea)
├───無孔目(Paramyxida)
├頂復門(Apicomplexa)
├─拍琴綱(Perkinsea)
├──拍琴目(Perkinsida)
├─孢子綱(Sporozoea)
├──簇蟲亞綱(Gregarinia)
├───原簇蟲目(Archigregarinida)
├───真簇蟲目(Eugregarinida)
├───新簇蟲目(Neogregarinida)
├──球蟲亞綱(Coccidia)
├───擬球蟲目(Agamococcidiida)
├───原球蟲目(Protococcidiida)
├───真球蟲目(Eucoccidiida)
├──焦蟲亞綱(Piroplasmia)
├───焦蟲目(Piroplasmida)
├硅藻門
├─硅藻綱(Bacillariophyta)
├──中心硅藻目
├──羽紋硅藻目
├綠藻門(Chlorophyta)
├─綠藻綱(Chlorophyceae)
├──團藻目(Volvocales)
├───科(Goniaceae)
├───科(Spondylomoraceae)
├───科(Tetrabaenaceae)
├───科(Volvocaceae)
├──四胞藻目(Tetrasporales)
├──絲藻目(Ulotrichales)
├──膠毛藻目(Chaetophorales)
├──溪菜目(Prasiolales)
├──鞘藻目(Oedogoniales)
├──剛毛藻目(Cladophrales)
├──管藻目(Siphonales)
├──管枝藻目(Siphonocladales)
├──絨枝藻目(Dasycladales)
├──雙星藻目(Zygnematales)
├─綱(Pedinophyceae)
├─綠色鞭毛藻綱(Prasinophyceae)
├─綱(Trebouxiophyceae)
├─石蓴綱(Ulvophyceae)
├──石蓴目(Ulvales)
├輪藻門(Charophyta)
├─綱(Mesostigmatophyceae)
├─綱(Chlorokybophyceae)
├─綱(Klebsormidiophyceae)
├─雙星藻綱(Zygnemophyceae)
├──雙星藻目(Zygnematales)
├──鼓藻目(Desmidiales)
├─輪藻綱(Charophyceae)
├──目(Coleochaetales)
├──輪藻目(Charales)
├裸藻門(Euglenophyta)
├─眼蟲綱(Euglenida)
├─裸藻綱(Euglenophyceae)
├──裸藻目(Euglenales)
├──柄裸藻目(Colaciales)
├金黃藻門(Chrysophyta)
├─金藻綱(Chrysophyceae)
├──金胞藻目(Chrysomonadales)
├──根金藻目(Rhizochrysidales)
├──金囊藻目(Chrysocapsales)
├──金球藻目(Chrysosphaerales)
├──金枝藻目(Phaeothamniales)
├甲藻門(Pyrrhophyta)
├─縱裂甲藻綱(Desmophyceae)
├──原甲藻目(Prorocentrales)
├──目(Prorocentrales)
├─橫裂甲藻綱(Dinophyceae)
├──多甲藻目(Peridi-niales)
├──變形甲藻目(Dinamoebidiales)
├──膠甲藻目(Gloeodiniales)
├──球甲藻目(Dinococcales)
├──絲甲藻目(Dinotrichales)
├─綱(Noctiluciphyceae)
├─綱(Syndiniophyceae)
├隱藻門(Cryptophyta)
├─隱藻綱
├褐藻門(Phaeophyta)
├─等世代綱
├─不等世代綱
├─無孢子綱
├紅藻門(Rhodophyta)
├─紅藻綱(Rhodophyceae)
├──原紅藻亞綱
├─真紅藻綱(Florideophyceae)
├──真紅藻亞綱
├黏菌門(Mycetozoa)
├─黏菌綱(Mycetozoa)
├──原柱黏菌亞綱(Protostelia)
├───目(Protostelida)
├──黏菌亞綱(Myxogastria)
├───目(Liceida)
├───目(Echinosteliida)
├───目(Trichiida)
├───目(Stemonitida)
├───目(Physarida)
├──網柱黏菌亞綱(Dictyostelia)
├───目(Dictyosteliida)
├卵菌門
├─卵菌綱(Oomycetes)
├──水霉目
├──水節霉目
├──鏈壺菌目
└──霜霉目
