學院與醫院實行一體化管理,醫院占地面積 28520平方米,建築面積52044平方米。醫院分本部與東院,共有開放床位近千張,是南京醫科大學臨床教學基地和江蘇省首家全科醫師培訓基地。醫院設有40個臨床科室,20個醫技科室,10個教研室。其中,消化醫學中心繫國家級內鏡診療技術培訓基地,南醫大內鏡研究所也設在該中心,兒科、內分泌科、消化內科為江蘇省省級臨床重點專科;消化內科和腫瘤科為南醫大“十一五”期間的重點學科,神經內科、婦產科、普外科、燒傷整形外科等均在省內外享有較高聲譽。醫院現有高級職稱122人、中級職稱239人;博士21人、碩士70人;碩士生導師28人;享受國務院特殊津貼7人。
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