歷史淵源
電子工程系的歷史可追溯到上世紀五十年代初。當時，南京大學在理科一級學科‘物理學’之下創設了二級學科 ‘無線電物理學’，1981年獲準為博士學位授予點，2002年被評為國家重點學科。2003年，為了適應電子與信息工程技術的快速發展對人才的迫切需要和學校自身學科發展的需要，南京大學又在工科一級學科‘電子科學與技術’之下創設了二級學科‘電磁場與微波技術’並獲準為博士學位授予點。2010年，以無線電物理和電磁場與微波技術等學科為基礎，組建了電子工程系。
在五十多年的實踐中，我們培養了大批從事電子信息科學技術的高級人才， 承擔了大量國家973計畫、國家863計畫、國家自然科學基金等重大科技計畫項目，以及省、部級科研項目和橫向合作的研發項目，產生了較大的社會效益和經濟效益。
發展現狀
現有無線電物理學和電磁場與微波技術兩個二級學科，其中無線電物理學為國家重點學科。全系學科設定橫跨物理學和電子科學與技術等兩個一級學科，是名副其實的“理工”多學科綜合型院系。
我系師資力量較雄厚，有中國科學院院士、“長江學者獎勵計畫”特聘教授和講座教授以及教育部“新世紀優秀人才”等一批優秀學者,他們已經成為各學科的學術帶頭人和學術骨幹。
在人才培養方面，形成了從本科、碩士、博士到博士後流動站完整的人才培養體系。在培養模式上，一貫注重基礎教學，強調寬口徑的培養模式，同時具備高起點的教學實驗室。在世界銀行貸款、“211工程”和“985工程”等項目大力支持下，建設了具有國際先進水平的基礎教學實驗中心，為學生提供了一流的基礎實驗訓練環境。培養的畢業生具有紮實的理論基礎，較強的動手能力和創新能力，供不應求，受到用人單位的好評。
科學研究方面，以電子學、物理學的基本理論方法和現代實驗技術作為手段，探索新型電子材料，研究其中有關物理過程和電磁現象的基本規律，據以開發新型的電子器件和系統，並在實際中推廣套用。目前，全系有超導電子學研究所和微波技術研究室等主要科研機構。超導電子學研究所主要致力超導電子器件在太赫茲波段或量子信息技術中的套用，享有很高的國際聲譽；微波技術研究室既從事新型人工電磁材料的理論分析、設計和套用等前沿研究，也開展實用電磁波吸波材料的全方位研究，為我國國民經濟和國防現代化做出了重要貢獻。
發展目標
將堅持“以學科建設為龍頭，以隊伍建設為核心”的指導方針，加強優勢，發揮特色，提高內涵，努力開拓新的學科生長點，不斷提高辦學水平，使之成為有更高國際影響的高水平電子與信息科學技術人才培養和科研基地。
