歷史沿革
學校環境民國14年（1925年），載濤將貝勒府以16萬美金長期租給羅馬教廷開辦公教大學（即後來的輔仁大學）以維持生計。公教大學初期先設大學預科，始稱“輔仁社”。
民國16年（1927年），經北洋政府批准試辦大學本科，正式定名為“私立北京輔仁大學”。
民國18年（1929年），呈請國民政府教育部正式立案，更名為“私立北平輔仁大學”， 原主持校務的教育家陳垣先生正式出任校長。同年輔仁大學為了培植學校的良好基礎，決定停辦預科，改為三三制附屬中學。高中部隨大學部設在李廣橋西街10號（即今柳蔭街 27 號校址）濤貝勒府，國中部暫設在定阜街3號，校名定為“私立北平輔仁大學附屬中學”，教育家、輔仁大學校長陳垣先生兼任附中校長。
民國19年（1930年），輔仁大學遷入府邸南部新建的教學樓，將原府邸北部校舍全作為輔仁附中（包括初、高中）所用。之後不久，輔仁大學另選址籌建附屬女子中學高中部，故將原附中改設為附中男校，更名為“私立北平輔仁大學附屬男子中學”。新中國成立後，人民政府接管了輔仁大學及其附中，輔仁男附中更名為“國立輔仁大學附屬男子中學”。
1951年，輔仁大學與北京師範大學合併，輔仁男附中改由北京市教育局領導，被命名為“北京市第十三中學”。
1995年，全部採用486微機的計算機教室“北京十三中金長城實驗室”落成，是國內第一家面向基礎教育和社會教育兩個領域的實驗室。
2005年，被評為北京市示範性普通高中。
2012年，學校被批准開設“科技綜合素質實驗班”。
2017年，學校與台灣省內壢高級中學簽訂結對學校交流合作協定。
辦學條件
辦學規模
校園風景據2019年2月學校官網顯示，學校占地面積3萬平方米 ，建 築面積近2萬平方米。設有高中教學班24個，國中教學班12個，在校學生1500多人。
硬體設施
據2019年2月學校官網顯示，學校設有物理實驗室5個，化學實驗室4個，生物實驗室3個，生物標本室1個，組培室1個，美術教室2個，音樂教室1個，多媒體語音教室2個，計算機房2個，微格教室1個，汽車模擬駕駛教室1個，天文觀測台一座。還有900平方米的地下健身房，200米塑膠環行跑道，藏書近10萬冊的圖書館。
師資力量
截至2011年9月，學校共有高級教師53人，中級教師42人，北京市優秀教師1人，獲得北京市班主任“紫金杯”榮譽稱號4人，西城區優秀園丁8人，西城區先進工作者27人、西城區優秀班主任6人，區、校學科帶頭人34人。
北京市特級教師：尹浚淼（數學）、陳春雷（物理）、王大堃（語文）
西城區學科帶頭人：何雪麗、秦勝、聶勇、劉力力、苑海英、趙彥玲、王立峰、高娟
辦學成果
學生成績
•高考成績
2016年高考
理科平均分613.6，一本率98%，70%在600分以上；文科平均分630.5，一本率98%，50%在630以上，93%在600分以上。
2015年高考
理科平均分621.94，文科平均分631.17。文科一本率100%，理科一本率96%。
2014年高考
文科平均分620（一本線565），一本率100%，600分以上人數占85%；理科平均分605（一本線543），一本率98%，600分以上人數占55%。
2013年高考
文科平均分616（一本線549），一本率100%，600分以上人數占80%；理科平均分623（一本線550），一本率99%，600分以上人數占80%。
2012年高考
文科平均分562（一本線495），一本率100%；理科平均分571分（一本線477），一本率99%，600分以上人數占30%。
2011年高考
文科平均分590（一本線524），一本率100%，600分以上人數占40%；理科平均分為561分（一本線484），一本率98%。
•中考成績
2015年中考
學校總平均分為547.6分，有74人次獲得學科滿分，其中數學6人，英語50人，化學18人。語文平均分108.9，優秀率94.9%；數學平均分111.7，優秀率93.6%；英語平均分117.7，優秀率99.7%；物理平均分93.1，優秀率95.9%；化學平均分76.2，優秀率97.6%。裸分最高分575，總分570分以上3人，565分以上累計12人，560分以上累計58人，555分以上累計114人，550以上累計165人。
•素質成績
| 時間 | 學生/團隊 | 競賽名稱 | 獲獎情況 |
| 2018年 | 北京市第十三中學創客社團 | 第十八屆中國青少年機器人競賽 | 冠軍 |
| 2名 | 第38屆北京青少年科技創新大賽 | 一等獎 | |
| 1名 | 二等獎、“艾科思未來科技領袖專項獎”和“青少年科技創新專項獎” | ||
| 6名 | 首屆北京青少年國際創客交流終評競賽活動 | 一等獎 | |
| 北京市第十三中學創客社團 | “冪教育”特別獎 | ||
| 2013年 | 北京市第十三中學室內樂團 | 北京市第十六屆學生藝術節 | 第五名 |
| 1名 | 北京青少年科技創新大賽 | 一等獎 | |
| 1名 | 第四屆北京市中小學生科學建議獎 | 獲獎 | |
| 2011年 | 2名 | 北京市青少年科學建議獎 | |
| 1名 | 第31屆北京青少年科技創新大賽 | 三等獎 |
教師成績
| 時間 | 教師 | 賽事名稱 | 榮譽/獲獎情況 |
| 2014年 | 安清、王朝 | 北京市基礎教育課程教材實驗論文評比 | 三等獎 |
| 2018年 | 王玉婕、邢敏、吳春會、張和清、高娟、常文靜 | 西城區教育系統優秀教師評選 | 獲獎 |
| 任虎蘭、劉顯揚 | 西城區教育系統優秀教育工作者評選 | 獲獎 |
（註：以上參考資料來源）
學校榮譽
| 授予時間 | 獎項名稱 | 授予單位 |
| - | 全國綠色學校 | - |
| 1986年 | 全國環境教育先進單位 | 北京市教育委員會 |
| - | 北京市雙擁共建標兵單位 | - |
| - | 北京市文明單位 | - |
| - | 北京市模範教工之家 | - |
| - | 北京市電化教育優類校 | 北京市教育委員會 |
| 2012年 | 北京市科技教育示範校 | |
| - | 北京市健康促進學校 | |
| - | 奧林匹克教育示範校 | - |
| 2018年 | 全國青少年人工智慧示範特色校 | - |
文化傳統
學校標識
•校徽
北京市第十三中學校徽校徽的背景象徵著一輪新日從知識的海洋中冉冉升起，正中是一艘抽象的帆船正在揚帆起航。
精神文化
•校訓
堅定、勤奮、強健、創新
•校歌
| 北京十三中校歌 |  北京市第十三中學校歌 |
| 詞：郭婷婷 曲：施萬春 | |
| 洋溢著青春的夢， | |
| 用汗水匯聚成洪。 | |
| 現在要把知識學懂， | |
| 未來才能套用， | |
| 我們成長在十三中！ | |
| 我們前進在十三中！ | |
| 努力學習，攀登高峰， | |
| 全力向前沖！ | |
| 全力向前沖！ | |
| 放眼望遠方天空， | |
| 只要努力就會成功。 | |
| 今天也許有些懵懂， | |
| 明天會更光明， | |
| 我們熱愛十三中！ | |
| 我們懷念十三中！ | |
| 鑑定勤奮，強健創新， | |
| 永遠記心中！ | |
| 永遠記心中！ |
（註：以上參考資料來源）
學校領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 校長 | 蔡冬梅 |
| 黨總支書記 | 陳紀文 |
| 教學副校長 | 吳勝九 |
| 德育副校長 | 劉宏菲 |
（註：以上參考資料來源）
歷任領導
| 姓名 | 任職時間 | 職務 |
| 陳垣 | 1929年-1931年 | 校長 |
| 英千里 | 1935年-1942年 | |
| 鄢說 | 1942年-1951年 | |
| 趙東征 | 1951年-1952年 | |
| 王兆榛 | 1952年-1963年 | |
| 王敬熙 | 1963年-1968年 | |
| 曹立珊 | 1980年-1982年 | |
| 王其鐸 | 1982年-1988年 | |
| 劉瑜 | 1988年-1998年 | |
| 丁大偉 | 1998年-2009年 |
（註：以上參考資料來源）
