明天啟年間，相繼有葛、張姓從蓬萊，侯姓從棲霞，李姓從榮城遷入建村。清道光年間起屬北莊社，1934年屬北莊鄉，1945年屬廟島區，1946年屬黑山區，1948年屬黑山鄉。1956年成立黑山鄉前進社，1958年為黑山大隊北莊生產隊，1962年為黑山公社北莊大隊。1984年建立行政村，1985年4月隸屬大黑山鄉，2003年，屬黑山鄉。
古墓群。北莊村西曾出土古墓群一座。墓型多為土坑豎穴，內填牡蠣皮。出土文物有青銅舟、青銅劍和陶鬲、陶豆等，據專家考證，認定為東周至漢代墓群。
北莊村以轄區內有一新石器時代文化遺址而聞名。
北莊古遺址。位於村東北部山坡上，因村而名。南臨小河，東靠海，西倚老黑山。遺址呈長方形，南北長約300米，東西寬約140米。遺址南部被現代村落所壓，發掘面積約500平方米，清理出半地穴式房屋基址73座，合葬墓4座，出土大量陶器和部分石器、骨器等，根據北京大學考古工作者的測定分析，確認北莊古遺址為新石器時期的村落遺址。文化層自下而上分別為：北莊下層距今6000～7000年，北莊一期距今5100～6000年，北莊二期距今4500～4600年。此遺址因與西安半坡遺址屬同一時期，被專家們稱為中國的“東半坡”。
如今該遺址之上建有北莊遺址博物館一座。
