劉昶[中國醫學科學院研究員]

中國醫學科學院藥用植物研究所 生物信息中心副主任，研究員 博士生導師 ，協和學者特聘教授。美國明尼蘇達大學(雙城校區) 動物病理專業博士，主攻方向為細胞生物學和基因組學；美國明尼蘇達大學 (雙城校區)計算機專業碩士(第二學位)。曾任葛蘭素史克製藥公司（美國北卡羅來納州）Genetic Research項目主管；香港大學李嘉誠醫學院助理教授；耶魯大學訪問學者。

求學經歷

早年在國內求學，後普美國明尼蘇達大學(雙城校區) 獲得動物病理專業博士，主攻方向為細胞生物學和基因組學；美國明尼蘇達大學(雙城校區)計算機專業碩士，獲第二學位。曾任葛蘭素史克製藥公司（美國北卡羅來納州）Genetic Research項目主管；香港大學李嘉誠醫學院助理教授；耶魯大學訪問學者。現任中國醫學科學院藥用植物研究所生物信息中心副主任。

工作經歷

中國醫學科學院藥用植物研究所生物信息中心副主任 ，研究員 ，教授 博士生導師，協和學者特聘美國明尼蘇達大學(雙城校區) 動物病理專業博士，主攻方向為細胞生物學和基因組學；美國明尼蘇達大學 (雙城校區)計算機專業碩士(第二學位)。曾任葛蘭素史克製藥公司（美國北卡羅來納州）Genetic Research項目主管；香港大學李嘉誠醫學院助理教授；耶魯大學訪問學者。

研究方向

(1)藥用真菌和藥用植物基因組學；(2)中藥材物聯網構建關鍵技術；

主要成果

主持國家自然科學基金、人事部留學回國人員科技活動擇優資助、北京市自然科學基金、香港政府大學教育資助基金RGC、協和學者特聘教授基金等項目，並作為骨幹成員承擔科技部 863計畫、教育部“長江學者和創新團隊發展計畫”、中國醫學科學院“中藥資源學協和創新團隊”多項研究課題。

以第一或通訊作者發表 SCI論文 30餘篇，刊載在 Science、PNAS、Nature Communication、Bioinformatics、BMC Genomics、PLOS One和 BMC Bioinformatics等期刊。近年來關注藥用真菌和藥用植物基因組結構與功能解析、生物信息學/化學信息學分析技術平台構建，相關工作在Science雜誌上被引用和評論，多次應邀在國際DNA條形碼大會上發表研究報告；2012年，與美國太平洋生物有限公司（PacBio）建立 IMPLAD-PacBio聯合前沿遺傳分析實驗室，做為通訊作者發表了國內套用PacBio技術的首篇SCI論文，目前在整基因組測序及數據分析、轉錄組分析及序列數據挖掘方面達到國際先進水平。

主要論文

[2](1). Chen S*, Xu J*,Liu C*, Zhu Y, Nelson DR, Zhou S, Li C, Wang L, Guo X, Sun Y et al: Genome sequence of the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum. Nat Commun 2012, 3:913.（*Contributed equally）
(2). Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA, Deng M,Liu C, Widmer G, Tzipori S et al: Complete genome sequence of the apicomplexan, Cryptosporidium parvum. Science 2004, 304(5669):441-445.
(3). Striepen B, White MW,Li C, Guerini MN, Malik SB, Logsdon JM, Jr., Liu C, Abrahamsen MS: Genetic complementation in apicomplexan parasites. Proc Natl Acad Sci U S A 2002, 99(9):6304-6309.
(4).Liu C, Li J, Wang L, Wu F, Huang L, Xu Y, Ye J, Xiao B, Meng F, Chen S et al: Analysis of tanshinone IIA induced cellular apoptosis in leukemia cells by genome-wide expression profiling. BMC Complement Altern Med 2012, 12(1):5.
(5).Liu C, Shi L, Xu X, Li H, Xing H, Liang D, Jiang K, Pang X, Song J, Chen S: DNA barcode goes two-dimensions: DNA QR code web server. PLoS One 2012, 7(5):e35146.
(6).Liu C, Shi L, Zhu Y, Chen H, Zhang J, Lin X, Guan X: CpGAVAS, an integrated web server for the annotation, visualization, analysis, and GenBank submission of completely sequenced chloroplast genome sequences. BMC Genomics 2012, 13(1):715.
(7). Pang X*,Liu C*$, Shi L*, Liu R, Liang D, Li H, Cherny SS, Chen S$: Utility of the trnH-psbA Intergenic Spacer Region and Its Combinations as Plant DNA Barcodes: A Meta-Analysis. PLoS One 2012, 7(11):e48833. （*Contributed equally, $Corresponding author）
(8). Song J, Shi L, Li D, Sun Y, Niu Y, Chen Z, Luo H, Pang X, Sun Z,Liu C$et al and Chen S$: Extensive pyrosequencing reveals frequent intra-genomic variations of internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA. PLoS One 2012, 7(8):e43971. ($Corresponding author)
(9).Liu C, Liang D, Gao T, Pang X, Song J, Yao H, Han J, Liu Z, Guan X, Jiang K et al: PTIGS-IdIt, a system for species identification by DNA sequences of the psbA-trnH intergenic spacer region. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 13:S4.