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在總包工程項目有分包的情況下，總包公司營業稅只申報自己承建部分的稅款，不再代扣代繳分包單位的稅款，各分包人自行申報繳納稅款。總包方申報時，分包方開票額通過“可扣除金額”體現。“可扣除金額”由系統根據下一級分包人的開票金額自動產生。即，下一級分包方開具發票之後，上級分包方申報營業稅時方可進行抵扣。暫行條例
第五條納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產收取的全部價款和價外費用。但是，下列情形除外：（一）納稅人將承攬的運輸業務分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用後的餘額為營業額；
（二）納稅人從事旅遊業務的，以其取得的全部價款和價外費用扣除替旅遊者支付給其他單位或者個人的住宿費、餐費、交通費、旅遊景點門票和支付給其他接團旅遊企業的旅遊費後的餘額為營業額；
（三）納稅人將建築工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款後的餘額為營業額；
（四）外匯、有價證券、期貨等金融商品買賣業務，以賣出價減去買入價後的餘額為營業額；
（五）國務院財政、稅務主管部門規定的其他情形。
其他
發生的應稅行為按差額徵稅的，必須取得符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的憑證。 如果納稅人取得憑證上註明的扣除項目金額多於其實際支付的，在計算計稅營業額時按其實際支付的扣除項目金額扣除；如果納稅人取得憑證上註明的扣除項目金額少於其實際支付的，在計算計稅營業額時按其取得憑證上註明的扣除項目金額扣除。納稅人發生的扣除項目必須核算清楚，並在納稅申報時如實填報。對扣除項目核算不清、不實的，不允許在計稅營業額中扣除。
單位或個人納稅當期發生的扣除項目當期未抵扣的金額，允許結轉下一納稅期進行抵扣。另有規定的除外。
分包抵稅需分包單位提供以下材料
1、分包契約（契約須貼印花稅票）複印件，蓋騎縫章（通用條款可不印，須印含甲乙雙方名稱、契約額、紅章、印花稅票頁）。2、分包發票複印件（發票聯）。
3、分包單位營業執照副本（年檢過的）複印件。
4、分包單位稅務登記證副本複印件。
5、分包單位組織機構代碼證副本複印件。
6、分包單位法定代表人身份證複印件。
7、繳稅稅單複印件。
以上資料需加蓋分包單位公章，契約複印件（含貼印花稅票頁）還需加蓋騎縫章。
總包單位請留存好以上分包抵稅資料，以做稅務備查只用。
