組織的形態
從形態上看，公益性社會組織主要包括如下幾種形式：法人型公益性社會組織和非法人型公益性社會組織，社團式公益性社會組織和財團式公益性社會組織，公募型公益性社會組織和非公募型公益性社會組織，運作型公益性社會組織和動員型公益性社會組織，登記註冊型公益性社會組織和未登記註冊型公益性社會組織等。
組織的區別
公益性社會組織與互益性社會組織
1.目的不同。有學者認為，“結社權所體現的其實是憲法對群體利益的肯定，是對人們之間以互益為目的形成團體的權利的尊重，單純的私益性目的，或者單純的公益性目的都不足以形成結社的願望，但是如果缺少了互益的元素，則可以斷言任何結社都是盲目的、非理性的。從理性人角度對結社作出上述判斷，儘管沒有什麼不妥，但是，公益性社會組織以公益為目標追求，一般沒有成員，即使有成員的社團式公益組織，其成員一般也不享有組織提供的服務特權；互益性社會組織則以成員利益為目標追求，其成員既是該組織的設立人、組織事務的決策者，又是組織產品和服務的消費者。當然，利益目標的差異並不排除社團式公益性社會組織在特定情況下給予其成員一定的象徵性利益，也不排斥互益性社會組織在特定情況下為不特定的社會公眾謀利益，但這迥然不同於公益性社會組織必須服務於社會公益的要求。
2.開放性不同。一般來說，互益性社會組織是由有著共同身份地位、利益需求以及愛好志趣的群體組成的團體，具有封閉性。在設立以及成員資格取得上，互益性社會組織成員是一群特定的人，其成員資格受到職業、興趣愛好、行業等限制；而公益性社會組織則往往會希望更多的人參與到組織設立中來，即使採用社團式組織形式的公益組織，其成員資格一般也並不受任何限制。不僅如此，公益性社會組織的治理機構對社會人士也是開放的。因此，公益性社會組織具有開放性。
3.資產分配與處置不同。一般來說，公益性社會組織和互益性社會組織都不可以以營利為其主要目的，都不可以像營利性組織那樣將組織的利益在其成員間分配。然而，二者在終止時是否可以向其成員分配資產是有所區別的。由於互益性社會組織的財產主要來源於會費（在日本為了將之區別於公司股東的股份或出資而稱之為基金或者社會捐助），其享有的稅收優惠待遇也比較有限，因而組織一旦解散，財產可以在成員中間分配，或者由成員大會決定處分的方式，國家一般不得干涉。而公益性社會組織由於其財產來源除了會費（適用於社團式公益性社會組織）外，更多的則來源於社會募捐、政府資助，而且享有較高的稅收優惠待遇，其財產具有明顯的公共性質。因此，一般國家的法律均規定，公益性社會組織在解散時，應當轉交給其他目的相近的公共團體或者國庫，而不應在成員間分配。
4.自治程度不同。由於互益性社會組織的利益範圍主要關涉到組織成員的利益，因而各國立法對它的干預較少，這類組織的治理主要依靠內部治理結構、自律機制來實現。而公益性社會組織因其資金來源上具有政府性和社會性，享受較高的稅收優惠待遇，而且牽涉到較高程度的社會公益，因而國家在其組織和行為方面都有著較多的干預和監管，其自治程度明顯較低。
5.組織變動的路徑不同。公益性社會組織一旦成立，就應當服務於公益目標，即使存續中出現重大障礙，也不能轉變為營利性組織或者互益性社會組織。而互益性社會組織則可以轉變為營利性組織或者公益性社會組織。
公益性社會組織與慈善組織
公益和慈善並不是同一概念，公益性社會組織與慈善組織的概念也非完全相同。依據《牛津詞典》的解釋，公益（public welfare）中的“public”是指“公眾的”、“公共的”，“welfare”則是指“公共的健康、幸福、繁榮等”。因此，“公益”這一辭彙側重於強調一主體給其他主體帶來的好處以及受益對象的廣泛性和公共性；而慈善則更強調主體內心所具有的仁慈、善良、同情之心及其以此為基礎而實施的施捨和救助行動。也即慈善具有內在性，其旨在對行為性質的說明；而公益具有外在性，其旨在對活動目的的交代。在《烏克蘭慈善與慈善組織法》、《亞美尼亞慈善法》、《俄羅斯慈善活動和慈善組織法》、《英國慈善法》以及我國慈善事業促進法（草案）等立法檔案中，慈善被定義為“自然人、法人和其他組織給予接受者自願的、無私的物質上、經濟上以及其他方面的善意的幫助和支援。”慈善組織也被定義為“以實施慈善活動為主要目的的組織。”顯然，這與上文提到的“公益性社會組織”的概念是有差別的。
公益性社會組織與公益信託
其一，主體性地位不同。公益性社會組織無論採用公益性法人、還是合夥形式以及個體形式，在法律上，它都可以是一個獨立的組織體。而公益信託，所表明的則僅僅是在特定公益目的之下，委託人將信託財產置於受託人控制之下而創設的一種法律關係。不管公益信託的受託人是一個法人還是其他形式的主體，也不管受託人對信託財產是擁有所有權或者管理權⑦，公益信託本身僅僅表明一種關係或者一種行為而不是一個組織體。
其二，所受限制不同。在公益信託法律關係中，受託人受到信託協定所規定的財產管理方式以及用途等限制。法院、受益人以及其他利害關係人對於受託人行為擁有相對較多的干預權利，甚至可以通過對受託人的直接訴訟而獲得信託財產的執行權。而公益性社會組織較少受捐贈人、受益人以及其利害關係人、法院等的干預和限制。
其三，設立繁簡程度不同。公益信託的設立簡便靈活，在大陸法系國家，需要目的事業機關許可成立；而在英美國家則僅需要委託人和受託人簽訂契約，只要按照相應的條件向登記機關申請登記即可設立，而無需特定機關的批准。而公益性社會組織特別是公益法人的設立則更加複雜。
其四，運行費用不同。因公益信託無需一個組織體，而僅靠一筆較小的費用就可以由他人來實現公益目的，而公益性社會組織的管理機構、人員配備、辦公開支等所需的費用顯然遠遠大於公益信託。
