起源
公理宗起源於16世紀的英國。勃朗於1582年著書宣傳建立獨立於國教的自治教會，不贊成設立統管各教會的上級領導機構（教區制度），僅允許設立各教會自由參加的聯誼性機構。全體信徒對教會事務行使平等權力，民主選舉執事，聘任牧師。發展不久，便形成稱為公理會的新宗派。
當時的英國女王伊莉莎白一世迫害非國教派別，勃朗被處死，不少公理會成員逃亡荷蘭。1620年，102名流亡者乘"五月花號"帆船抵達北美新英格蘭地區。其後，新英格蘭地區建立了6個以公理會為官方宗教的殖民地，分別是在麻薩諸塞（Massachusetts）、康乃狄克（Connecticut）、新罕布夏（New Hampshire）、佛蒙特（Vermont）、緬因（Mane）、羅得島（Rhode Island）。
美部會（American Board of Commissioners for Foreign Missions）於1810年成立。1830年2月25日，裨治文（Elijah Coleman Bridgman, 1801－1861）和雅裨理（David Abeel ）到達廣州，美部會是美國第一個來華的差會。
進入20世紀，公理會的影響力急劇下降。1961年美國公理會與福音歸正會合併為美國聯合基督教會（United Church of Christ）。信徒只有1,296,652人。比19世紀以前的黃金時代已經下降很多。
在中國
華南區
傳教站：
教堂：廣州光孝堂，西村堂，香港公理會堂（孫中山受洗處）
1835年伯駕醫生在廣州十三行創辦博濟醫院（後來轉交給長老會）。1847年裨治文去上海翻譯聖經，公理會將廣州傳教站讓給長老會。1883年，喜嘉理至香港，恢復廣州香港公理會。1929年撤出廣東，移交給同宗派的華人教會，中華基督教會。
閩北區
傳教站：福州（1847），長樂（1863），永泰（1864），邵武（1874）。
教堂：觀巷劉公紀念堂、鋪前頂救主堂、洪山橋洪山堂、塔頭橋尚德堂、馬尾堂、西門堂、楊橋巷福世堂、澳橋下晨世堂、開元樓開元堂、三保堂、後洋里後洋堂、窗下堂、水部街水部堂、霞浦街霞浦堂、後嶼堂、後洲堂、閩侯南通堂
學校：福州福建協和大學，格致中學，私立文山女中。
公理會華北區（晉燕魯三省）
傳教站：天津（1860），北京（1864），通州（1867），保定（1873），德州（1880），臨清（1886），太谷（1883），汾州（1886）。
教堂：北京燈市口公理會，海淀堂，通州證道堂，
學校：北京燕京大學，育英中學，貝滿女中；通州潞河中學
醫院：通州潞河醫院
著名人物
艾碧該·亞當斯（Abigail Adams）
裨治文（Elijah Coleman Bridgman,1801－1861）
伯駕（P.Parker,1804-1889）
衛三畏（Samuel Wells Williams,1812-1884）
雅裨理（David Abeel ）
明恩溥（Arthur H. Smith，1845-1942）
梅子明（William Scott Ament，1851-1909）
富善（C.Goodrich）
謝衛樓（D.Z.Sheffeild）
江載德（L.D.Chapin）
譚沃心（1888—1986）
