歷史沿革
1998年，經杭錦旗人民政府批准建立旗縣級保護區。
2000年，經內蒙古自治區人民政府批准建立“內蒙古白音恩格爾自治區級自然保護區”。
2007年，被內蒙古自治區列為“十一五”期間晉升國家級自然保護區的重點保護區。
地理環境
位置
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區位於內蒙古杭錦旗的巴拉貢鎮境內，距杭錦旗旗政府所在地錫尼鎮170公里。
地貌
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區位於“鄂爾多斯盆地”的西北部。受燕山運動影響，地質逐漸下沉，接受了巨厚的白堊系沉積物。至白堊系末期開始上升，第三紀中、後期，局部地區又開始下沉，接受第三系沉積物。保護區所在的地區為波狀高平原（梁地）地貌。保護區所在的白音恩格爾嘎查的西部接近千里山處，屬山麓地帶，呈剝蝕丘陵、波狀高原、海拔1068-1282米。絕對高差400米以上。地貌表現為剝蝕強烈，基岩裸露。窪地中有不同程度的沉積片狀覆沙。該地段為草原化荒漠地帶，有典型的地帶性、顯示性植物存在。
氣候
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區深居內陸高原，屬於溫帶大陸性氣候，春季乾旱、少雨、多風沙；夏季溫暖，少風沙、降雨時段集中；秋季晴朗、少雲、陽光充足、晝夜溫差大、氣溫下降急劇；冬季寒冷、少雪、多寒潮是這一地區總的氣候特點。保護區年平均氣溫5.6℃，極端最高氣溫36.5℃，極端最低氣溫-32.1℃，年際變動在-22.9至32.1℃。保護區所在的巴拉貢鎮降水最少，年降水量僅為144.6毫米。保護區歷年平均風速4.1米/秒，歷年平均大風日數27.8天。
水文
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區過境黃河水系，黃河從保護區的西部流過，西起磨石溝，東止毛布拉格孔兌溝出杭錦旗境，在旗流經長度242公里，河面寬1-3公里，為寬淺複式斷面。杭錦旗境內匯入黃河的支流有4條，自西向東為：磨石溝、巴拉貢溝、朝凱灣、毛布拉格孔兌溝。黃河在杭錦旗境內共流經9個鎮、蘇木。位於保護區東部的沙日摩仁河是杭錦旗牧區水量最豐富的內陸河，該河發源於伊克烏素蘇木的哈夏圖泉，由東南向西北流經該蘇木全境，消失於呼和木獨蘇木境內的庫布齊沙漠中，形成查乾淖爾硝海子。流域面積5220平方公里。
土壤
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區境內主要分布有3個土壤類型，即：灰漠土、風沙土和粗骨土。
區域範圍
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區西北至板登口子，西南至家呼都格，東北至討利、東南至什拉陶勒亥。地理坐標介於東經107°05′08″—107°19′34″，北緯40°08′41″—40°23′12″之間，南北長約28公里，東西寬約20公里，總面積26209.64公頃 ，其中核心區面積為10486.92公頃，占總面積的40%，緩衝區面積4251.83公頃，占總面積的16.2%，實驗區面積11470.89公頃，占總面積的43.8%。
保護目標
綜述
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區主要保護對象為古老孑遺珍稀瀕危植物及草原化荒漠生態系統。
植物
半日花植物的種類組成是構成植被的主體，在內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區的植物區系組成中，以種子植物為主。
截至2013年，內蒙古白音恩格爾自治區級自然保護區內有種子植物326種，隸屬50科173屬，其中，被子植物324種，隸屬49科172屬，分別占保護區植物科、屬、種數的98.0%、99.4%、99.4%；裸子植物2種，隸屬1科1屬，分別占科、屬、種數的2.0%、0.6%、0.6%。保護區植物區系處於亞洲荒漠植物區——阿拉善荒漠植物省——東阿拉善荒漠州，是處於草原化荒漠地區。主要的地帶性植被為耐乾旱的草原和荒漠植被型。保護區有國家級珍稀瀕危保護植物6種，其中，國家Ⅱ級保護植物5種，國家Ⅲ級保護區植物1種。保護區內特有種、古老殘遺種及其它瀕危植物共約58種，占保護區植物種的17.8%，其中，四合木、半日花、綿刺、沙冬青等植物的珍稀瀕危程度尤為突出。保護區有內蒙古自治區保護區植物7種，其中，自治區Ⅱ級保護植物1種，自治區Ⅲ級保護區植物6種。被列入《中國生物多樣性保護行動計畫》中植物優先保護名錄的有：半日花、革苞菊、沙冬青、綿刺、四合木5種。
動物
金雕截至2013年，內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區有脊椎動物145種，分屬於17目42科84屬，其中，兩棲類1種（1目1科1屬），占保護區脊椎動物種數的0.7%；爬行類10種（1目4科5屬），占保護區脊椎動物種數的6.9%；哺乳類有34種（5目10科24屬），占保護區脊椎動物種數的23.4%；鳥類100種（10目27科54屬），占保護區脊椎動物種數的69.0%。保護區有國家級保護動物23種，其中國家Ⅰ級重點保護動物1種，即金雕，國家Ⅱ級重點保護動物22種（獸類3種、鳥類19種）。被列為《中國瀕危動物紅皮書》的有9種，包括兩棲類1種，鳥類5種，獸類3種。屬於《珍稀瀕危野生動植物種國際貿易公約》簡稱（CITES）附錄所列的物種有23種，其中鳥類20種，獸類3種。
管理措施
管理機構
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區管理機構為杭錦旗自然保護區管理局，經鄂爾多斯市編制委員會批准（鄂機編髮[2005]43號），成立於2005年10月，職能職責是負責全旗境內“白音恩格爾自治區級自然保護區”、“庫布其沙漠檸條錦雞兒自然保護區”、“杭錦淖爾自然保護區”三個自治區級自然保護區的基礎設施建設與完善，資源的保護、利用和管理工作。
管理措施
根據市編委批准的杭錦旗自然保護區管理局的職能職責，結合杭錦旗實際情況，2009年3月，經旗委、政府研究決定，天然林保護工程飛播造林與封沙育林項目由自然保護區管理局負責爭取和組織實施，實行一套人馬，兩塊牌子。並將全旗禁止開發區後期土地、草牧場管理工作由自然保護區管理局負責管理。全局現有職工44人，核定編制25個，其中有高級工程師1名，有中級職稱人員9名。
開發利用
2010年，杭錦旗自然保護區管理局在瀕危植物移植和種子育苗實驗的基礎上，經過整地、種子處理等措施，在塑膠大棚中開始種植瀕危植物沙冬青、蒙古扁桃、霸王和四合木，並將培育成功的種苗放入育苗分容器中，運用直播育苗技術進行育種。
2016年5月4日，杭錦旗自然保護區管理局組織技術人員深入內蒙古白音恩格爾荒漠瀕危植物自然保護區內開展沙冬青、蒙古扁桃原生地種子育苗試驗。
生態價值
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區是研究亞洲乾旱地區生物多樣性和全球變化的一個關鍵地帶，已越來越引起國內外專家學者的重視。保護好這個特殊地帶，不僅對研究各大植物區系之間及植物與動物之間相互影響、相互交流有著重大意義。同時通過該生物多樣性變化來研究生物對全球氣候變化的反應，對於全球生物多樣性保護具有十分重要的意義。
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區是以保護草原化荒漠生態系統中古老孑遺瀕危植物及其棲息於其中的生物物種，集生物多樣性保護、科學研究、宣傳教育、生態旅遊和可持續利用等多功能於一體的綜合性自然保護區。
內蒙古白音恩格爾荒漠自治區級自然保護區其地理位置處在京津風沙源的南路，是西北風輸沙的主要沙源地，建設好保護區對於減少京津地區風沙源危害至關重要，為真正治理沙源源頭的生態環境將起到積極的作用。
