身世
安徽省阜南縣柴集鎮倪新寨人，祖籍山東省充州棗林閘，明洪武年間遷來潁州，世代耕讀傳家。曾祖父會增、祖父雲峰，至叔父輩始有人出仕朝廷大伯元凱、二伯元灝、四叔德玲皆為清朝官吏。父倪淑，字洪遠，詩文俱佳，清末舉人，為袁世凱養父袁保慶所賞識，聘為袁氏家庭教師，教過袁世凱；曾隨左宗棠出征甘肅，任四川縣令和知府，晚年隱退家鄉，教子揚名。兄弟三人，大哥毓藻；二哥倪嗣沖（原名毓楓，號丹忱），清末秀才，曾任山東省陵縣縣令，北洋營務統領，黑龍江民政使、河南、安徽布政使、安徽省督軍、長江巡閱使、安徽省長、安武上將軍等職。
生平
倪毓棻生於同治八年（1869年），自幼天資聰明，才識過人，幼年從父學文，頗通文墨。當二哥嗣衝去山東投奔袁世凱時，他也棄文從武，參加了鎮壓義和團的運動。
後來，袁世凱在天津小站督練新兵，倪毓棻將軍奉二哥之命前往參加北洋武備軍，入北洋陸軍炮隊隨營學堂（又稱小站隨軍學堂）學習，專攻軍事。
畢業後，袁世凱留他督操學堂營務，他堅辭不就，返往阜陽。因他深知二哥倪嗣沖亟欲擴大自己的隊伍，急需一批懂軍事的軍官。
1911年的武昌起義，阜陽也為淮上革命軍張匯韜部光復。倪毓棻將軍和倪嗣沖岳父寧繼泰化裝出城來到周口，找到時任安徽布政使、武衛右軍左翼長的二哥倪嗣沖。倪嗣沖遂令他為募兵督辦，在豫東、皖北迅速招募新兵。他積極奔走，收編了老巡防營石忠玉部兩營官兵和一些散兵，計千餘人。並以此為骨幹，又招募兵勇數千人。這支別動隊後改編為安武軍的一部，為北洋皖軍的主力部隊。
1912年1月下旬，安慶革命黨人段志超、管鵬率隊七營與淮上軍餘部、及柏文蔚的第一軍盧慈甫部會師，近萬餘眾把二哥倪嗣沖部北洋軍圍困在阜陽城內。倪毓棻將軍聞訊，率部百里馳援，踏雪夜渡櫻桃口，從革命軍和盧軍背後突然襲擊，城內北洋軍也乘機反攻，遂挫敗圍城的革命軍，穩定了皖北。 “贛南之役”後，又率部隨兄會師鳳台，奪壽州，下正陽、取合肥、六安，進駐安慶、蕪湖，協助袍兄完成了皖省的統一。
1914年，與安武軍大將合力圍剿了進入安徽的豫匪白狼的數萬部隊。
1916年奉政府令，任安武軍行營司令統領安武軍出師湖北、雲南征討“護國軍”。
1917年“府院之爭”後，隨安武將軍反對黎元洪，率部北上進兵到天津。事成後，回師安徽。8月于軍中突發重症，8月8日在蚌埠病故。葬於潁州西湖之西北岸，立碑銘曰：“世治尚文，亂克以武，惟君之生，肇自名父，安武嶽嶽，是翼是匡，壞機崩牙，斧彼梟狼，淮流舒舒，軋道蕩蕩，兄弟握符，旌節相望，天奪之年，斯焉永藏，聲以名詩，與石不亡。”
