本部舊址
圖遺存規模：占地面積4270平方米，建築面積7399平方米。
結構類型：磚混結構
形制：該建築分前樓（原七三一部隊本部），後面平房（原為七三一部隊器材供應部），兩建築之間由中心走廊相連。前樓磚混結構，地上二層，長171.3米，13.5米，地面下架空層高為2.2米，一層層高為3.9米，二層層高為4米。原屋面為木屋架，鐵皮屋面板，灰條吊天棚，鋸末保溫。縱牆承重，外牆厚520毫米，內牆厚400毫米。
本部舊址正門由兩扇大門和兩扇腳門組成，門前有一個由兩個磚柱支撐的13平方米大小的雨搭式平台，入門迎面即是通往二樓的階梯。一層和二層各有一條南北向、約30米長的中心長廊，與器材供應部、武器庫連線。走廊原可繼續向北與細菌實驗室及特設監獄遺址聯繫。後面平房其東翼為器材供應部，西翼為武器庫。長125.3米，寬14.5米，層高6.5米，木屋架，原為鐵皮屋面，灰條吊天棚，鋸末保溫。縱牆承重，外牆厚520毫米。
閥門井舊址位於本部舊址西側後方，共有4處，是混凝土澆注的地下建築。頂部為長方形水泥蓋，長4.1米，寬2.85米，厚度為0.7米。井口位於水泥蓋一側，內部為上下兩部分，一層為調解閥門空間，水泥澆注，寬2.1米，長3.4米，高0.85米。在空間底部設有管道口和方形出入口，從出入口可進入地下巷道。
用途：本部舊址前樓內原設有七三一部隊長辦公室、侍衛官室、診療室、標本陳列室、憲兵室等，是七三一部隊研製細菌武器和指揮細菌戰的大本營。後面平房東翼曾經作為配電室和器材供應科；西翼曾作為部隊食堂，後改為武器庫。
閥門井舊址原是為維修取暖、供水管道而設立的檢修通道入口。
保存概況：1945年8月七三一部隊撤退時，將本部原建築屋面破壞。解放後，經維修本部舊址東翼先後為平房區政府、郵電局使用；西翼為哈爾濱市第二十五中學、一百六十二中學使用。1985年初將本部舊址東翼一角開闢為“七三一部隊罪證陳列室”，1985年8月正式對國內外開放；西翼仍為學校，後面平房為倉庫（現已停用）。2001年6月本部舊址東翼經過修繕後作為侵華日軍第七三一部隊罪證陳列館的陳列廳正式對外開放。2009年，經有關部門協調本部舊址西翼產權歸七三一部隊罪證陳列館所有；曾用作陳列廳。建館保護後對本部舊址經過多次維修。2000年8月至2001年6月，重新修繕了本部舊址東翼，2014年4月末至2015年8月，重新對本部舊址進行修繕工作。
遺址
遺存類型：地下遺蹟
遺存規模：占地面積15000平方米
遺存材質：磚、混凝土
形制：細菌實驗室及特設監獄遺址位於本部舊址以北，1938年建成。原為磚混結構的三層方框形建築，由地上的細菌實驗室和兩棟特設監獄及地下兩個細菌實驗室組成。由於南北中心走廊的間隔，細菌實驗室及特設監獄院內分成東西兩院，兩院各設一座二層磚混結構的“特設監獄”，被捕的人員經“特別輸送”監押至此，成為細菌“實驗材料”。細菌實驗室及特設監獄地下還設有兩個細菌實驗室，通過通道與地上相連。七三一部隊在在敗退之前將其全部炸毀，解放初期尚存明顯的建築殘跡。
用途：細菌實驗室是七三一部隊的細菌研究、實驗、生產中心。特設監獄用於關押“特別移送”的被實驗者。
保存概況：遺址東西長150米，南北寬100米。1945年8月七三一部隊撤退時，將細菌實驗室及特設監獄全部炸毀。建國初期尚有明顯的建築殘跡，現僅存建築殘跡埋藏於地面之下。2000～2001年陳列館對細菌實驗室及特設監獄遺址進行了發掘清理，揭露出遺址東北角和東南角、中心走廊一段以及西側特設監獄的基址。發掘完成後，揭露的四壁已用步道板加固，基址部分冬天用珍珠岩覆蓋防凍。但因遺址常年處於露天狀態，受到凍融破壞的嚴重影響，保護層已不能保護遺址，揭露出的部分建築磚基本風化腐蝕嚴重。
地下通道舊址
遺存類型：地下建築
遺存規模：占地面積1100平方米
遺存材質：磚、混凝土
形制：地下通道舊址由本部舊址通往細菌實驗室及特設監獄並向北延至病毒實驗室遺址，全長400米，寬2.5米，高2米，壁厚0.6米，由本部舊址通往細菌實驗室與病毒實驗室遺址30米處右側有地下更衣室。
用途：地下通道是本部、細菌實驗室與病毒實驗室暖氣、上下水、電纜的地下通道。
保存概況：1984年6月，對本部舊址地道口進行維修，增設地下道的樓梯，平整地下通道舊址，安裝低壓電燈，修復地下更衣室，並在地道北出口安裝了防雨棚；1985年5月，又對地下洞口進行加固。目前該地下通道舊址仍作為遺址陳列館的供水供暖管線的通道作用。
鍋爐房遺址
鍋爐房遺址位於細菌實驗室及特設監獄遺址東側，原是一座約三層樓高的鋼混大型建築，內設三台火力發電機組，主要用於實驗、飼育設施的供熱和備用電源。日軍敗退前將其炸毀，從目前的殘存情況已經無法得知鍋爐房的整體面貌。現僅存煙囪及建築遺蹟、混凝土基座和海魚池舊址。
煙囪及建築遺蹟
遺存類型：地下殘構
遺存規模：占地面積969平方米
遺存材質：鋼筋混凝土
形制：煙囪及建築遺蹟——三座鋼筋混凝土煙囪（中間一座僅剩半截）和與其相連的一榀鋼筋混凝土框架（含填充牆），以及混凝土框架西側的建築基礎遺蹟。殘存的立牆呈南北向，長38米，厚0.8米，高15.6米。三根煙囪自南向北排列，與殘牆體相依附，間距6.7米，每根半徑都是1.6米。其中兩根煙囪完好，高21.6米；只能煙囪頂部殘損，殘高與立牆相同。
用途：鍋爐房是為七三一部隊供電、供熱的設施，煙囪及建築遺蹟為該設施被破壞後的主體殘存。
保存概況：1918年對此遺址進行了清理，動遷民房3座，劃定保護範圍3282平方米，並在四周砌磚牆加以保護；2000年對其進行了單體保護。目前該建築處於閒置保護中，是七三一舊址的標誌性建構築物之一。
混凝土基座I、混凝土基座II
遺存類型：地面殘跡
遺存規模：混凝土基座Ι、Ⅱ占地面積均為16平方米
遺存材質：鋼筋混凝土
形制：煙囪及建築遺蹟東20米有南北向排列的混凝土基座兩處，南側混凝土基座Ι底座長6.1米，高約3.2米，寬約2.6米，底座一端寬0.67米；北側混凝土基座Ⅱ長約6.1米，高約2米，寬約2.6米，牆厚0.6米，基座上有一個洞口，洞寬0.6米。
用途：不明建築殘跡。
保存概況：保存完好，目前處於閒置保護中。
海魚池舊址
遺存類型：地下構築物
遺存材質：混凝土
形制：海魚池舊址位於煙囪及建築遺蹟東北方向約60米處，魚池由兩個長方形水泥槽構成，並設有換水閘門，排水孔。長約34.1米，寬約31.3米，深1.7米。
用途：海魚池是七三一部隊飼養食用海魚的水池。
保存概況：現被埋於地下，部分水泥池壁有風化現象。
南門衛兵所舊址
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積71平方米，建築面積71平方米。
結構類型：磚混結構
形制：南門衛兵所舊址位於本部舊址南100米處，始建於1939年。為磚混結構的平頂單層建築，帶有兩根方形煙囪。平面呈不規則的八邊形，東西長9米，南北寬8米，房屋部分高3.7米，加上煙囪總高7.1米，是原七三一部隊本部五個衛兵所中僅存的一個。當年以本部、細菌實驗室及特設監獄為中心在其外圍建一圈長5公里、高2.5米、寬1米的土牆，牆上架設高壓電網，牆外挖有一圈寬、深各3米的護城壕。沿土牆建有5個衛兵所。如今土牆、電網、防護溝已不存，僅剩南門衛兵所。
用途：南門衛兵所示通往七三一部隊細菌實驗基地的重要關口。
保存概況：該建築目前保存完好，作為陳列館的門衛室和發票室使用。
結核菌實驗室
遺存類型：地面及地下建築
遺存規模：占地面積50平方米，建築面積113平方米。
結構類型：鋼筋混凝土結構
形制：結核菌實驗室舊址位於細菌實驗室及特設監獄遺址西南，是一座地上二層帶有地下室的直角形鋼混建築。分為主樓和樓道兩部分。樓道入口向北，平面為長方形，長6.5米，寬1.7米，地上高2.9米；地下部分深2.6米，共17級台階。主樓部分平面為方形，東西5.4米，南北5.6米，地面部分高5.6米，地下深2.6米。
用途：結核菌實驗室為七三一部隊“二木班”研究實驗結核菌的地方。
保存概況：1983年對該遺址建築進行維修，並安裝了鐵瓦蓋和門窗，砌築了保護磚牆。在東、北面各設一處鐵門，在正面門前鋪設地磚40平方米。2001年，對該遺址進行了單體保護。目前僅存四壁和屋頂部分，主樓內部的兩層地板均已塌毀，整體處於閒置並保護中。
病毒實驗室
遺存類型：地面遺蹟
遺存規模：占地面積4228平方米
遺村材質：磚、混凝土
形制：病毒實驗室遺址位於細菌實驗室及特設監獄遺址北側，原由一棟長170米、寬14米的建築和二棟各長66米，寬14米的建築，有地下通道與細菌實驗室及特設監獄連通。七三一部隊撤退前將其炸毀，但現地下基址仍存。
用途：病毒實驗室是七三一部隊“笠原班”專門從事病毒研究的場所。
保存概況：目前遺址被三座七層居民樓疊壓，尚未進行發掘，保存狀況不明。
凍傷實驗室
圖遺存規模：占地面積280平方米，建築面積437平方米
遺村材質：磚、混凝土
形制：凍傷實驗室舊址位於細菌實驗室及特設監獄北部，鐵路專用線舊址西側，建於1940年。該建築主體由東西兩大部分組成：東側冷凍室為平面呈長方形的雙層建築，磚混結構，平頂，長20米，寬7.8米，高7.2米，在房屋高牆上端和頂部設有若干通氣孔，內壁有固定隔熱層的鐵鉤，在室內東北角有固定冷凍設備的水泥基座。該部分是凍傷實驗室舊址的主要部分；冷凍室西側為平面呈曲尺形的建築，分隔為三室，長20米，寬7.7米，高3.8米，是和冷凍室配套使用的實驗室。
用途：凍傷實驗室是七三一部隊“吉村班”用來對人體進行冷凍實驗和生產乾燥式細菌的場所。
保存概況：七三一部隊撤退前將其炸毀，建築損毀嚴重，西部房頂已經塌毀，東部二層地板也已經塌毀不存。此處遺址已設高牆、鐵門，與小動物地下飼養室舊址、黃鼠飼養室舊址進行了群體保護。目前處於閒置保護中。
動物繁育室
遺存規模：占地面積5557平方米，建築面積6714平方米。
動物繁育室舊址位於細菌實驗室及特設監獄遺址東北500米，鐵路專用線舊址東部，七三一部隊培養帶菌昆蟲的地方。由於該繁育室的班長名叫田中英雄，故稱“田中班”。原有四棟房舍，周圍設有一人高的磚牆，七三一部隊撤退前將其燒毀，目前保存南北排列的建築三棟。
（1）“凹”字樓
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約1914平方米
結構類型：磚混結構
形制：“凹”字形單層建築，人字形房頂，南北向，長95米，寬36米，高6.8米。
用途：“凹”字樓建築是用來繁育虱子、臭蟲、蒼蠅、蚊子等傳染媒介物的房舍。
保存概況：目前建築保存較好，作為工廠的車間和倉庫使用。
（2）“工”字樓
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約2464平方米
結構類型：磚混結構
形制：“工”字形建築，由兩棟平行的長方形南北向單層建築組成，分別長88米和94米，寬均為12米，高5.6米。中間有一條長14米，寬11.2米，高3.6米的通道相連。
（3）“一”字樓
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約1179平方米
結構類型：磚混結構
形制：“一”字型雙層建築，人字形房頂，長91米，寬12.6米，高7.5米。
用途：“一”字型建築是用於各種鼠類繁育跳蚤的房舍。
保存概況：目前建築保存較好，作為工廠的車間和倉庫使用。
黃鼠飼養室
遺存類型：地面構築物
遺存規模：占地面積112平方米，建築面積112平方米。
結構類型：木結構
形制：黃鼠飼養室舊址是一長方形東西向單層木板房，東西長25.2米，南北寬4.4米，高2.8米。室內部現存有96個砌築為一體的水泥方形地穴原為100個，4行24列，每個水泥地穴平面為正方形，邊長0.8米，深1米。
用途：黃鼠飼養室為七三一部隊專門飼養黃鼠的地方。
保存概況：七三一部隊敗退前將木板房炸毀，只剩96個水泥槽。1986年11月至1987年5月，依據倖存勞工的回憶，對地面上的木板房進行了復原。2003年對飼養室棚頂進行了維修。此處遺址已設高牆、鐵門，與小動物地下飼養室舊址、凍傷實驗室舊址進行了群體保護。該遺存目前地穴部分保存較好。
小動物地下飼養室舊址
遺存類型：地下建築
遺存規模：占地面積104平方米，建築面積104平方米
結構類型：鋼混結構
形制：小動物地下飼養室舊址位於本部舊址的北側，黃鼠飼養室舊址東南，始建於1939年。該建築是一處鋼混結構的地下建築。整體為曲尺形平面，分為穴道部分和地穴部分。穴道部分為長方形，東西向，穴道洞口面向西，穴道長5.4米，寬1.8米，底部深3米，有12級台階。地穴呈方形，內部分為三間，主室為長方形，東西長6.4米，南北寬3.5米。在主室的南側有長10米，寬3.2米的2條長方形耳室，耳室為圓拱頂，底部距頂部高2.8米。在兩個耳室的兩側牆壁上各有上中下三排水泥槽用來擺放鼠籠。
用途：小動物地下飼養室是七三一部隊用來專門飼養小白鼠等動物的場所。
保存概況：遺址處於地下且為鋼混結構，所以保存完好，1985年4月至5月，陳列館對該地下室進行了全面維修。此處遺址已設高牆、鐵門，與黃鼠飼養室舊址、凍傷實驗室舊址進行了群體保護。
航空指揮所
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積666平方米，建築面積1456平方米。
結構類型：磚混結構
形制：航空指揮所舊址位於鍋爐房遺址的東側，建於1938年。該建築是一棟磚混結構的階梯式灰色樓房，雙層為主，建築整體呈長方形，平頂，南北向，長42.7米，寬15.5米，高8.2米，頂部中間又多出一層作為瞭望台使用，東西向，長15.5米，寬7.8米，高4.4米，該建築整體高12.6米。
用途：航空指揮所舊址是七三一部隊為配合野外實驗和細菌戰而設立的，指揮塔台和雷達設施都設定在這裡。
保存概況：日軍敗退前曾將其炸毀，解放後經修復用作其他用途，經過改建，面貌有所改變。
細菌彈組裝儲存室舊址
遺存類型：地面及地下建築
遺存規模：占地面積520平方米，建築面積673平方米。
結構類型：磚混結構
形制：細菌彈組裝儲存室舊址位於本部舊址東北，瓦斯發生室舊址北部，鐵路專用線舊址東部，原有2層樓房5棟，日軍敗退前曾將其炸毀，現僅存一棟。現存建築為一磚混結構長方形雙層建築，東西向，長33米，寬9米，高7.8米。另外還有兩處各85平方米的地下儲藏室，其中一處被水泥預製板覆蓋，另一處位置不明。
用途：細菌彈組裝儲存室是七三一部隊“山口班”組裝和儲存細菌彈的場所。
保存概況：1984年5月至8月，對其洞口進行了維修，並加設了防雨蓬，棚蓋鋪設瓦壟鐵皮，棚架用圓管及角鋼、鋼筋焊成，塗有防腐漆。目前保存較好，為冶煉鑄造廠車間。
瓦斯發生室舊址
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積185平方米，建築面積329平方米。
結構類型：磚混結構
形制：瓦斯發生室舊址位於本部舊址東部，鐵路專用線舊址東側，
建成於1940年。該建築為一磚混結構的長方形二層建築，長14.7米，寬10米，高6.8米，加上煙囪高8.6米。七三一部隊敗退前將其炸毀。
用途：瓦斯發生室是七三一部隊生產和供應瓦斯的場所。
保存概況：解放後曾對其進行了修復並將內樓梯改為外樓梯，外樓梯寬1.1米。該建築現在保存較好，作為華龍鉛筆廠的廠房使用。
瓦斯地下儲藏室
遺存類型：地面及地下建築
遺存規模：占地面積156平方米，建築面積303平方米。
結構類型：鋼混結構
形制：瓦斯地下儲藏室舊址位於瓦斯發生室舊址的東側，為平面圓形的鋼混結構，直徑為13米。分為地上地下兩層，地上部分高3.3米，地下深3.3米。
用途：瓦斯地下儲藏室是瓦斯發生室的配套工程，是專門用於儲存瓦斯的地方。
保存概況：現處於平房飼料加工廠院內。由於鋼混結構且處於地下，該建築保存較好，目前處於閒置並保護中。
特殊武器研製廠舊址
遺存規模：占地面積2824平方米
特殊武器研製廠舊址位於黃鼠飼養室舊址西北200米處，鐵路專用線舊址西側，是由四棟房圍成的四合大院，因此也叫“方形棟”，為了保密對外稱為七三一部隊的“兵器班”。現存遺址4個構築物，部分建築工廠仍在使用中，處於東北輕合金有限責任公司廠區院內。
（1）南側主樓
遺存類型：地面殘構
遺存規模：占地面積約741平方米
結構類型：鋼混結構
形制：特殊武器研製廠舊址南側主樓僅保留有鋼混的建築基址和立柱，全長36米，寬14.5米，已經無法辨認具體建築格局；西南角上有一處尚保留有半截帶有牆壁和房頂的基址，為磚木結構，人字形屋頂，地面一層，地下一層，地面上部分為一長方形建築，南北向，長17米，寬10.5米，高3米，地下一層深2.2米。
用途：特殊武器研製廠舊址南側主樓是製造小型細菌武器的高溫實驗室、滅菌室、研究室等，二層小樓是生產和儲存疫苗、菌苗和血清的場所。
保存概況：該遺址破損嚴重，目前已經完全閒置。
（2）西側大房
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約560平方米
結構類型：磚混結構
形制：西邊的大房長35米，寬16米。
用途：特殊武器研製廠西側大房是七三一部隊汽車、坦克等兵器庫。
保存概況：該遺址破損嚴重，目前已經完全閒置。
（3）東側大房
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約1523平方米
結構類型：磚混結構
形制：東側大房長91米，寬16米。
用途：東側大房是七三一部隊汽車、坦克等兵器庫，也是研究馬血清的場所。
保存概況：後期經過修復作為東北輕合金有限責任公司的倉庫，目前在使用保護中。
動物焚燒爐舊址
遺存類型：地面殘構
遺存規模：占地面積117平方米
遺存材質：磚、混凝土
形制：動物焚燒爐舊址位於本部舊址西北，現東北輕合金有限責任公司廠區內。該建築為一磚混建築，平頂，破壞較為嚴重，現存鍋爐房的部分房頂和牆壁以及煙囪。鍋爐房長12.2米，寬10米，高4.6米，煙囪為方形，高20.7米。
用途：動物焚燒爐以焚化動物屍體為主，偶爾用來焚化用作實驗的人的屍體，是七三一部隊三座焚屍爐中的一座。
保存概況：2001年對其進行了單體保護。目前處於閒置保護中。
焚屍爐
遺存類型：地面殘構
遺存規模：占地面積3.8平方米
遺存材質：磚、混凝土
形制：焚屍爐舊址位於動物焚燒爐舊址西南100米處，鍋爐房已經完全不見，僅保留高16.3米的方形煙囪一座。
用途：焚屍爐是焚燒日本人屍體的地方，是七三一部隊三處焚屍爐中的一座。
保存概況：該建築損毀嚴重，目前處於閒置並保護中。
鐵路專用線
遺存類型：地面構築物
遺存規模：占地面積6400平方米（長約895米，自新疆大街北側本部圍牆起至動物繁育室舊址西側鐵路線盡端）
遺存材質：磚、混凝土
用途：鐵路專用線南與平房火車站連線，北通第一倉庫，全長4公里，中間設3處臨時站台。七三一部隊所用的器材、動物、細菌彈殼、燃料以及生活物資甚至部分被實驗者都用火車直接運至這裡。七三一部隊生產的各種細菌，培育的母本動物和專用設備，也從這裡發往各地。
保存概況：解放後，該鐵路專用線經過改修，現繼續使用，基本保持原狀。
宿舍區
宿舍區舊址位於本部舊址西南，新疆大街和友協大街交匯處的西南角，是一片群體建築，曾被稱為“東鄉村”，是七三一部隊的集中生活區。這些建築中原有三層建築的日本軍人家屬宿舍樓6～8棟；日本軍人獨身宿舍三層建築3棟，號稱“連三樓”，“東鄉宿舍”事務所設定在這座樓的中間棟樓下；三層建築的判任官宿舍6棟；三層建築的尉官家屬宿舍3棟；在西崗還有三層3棟和二層2棟共5棟樓黨，是高等官以及高等館待遇的宿舍。按照解放後的編號，依次是201、202、203、204、205、206、209、210、211-212-213、214、216、217、218、219和220號，總共15棟。
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約16200平方米，建築面積約43400平方米。
建築結構：磚木結構
形制：三層人字形屋頂建築
（1）201、202、203、204、205、206號樓
編號201～206的6棟樓形制完全相同，皆為東西向的磚木結構三層建築，人字形屋頂，樓梯和走廊都在室外。每處建築都由東西兩部分組成，平面呈長方形，每部分長48.8米，寬7.8米，高14.1米，中間由一處室外樓梯相連線。
（2）209、210號樓
209號樓是一處磚木結構長方形單元式建築，共11個單元。中間9單元為四層，兩側的兩個單元都是三層，不排除中間9個單元的第四層為後期加蓋的可能。樓整體長145.5米，寬7.7米，四樓部分高15.9米，三樓處高11.4米。
210號樓是一處磚木結構長方形單元式建築，基本形制與209號樓相同，共11個單元。整體都是三層建築，長145.5米，寬7.7米，高11.4米。該建築現作為哈飛幼稚園使用。房屋結構損毀情況有待進一步考證。
（3）211-212-213號樓
211-212-213號樓為一處三座相連的曲尺形複合式建築。三座建築自南向北平行交錯排列，中間有走廊相連。三座建築形制相同，都是磚木結構的長方形三層建築，由於後期改動較大，三座建築長度略有差別，都在50米左右，寬8.7米，高11.3米，加上煙囪高13.7米。
（4）214、216、217、218、219、220號樓
214號樓為一東西向長方形磚木結構三層建築，人字形屋頂。由三部分形制相同的單體建築組成，由樓梯和走廊相連線，樓梯與走廊外置。除中間一處單體建築長40.7米之外，兩邊的兩處單體建築長為34米。三處單體建築寬8.4米，樓高10.5米，加上煙囪高11.26米。
216、217號樓兩處建築形制完全相同，且與214號樓建築相似。同樣是三部分形制相同的單體建築組成，每處建築同為長方形磚木結構三層建築，人字形屋頂。每處建築長34米，寬8.4米，高10.5米，加上煙囪高11.6米。
218號樓是一處磚木結構的三層建築，由兩部分單體建築組合而成，中間由外置的樓梯相連線，樓道外置。每個單體建築都呈長方形，人字形屋頂，長40.4米，寬8.4米，高10.5米，加上煙囪高11.2米。
219、220號樓是兩處形制完全相同的磚木結構的三層建築，且與218號樓形制類似。每棟由兩部分單體建築組合而成，中間由外置的樓梯相連線，樓道外置。每個單體建築呈長方形，人字形屋頂，長33.6米，寬8.2米，高10.5米，加上煙囪高11.2米。
用途：宿舍區是第七三一部隊的高等官、普通士兵及家屬的生活住宅區。
保存概況：解放之後這裡曾進行過修復，部分建築有所保留，目前產權為哈爾濱航空工業集團所有,大部分建築為民宅和商鋪。
給水塔舊址
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積40平方米，建築面積120平方米
遺存材質：磚、混凝土
形制：給水塔舊址位於本部舊址西南，平房區新疆大街15號，為一處磚混結構三層樓，平頂，平面呈方形，邊長為5.7米，頂部高15.6米，每層高5米。該建築破壞較為嚴重，僅保存有四壁和房頂，二層和三層的地面皆塌毀，僅二層地面保留一小部分。
用途：給水塔是負責供應七三一部隊及宿舍區用水的建築設施。
保存概況：2002年對其進行加蓋維修，安裝了門窗和護欄，進行了單體保護。目前整體處於閒置保護中。
地下回水池
遺存類型：地下構築物、地面建築
遺存規模：占地面積1170平方米，地下水池建築面積1170平方米，回水池泵房舊址建築面積38平方米。
遺存材質：鋼筋混凝土、磚
形制：地下回水池舊址位於鍋爐房遺址東南側，其中地下水池頂部為鋼筋混凝結構，池壁與隔牆為磚混結構。長39米，寬30米，深約5.7米；回水池泵房舊址為磚混結構，長8.3米，寬4.5米，高約3米。
用途：地下回水池舊址是鍋爐發電機組的循環冷卻水的設施。
保存概況：保存較好，池壁牆體受溶凍影響水泥罩面脫落，磚體粉化。目前處於閒置保護中。
細菌彈殼製造廠
遺存規模：占地面積762平方米
細菌彈殼製造廠遺址位於七三一部隊本部舊址西北15公里，原哈爾濱郊區楊馬架子，現在哈爾濱市南崗區龍橡街1號原龍江橡膠廠院內。1938年，七三一部隊遷移到平房後，細菌彈殼製造廠歸七三一部隊第三部管轄，設有研究室，工作科和整備隊，主要任務是負責燒制土陶細菌彈殼和土陶濾水器。日軍敗退之前對這裡進行了破壞。後來經過修復，有些建築還被使用過一段時間。目前這一地區共有7處建築遺址，包括一座保存較好的五層樓建築“小五樓”，兩處燒制土陶細菌彈殼的窯體及四根煙囪。
（1）細菌彈殼焙燒窯體1、2
遺存類型：地面建築
遺存規模：窯體1（北）占地面積約213平方米，窯體29(南）占地面積約213平方米。
遺存材質：鋼筋混凝土
形制：兩處窯體形制相同，都為鋼混結構平面呈長方形的地面建築，窯頂為拱形，左右兩壁從底部到頂部向內傾斜，前後兩壁豎直。整體長19.4米，寬11米，高8.7米。在窯內牆壁上部尚留有鐵鉤等裝置。
用途：細菌彈殼焙燒窯體1、2是燒制土陶細菌彈殼和土陶濾水器的場所。
保存概況：這兩處窯體保存較好。都處於閒置保護中。窯體2的附近保留有一段殘破的牆體立面，長36.5米，高4.8米，目前僅存一面立牆，用途不明。
（2）煙囪1～4
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積約120平方米
遺存結構：鋼筋混凝土結構
形制：四根煙囪形制相同，皆為圓形鋼混結構，且兩根為一組。一組煙囪位於原橡膠廠院內窯體2北側，這兩根煙囪保存較好，尚保留一些地面建築殘骸。一根高33.2米，底部直徑3.1米，與一方形磚房相依附，磚房頂部已經蹋毀,現保留有四壁，長7.4米，寬6米，高3.8米，在磚房內部有煙道與煙囪底部相連線；一根高42.2米，底部直徑2.6米，與一方形磚房相依附，磚房頂部已經蹋毀,保留有三面的牆壁，長7.4米，寬6米，高2.6米。兩根煙囪距離較近，在底部尚有煙道相連，部分煙道已經蹋毀於地下，部分煙道裸露於地面。另外一組兩根煙囪位於原橡膠廠院外的新建的居住小區內。保存較差，僅存鋼混結構的兩根煙囪，無地面附屬建築。一根高36.2米，底部直徑2.6米，另一根高43.7米，底部直徑2.6米。
用途：具體用途不明。
保存概況：煙囪1～4目前都處於閒置保護中。煙囪1、2處於高層居民區外側，避雷設施全部被拆除，成為無防雷設施的獨立超高建築，雨季隨時有被雷擊的可能，安全隱患較大。
（3）小五樓
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積216平方米，建築面積951平方米。
建築結構：鋼筋混凝土
形制：小五樓是一座長方形建築，人字形屋頂，樓梯外置,整體長26.6米，寬7.1米，高18米。
用途：小五樓為當時七三一部隊第三部辦公場所主樓舊址。
保存概況：解放之後經過修復，多處地方經過改造和加建，曾作為橡膠廠廠房，目前處於閒置狀態中。
吉林街聯絡處
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積574平方米，建築面積1919平方米。
建築類型：磚木結構
形制：吉林街聯絡處舊址位於南崗區吉林街52號，是一座歷史悠久的保護建築。該樓為長方形建築，地上三層，地下一層，為古典主義建築風格。建築長27.2米，寬23.6米，高12米。
用途：該建築建造於1905年以前，曾是著名猶太商人克羅爾的宅邸，後來依次作為蘇聯駐哈爾濱總領事館和捷克駐哈爾濱總領事館。日軍占領東北之後，該建築曾是石井四郎在哈爾濱市內的住處，也是七三一部隊實施“特別移送”的轉運站。
保存概況：該建築目前作為民宅使用，後期經改建，原貌有局部改變，保護較差。
教化街營外宿舍
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積565平方米
建築類型：磚混結構
形制：教化街營外宿舍舊址位於南崗區教化街副36號，其建築為一層磚混結構，現存部分約33米，寬約24米。
用途：原為尤戈維奇國小(以中東鐵路總工程師尤戈維奇之名命名)，日偽時期曾作為七三一部隊市內的營外獨身宿舍。
保存概況：解放後作為哈鐵教化幼稚園使用，現為哈爾濱鐵路物業管理有限公司使用。目前東側已經拆除，並經過修整、改造。
日本領事館
遺存類型：地面建築
遺存規模：占地面積831平方米，建築面積2441平方米。
建築類型：磚混結構
形制：日本領事館舊址位於紅軍街108號，該建築建造於1924年，是一座歷史悠久的保護建築。該樓為磚混結構的曲尺形建築，地上兩層，地下一層，巴洛克建築風格。曲尺形建築的一端長37米，寬寬14米，另一端長37米、寬11米，整體高12.6米。
用途：日本領事館曾作為南滿鐵路株式會社，後作為日本駐哈爾濱總領事館。作為總領事館時期還秘密作為“特別移送”人員的轉運站，並在地下室設定秘密監獄用來關押特別輸送的人員。
保存概況：解放後該建築曾作為哈爾濱鐵路公安局辦公地址。目前主要為哈爾濱中鐵對外服務有限公司，作為辦公樓和商鋪使用。該建築保存較好,但是後期經過大量修復，房屋內外都經過了裝修。
城子溝野外實驗場
位於平房區舊址西南4公里的平房區平新鎮平樂村轄區內，該遺址原是金代古城池，呈南北長方形約11.38公頃，外有土城牆，設東、南、西、北四門。1942年以後，七三一部隊以此作為臨時實驗場，遺址現存三面城牆遺址，城內為耕地。
遺存類型：地下殘跡
遺存規模：占地面積約11.38公頃，長約360米，寬約316米。
遺存內涵：建於遼金時期的平樂古城，曾被七三一部隊用作野外實驗場使用。
遺存現狀：平樂古城位於哈爾濱市平房區平新鎮平樂村南約1.5公里處。平樂古城的圍牆呈矩形平面布局，除南牆已毀壞，其它三面牆的遺蹟仍清晰可見。村民們經常在古城牆附近行走，使古城牆成為鄉間小路。
展覽與展品
濾水器瓷質。高32cm，外口徑29.5cm，底徑26cm，重9500g。野外衛生飲食用水設備，為石井四郎的專利之一。每個濾水器上都有編號。
小動物鐵籠鐵質。長61.6cm，寬48cm，高41.5cm。七三一部隊裝小動物的籠子。據此籠子持有者講，拾到此籠時裡面有餓死的猴子。
小動物筐竹質。口徑18.3cm、底徑62.2cm、高25.5cm。七三一部隊用小動物進行細菌研究實驗時飼養白鼠等小動物的竹筐。
宇治式細菌彈堵蓋
瓷質。高5cm,蓋徑8.5cm,堵徑4..4cm.在七三一遺址出土。
七三一部隊使用的細菌培養箱
鋁質。長56cm，寬35cm，高26cm。石井四郎的四大發明之一，是專為進行細菌戰而研製的。
