侯曉紅教授主要研究方向為成本管理、財務管理和資本市場會計與財務問題,《我國上市公司大股東占款行為研究》獲中國礦業大學優秀博士論文,目前主持國家社會科學基金"基於價值創造的上市公司業績評價理論與模型研究"課題一項。先後參加了"煤炭系統責任會計套用設計"、"平煤公司加強資本運營研究"、"煤炭企業盤活存量資產研究"以及"韓橋煤礦資本運營研究"等研究課題。獲中國煤炭工業科學技術進步二等獎一項,排名第二;中國礦業大學科技進步三等獎二項,排名第二。在《中南財經政法大學學報》、《中國礦業大學學報》、《當代財經》、《財會通訊》等雜誌上公開發表學術論文30餘篇。
侯曉紅教授主編出版了《管理會計》(東北財經大學出版社)、《成本會計學》(中國機械工業出版社)、《成本會計學習指導》(中國機械工業出版社)、《財務管理學》(中國礦業大學)及《財務管理學習指導》五部教材,合作出版了專著《責任會計套用研究》(中國稅務出版社);主要講授《成本會計學》、《財務分析學》、《管理會計》、《成本管理會計》和《高級財務分析學》等本科及研究生課程。獲中國礦業大學優秀教學成果一等獎2項,三等獎1項。