轄區範圍
轄區範圍南海航海保障中心轄區範圍覆蓋廣東、廣西、海南三省區，海域面積達到210萬平方公里，約占全國海域面積三分之二；接壤菲律賓、印度尼西亞等8個國家以及中國台灣地區。東界線自廣東、福建兩省分界線沿東經117°14′經度線向正南延伸至北緯23°30′，再沿北緯23°30′向正東延伸；南界線至中國南海曾母暗沙；西界線至中越邊境線；北界線至廣州流溪河白坭河大橋。
機構設定
內設機構
南海航保中心機關設定7個內設機構：
辦公室
計畫財務處
人事教育處
航標導航處
海事測繪處
通信信息處
黨組工作部(紀檢監察處、工會)
1.辦公室
2.計畫財務處
3.人事教育處
4.航標導航處
5.海事測繪處
6.通信信息處
7.黨組工作部(紀檢監察處、工會)
所屬機構
航標系統
南海航保中心設定7個航標處，名稱統一為“交通運輸部南海航海保障中心xx航標處”；
交通運輸部南海航海保障中心汕頭航標處
交通運輸部南海航海保障中心廣州航標處
交通運輸部南海航海保障中心湛江航標處
交通運輸部南海航海保障中心北海航標處
交通運輸部南海航海保障中心海口航標處
交通運輸部南海航海保障中心西沙航標處
交通運輸部南海航海保障中心南沙航標處
1.交通運輸部南海航海保障中心汕頭航標處
2.交通運輸部南海航海保障中心廣州航標處
3.交通運輸部南海航海保障中心湛江航標處
4.交通運輸部南海航海保障中心北海航標處
5.交通運輸部南海航海保障中心海口航標處
6.交通運輸部南海航海保障中心西沙航標處
7.交通運輸部南海航海保障中心南沙航標處
通信系統
南海航保中心設定6個通信中心，名稱統一為“交通運輸部南海航海保障中心xx通信中心”；
交通運輸部南海航海保障中心汕頭通信中心
交通運輸部南海航海保障中心深圳通信中心
交通運輸部南海航海保障中心廣州通信中心
交通運輸部南海航海保障中心湛江通信中心
交通運輸部南海航海保障中心南寧通信中心
交通運輸部南海航海保障中心海口通信中心
1.交通運輸部南海航海保障中心汕頭通信中心
2.交通運輸部南海航海保障中心深圳通信中心
3.交通運輸部南海航海保障中心廣州通信中心
4.交通運輸部南海航海保障中心湛江通信中心
5.交通運輸部南海航海保障中心南寧通信中心
6.交通運輸部南海航海保障中心海口通信中心
海事測繪系統
南海航保中心設定1個海事測繪中心。
交通運輸部南海航海保障中心廣州海事測繪中心
1.交通運輸部南海航海保障中心廣州海事測繪中心
其中，交通運輸部南海航海保障中心廣州航標處對外同時使用“交通運輸部南海航海保障中心發展戰略研究中心”名稱；交通運輸部南海航海保障中心廣州通信中心對外同時使用“交通運輸部南海航海保障中心廣州海岸電台”名稱。
主要職責
（一）貫徹落實國家水路交通行業發展戰略、方針政策和法律法規，履行相關國際公約、技術標準和規範，擬定本單位中長期發展規劃、年度計畫和各項規章制度，並組織實施。
（二）受部委託，參與擬定航標、港口航道測繪、水上安全通信等與航海保障有關的發展戰略、法律法規、中長期規劃，以及技術標準和規範工作。
（三）受部委託，參與海事行政管理和執法監督相關的信息化等技術支持和服務保障工作；承擔航海保障行政管理和執法監督相關的技術審查等事務性工作；參與海事事故調查、違章查處等相關技術支持和服務保障工作。
（四）承擔轄區內公用航標、船舶自動識別系統、無線電和衛星導助航系統的建設、值守、運行、檢測、維護、評估、調整和動態發布等工作；承擔轄區內歷史燈塔、航標文物的研究和保護工作。
（五）承擔轄區沿海港口航道測繪工作；承擔轄區海事測繪基礎控制網、水文觀測網的建設、運行和維護等工作。
（六）承擔轄區水上遇險與安全通信工作；承擔海岸電台、水上無線電通信系統的建設、運行和維護工作；承擔航行通警告、氣象預報等海上安全信息的播發工作。
（七）承擔轄區航海保障信息系統的建設、運行和維護工作；承擔通航水域水深、水文等航海保障信息的監測、採集、分析、整理工作，依據許可權公布有關信息。
（八）承擔轄區航標、測繪、通信等航海保障的應急處置工作；參與水上交通安全和海上污染事故應急處置有關工作；承擔轄區交通戰備的有關工作。
（九）承擔航海保障發展戰略研究、科技研發、技術培訓、諮詢服務等工作；參與有關國際交流與合作。
（十）承擔本中心及其所屬單位的基本建設、財務、幹部、人事和精神文明建設等管理工作。
（十一）承擔上級交辦的其他工作。
